− | Eine unbekannte Sonde tritt in den Orbit der Erde ein und führt zu einem globalen Energieausfall und löst mit auf die Meere gerichteten Signalen eine planetenweite Bewölkung und Unwetter herbei. Admiral Kirk und seine Offiziere befinden sich gerade in dem erbeuteten Bird-of-Prey, den McCoy ''Bounty'' getauft hat, auf dem Rückflug zur Erde, um sich einem Kriegsgericht zu stellen, weil sie die ''Enterprise'' nach Genesis flogen, die dort von Klingonen zerstört wurde. Auf dem Flug empfangen sie einen Ruf des Präsidenten der Föderation, der alle Schiffe warnt, sich nicht der Erde zu nähern. Spock erkennt, dass die Signale der Sonde auf die Meere gerichtet sind und diese versucht mit Buckelwalen zu kommunizieren, die allerdings schon seit Jahrhunderten ausgestorben sind. Um die Erde zu retten, fliegt man auf die Sonne zu und gelangt mithilfe des Katapulteffekts ins Jahr 1986. Man tarnt das Schiff und landet in San Francisco. Die Offiziere teilen sich auf. Während Kirk und Spock nach einem Paar Walen sucht, versuchen Scott, Sulu und McCoy einen Tank für die Wale zu konstruieren, Chekov und Uhura suchen nach energiereichen Photonen aus einem Kernspaltungsreaktor von einem atomgetriebenen Kriegsschiff suchen. Kirk und Spock gehen ins Meeresaquarium und der Admiral kommt dort Dr. Gillian Taylor näher, die zwei Wale auswildern will. Ohne ihr Wissen werden die Wale jedoch nach Alaska geflogen und ausgesetzt. Nachdem Chekov und Uhura die Photonen entnommen haben, wird Uhura zurückgebeamt, während Chekov verfolgt wird. Auf der Flucht stürzt er vom Schiff und wird schwer verletzt. Scott und McCoy erwerben eine Plexiglasscheibe und Scott überlässt dem Firmenchef im Gegenzug die Formel für transparentes Aluminium. Die Scheibe wird von Sulu mit einem Helikopter, den er sich ausgeliehen hat, zur ''Bounty'' geflogen und dort montiert. Kirk, McCoy und Dr. Taylor begeben sich zum Mercy View Hospital, in das Chekov eingeliefert wurde. Sie können sich in den Operationssaal schleichen. Während Kirk das Ärzteteam einsperrt, behandelt McCoy Chekov während er sich über die „mittelalterlichen“ Behandlungsmethoden aufregt. Als sie zur ''Bounty'' zurückkehren, geht Taylor mit an Bord. Man verfolgt nun das Peilsignal der Sender der beiden Wale nach Alaska. Dort kann man einen Walfänger gerade noch vertreiben, ehe er die beiden harpunieren kann. Die beiden Wale werden mitsamt dem Wasser an Bord gebeamt und man führt erneut einen Zeitsprung durch. So gelangt man wieder ins 23. Jahrhundert und gerät in den Wirkungsbereich der Sonde. Nach dem Absturz im Pazifik, verlässt man das Schiff und Kirk lässt die Wale frei, sodass sie ins Meer schwimmen. Sie kommunizieren mit der Sonde und diese verlässt anschließend den Orbit. Das Wetter normalisiert sich wieder und die Offiziere werden geborgen. Anschließend wird vor dem Föderationsrat ein Verfahren gegen sie eröffnet. Bis auf Kirk werden alle freigesprochen. Kirk wird wegen Befehlsverweigerung zum Captain degradiert und erhält ein neues Schiff: Die USS ''Enterprise''-A.
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