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Die [[USS Enterprise (NCC-1701)|''Enterprise'']] sucht das Raumschiff [[USS Intrepid|''Intrepid'']], zu dem jeglicher Kontakt abgebrochen ist. Hier entdeckt die ''Enterprise'', dass dieses Schiff durch eine enorm große, einzellige und geistlose [[Amöbe]] ausradiert wurde.

Die [[Liste der Crew der USS Enterprise (NCC-1701)|Mannschaft]] der [[USS Enterprise|''Enterprise'' ]] freut sich auf ihren wohlverdienten [[Landurlaub|Urlaub]], als sie plötzlich vom [[Hauptquartier der Sternenflotte|Sternenflottenhauptquartier]] beauftragt wird, nach dem [[Raumschiff ]] [[USS Intrepid(2260er)|''Intrepid'']] zu suchen, zu welchem der Kontakt vollständig abgebrochen ist. [[Spock]] spürt auf einmal [[Telepathie|telepathisch]], dass dieses Schiff, dass ausschließlich mit [[Vulkanier]]n besetzt ist, zerstört worden ist. Da dies nach außen hin wie eine Schmerzattacke wirkt, ordnet [[Captain|Cpt. ]] [[James Tiberius Kirk|Kirk ]] an, Spock solle sich bei [[Doktor|Dr. ]] [[Leonard McCoy |McCoy]] auf der Krankensation [[Krankenstation]] melden und sich untersuchen lassen. Spock versichert, dass alles mit ihm in Ordnung sei; doch Kirk besteht darauf, dass Spock das Lazarett aufsucht.

Dr. McCoy ist bereits informiert. Eher widerwillig legt Spock sich auf die [[Biobett|Untersuchungsliege]]. Die Untersuchung bestätigt, dass Spocks Gesundheit in keiner Weise beeinträchtigt ist. Stattdessen entbrennt zwischen dem [[Arzt|Schiffsarzt ]] und dem [[Erster Offizier|Ersten Offizier ]] eine Diskussion über Telepathie, in welcher Dr. McCoy zu verstehen gibt, dass er an einem solchen Weg der Nachrichtenübermittlung Zweifel hegt. Doch Spock weiß genau, wovon er spricht.

Die ''Enterprise'' folgt dem Kurs der ''Intrepid''. Obschon bislang nichts zu entdecken ist, entsteht eine gewisse Spannung. Die Besatzung spürt, dass irgendetwas geschehen wird. Nach einiger Zeit erscheint auf dem [[Hauptbildschirm|Bildschirm ]] ein schwarzes, lochähnliches Gebilde im [[Weltraum]]. Niemand, auch Spock, vermag sich zu erklären, um was es sich dabei handelt. Es lässt sich auch nicht feststellen, woraus dieses besteht. Da es sich jedoch unmittelbar auf dem Kurs der ''Intrepid'' befindet, behält die ''Enterprise'' den Kurs bei und fliegt hinein. Beim Eintreten in diese Dunkelzone entsteht eine grell pfeifendes Geräusch, das auf eine Grenzschicht hinweist.

Kurz nach dem Eintritt in die Dunkelzone meldet [[Montgomery Scott|Scott]], dass das Schiff [[Energie ]] verliert. Kirk ordnet eine Untersuchung dieses Phänomens an. Wenig später bricht [[Uhura ]] beinahe zusammen, kann sich aber noch halten. Dr. McCoy meldet, dass sich in der Krankenstation eine beträchtliche Anzahl an Besatzungsmitgliedern eingefunden habe, die unter Schwäche leiden. Der Doktor verabreicht ihnen ein Mittel, das ihnen wieder Kraft gibt. Kirk bittet Dr. McCoy auf die [[Brücke]], um dafür zu sorgen, dass niemand von der [[Brückenoffizier|Brückenbesatzung ]] ausfällt. Schließlich erfährt er selbst einen Schwächeanfall.

Es wird bald klar, dass sich in dieser Dunkelzone etwas befinden muss, das sowohl [[Biologie|biologische ]] als auch mechanische Energie absorbiert, und ebenso klar ist es, dass Schiff und Besatzung diesem Energieentzug nicht mehr lange standzuhalten vermögen. Das Schiff wird zudem immer schneller in die Dunkelzone hneingezogen.

Als Kirk Scott deswegen später im [[Maschinenraum ]] aufsucht, zündet dieser aus Versehen die Impulstriebwerke[[Impulsantrieb|Impulstriebwerk]]e; doch bewegt sich das Schiff nicht nach vorne, was eigentlich die [[Logik|logische ]] Folge gewesen wäre, sondern rückwärts. Dies bringt Spock auf den Gedanken, dass inder Dunkelzone [[negative Energie ]] herrscht, welche genau gegenteilige Reaktionen hervorruft. Er empfiehlt daher, den Vorwärtsschub zu verstärken. Tatsächlich wird das Schiff dadurch langsamer.

Wenig später ist die Quelle des Energieverlustes zu sehen: Es handelt sich um eine gigantische [[Amöbe]], die kurz vorher bereits die ''Intrepid'' vertilgt hat. Damit die ''Enterprise'' nicht das gleiche Schicksal erleidet wie ihr Schwesterschiff - es bleiben nur noch wenige Stunden bis zum vollständigen Energiekollaps -, müssen Mittel und Wege gefunden werden, diese riesige Amöbe unschädlich zu machen. Dr. McCoy schlägt vor, sich mit einem [[Shuttle ]] zum [[Zellkern ]] zu begeben, um Untersuchungen anzustellen. Er erklärt sich bereit, diese [[Mission ]] durchzuführen. Kirk greift diese Idee auf, bestimmt aber Spock für diese Mission, da er, wie er meint, die bessere Qualifikation dafür besitze.

Spock startet und ist bald gezwungen, den Energieverbrauch des Shuttles auf ein Minimum zu reduzieren. Er sammelt interessane Daten. Als er die Lösung des Problems an die ''Enterprise'' durchgeben will, bricht kurzzeitig die [[Kommunikation|Sprechverbindung ]] ab, so dass das Schlüsselwort nicht durchkommt. Als Dr. McCoy wie beiläufig das Wort ''[[Antikörper]]'' in den Mund nimmt, versteht Kirk plötzlich, was Spock gemeint hat: ''[[Antimaterie]]''! Spock wollte also mitteilen, dass die Amöbe mit ''Antimaterie'' vernichtet werden könne. Sogleich lässt er eine [[Sonde ]] mit einer Antimaterieladung starten. Es gestaltet sich indes schwierig, Spock vorher zurück an Bord zu holen. Kirk befiehlt den Einsatz des Transporters[[Transporter]]s; doch dazu reicht die Energie nicht mehr aus. Die [[Explosion|Antimaterieexplosion ]] vernichtet die Amöbe und bringt die ''Enterprise'' in den normalen Weltraum zurück. Da Spocks Shuttle sich nahe genug am Rumpf der ''Enterprise'' befunden hat, wurde es mit hinausbefördert. Es kann wohlbehalten an Bord zurückkehren und die Besatzung kann endlich ihren wohlverdienten Urlaub antreten.