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Als er überrascht feststellt, dass er [[blut]]et, lässt er sich zurück auf die Krankenstation transferieren. Er ist entsetzt, als er feststellen muss, dass er Schmerz empfinden kann, und lässt vom Computer einen Systemcheck vornehmen. Dieser behauptet, dass es kein Medizinisch-Holographisches Notfallprogramm im Speicher gäbe. Auf die Frage, was für Programme sich denn im Speicher befänden, gibt der Computer eine [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Liste der Crew der ''Voyager'']] aus. Auf die Frage, wer der Doktor sei, antwortet der Computer, er dies sei [[Doktor|Dr.]] [[Lewis Zimmerman]]. Plötzlich betreten Janeway, Neelix, Torres und ein gefangener Kazon den Raum. Der Doktor [[scan]]nt sie alle mit dem [[Tricorder]], doch dieser stellt keinerlei [[Lebenszeichen]] fest. Außerdem erklärt er Er berichtet Janeway von den merkwürdigen Äußerungen des Computers. Sie ist schockiert und [[Befehl|befiehlt]] dem Computer, alle laufenden holografischen Programme zu beenden, woraufhin alle Personen im Raum außer dem Doktor im Raum plötzlich verschwinden.

Dann erscheint [[Reginald Barclay]], der ihm erklärt, er sei sein Assistent und der Doktor ein realer Mensch, welcher der in einer holographischen Simulation (der Voyager) an Bord der [[Jupiter-Station]] sei und nun anscheinend das Gedächtnis verloren habe und [[Holo-Transferenz-Dementia-Syndrom|HTDS]] hätte.

Die einzige Möglichkeit , um aus dieser angeblichen Simulation auszubrechen, wäre, die holografische holographische Voyager zu zerstören. Da der Doktor dies nicht akzeptieren will, versetzt ihn Barclay zurück an den Tag, als er zum ersten Mal aktiviert wurde. Nachdem der Doktor die Hologramme [[Tom Paris]] und [[Harry Kim]] gelöscht hat, ist er Barclay gegenüber schon aufgeschlossener, und Barclay sagt ihm, er müsse nun den Warpkern zerstören , um die Simulation zu beenden. Der Doktor will aber zuerst sicher wissen, dass er eine reale Person ist. Nach einem kurzem Zwischenfall mit dem Hologramm Captain Janeways zerstört er das zentrale holografische Projektionssystem der Voyager, um absolut sicher zu gehen, dass er auch wirklich eine reale Person ist. Da er daraufhin nicht verschwindet - und ihn danach noch ein Schmerzanfall überfällt ereilt - lässt er sich von Barclay überreden, den Warpkern zu zerstören.

Nach einer langen Diskussion zwischen ihm, Barclay, Chakotay und Kes (die nun als seine Frau erscheint) , muss er sich nun entscheiden, ob er die Voyager zerstört (was ihn laut Chakotay löschen würde) oder nicht (was ihn laut Barclay töten würde). Dem Doktor geht es zunehmend schlechtetschlechter, er liegt am Boden und alle reden auf ihn ein. Er kann sich nicht entscheiden und Kes beugt sich zu ihm hinunter, um ihn zu küssen. Er fängt an: "Kes, ich wollte Ihnen schon immer sagen..."

Plötzlich ist er wieder zurück auf der [[Krankenstation]] und beendet seinen Satz mit einem verlegenen "...dass ich Sie schön finde." und alles scheint normal, doch . Doch nachdem alle außer Kes gegangen sind, entspinnt sich entsteht ein Dialog, in dem der Doktor [[Kes]] weis machen will, dass er sie nur auf eine platonische Art schön finde. Daraufhin macht sich [[Kes]] Sorgen um ihre Ehe mit dem Doktor, und da wird klar, dass es noch nicht vorüber ist. Die Situation eskaliert, Barclay kommt zurück und versucht von neuem, ihn zu überreden; der Doktor sieht sich wieder zu dem Zeitpunkt seiner Aktivierung zurückversetzt. Auf einmal sieht sich der Doktor als verwundeter Patient auf einem [[Biobett]], der ihn mit der Stimme des Captains anredet: "Doktor!" Dann findet er sich neben [[Kathryn Janeway|Captain Janeway]] auf dem Holodeck wieder, welche ihn besorgt fragt, ob er wisse, wo er sei. Er antwortet, dass er auf dem Holodeck der Voyager sei. Auf die Frage, ob er auch wisse, wer er sei, erwidert er, er sei das MHN-Programm der Voyager. Janeway erklärt, dass alles, was er gesehen habe, sich nur innerhalb des Holodecks abgespielt habe. Um sicher zu gehen, dass es wirklich vorbei ist, fragt er die verblüffte Janeway, ob Kes auch nicht seine Frau sei.