Wenig später befindet sich die ''Defiant'' mit der ''Yeager'' bei Deep Space 9. ({{DS9|Die Beraterin}})
[[Datei:Sisko hat Probleme mit Kasidy an Bord der Defiant.jpg|thumb|Sisko hört Cusak zu.]]
Nachdem [[Molly O'Brien]] durch ein Zeitportal auf [[Golana]] in Vergangenheit versetzt worden ist, versucht die Crew der ''Defiant'' sie zu retten. Es gelingt ihr zwar, aber in der Zwischenzeit hat Molly zehn Jahre auf Golana verbracht und ist dort erwachsen geworden. Da sie dort allein ohne Gesellschaft aufgewachsen ist, reagiert sie auf Fremde panisch. Da sich Molly O'Brien nicht anpassen kann, bringen ihre Eltern sie zum ein Zeitportal auf Golana, damit sie in der Vergangenheit leben kann. Als Molly durchs Portal tritt, trifft sie auf ihr jüngeres Ich und schickt das Kind wieder zu ihren Eltern zurück. ({{DS9|Das Zeitportal}})
Wenig später kommandiert Sisko die ''Defiant'', welche den [[Konvoi]] [[PQ-1]] ins [[Vegan-System]] eskortiert. Bald darauf empfängt die ''Defiant'' ein Notsignal und Worf ruft Sisko auf die Brücke. Die ''Defiant'' empfängt einen Notruf von Captain [[Lisa Cusak]]. Sie ist auf einen Klasse L Planeten abgestürzt und droht an einer [[Kohlendioxid]]vergiftung zu sterben. O'Brien bekommt den Auftrag eine direkte Verbindung mit ihr herzustellen, doch das erweist sich als schwieriger als Gedacht. Obwohl er keine Verbindung herstellen kann, hört O'Brien Cusak zu, um ihr das Gefühl zu geben nicht allein zu sein. Mit der Zeit gelingt es O'Brien eine Verbindung herzustellen und Cusak unterhält sich mit der Besatzung der ''Defiant''. So berichtet Sisko Cusak vom Dominion-Krieg. Cusak unterhält sich auch mit Bashir, aber Bashir ist aufgrund seiner Arbeit desinteressiert, um mit ihr zu reden. Als dies Captain Cusak bemerkt, gibt sie vor von einem [[Monster]] gefressen zu werden und so bekommt sie die vollständige Aufmerksamkeit von Bashir. Bashir vertraut sich mit der Zeit Cusak an und redet viel mit ihr. Auch O'Brien unterhält sich lange mit ihr. Er berichtet, dass er sich aufgrund des Krieges einsam fühlt, da er weiß das viele Freunde von ihm während des Krieges ums Leben kommen. Als Bashir erkennt, dass Cusak das [[Tri-Ox]] ausgeht, muss die ''Defiant'' beschleunigen, um sie rechtzeitig erreichen zu können. Worf äußert seine Bedenken, da das Leeren der Reserveenergie ihre Verteidigungsfähigkeit einschränken könnte. Sisko entschließt sich dennoch zu dem Flug. Als die ''Defiant'' den Planeten erreicht, kann der Tranporter nicht die Barriere, welche den Planeten umgibt, durchdringen. Sisko, O'Brien und Bashir fliegen darauf mit der [[Chaffee|''Chaffee'']] auf die Planetenoberfläche. Auf der Oberfläche findet das Außenteam jedoch nur den Leichnam von Captain Cusak. Cusak ist bereits seit mehren Jahren tot, aber aufgrund der Zeitbarriere, welche den Planeten umgibt konnte die ''Defiant'' mit Cusak Kontakt aufnehmen. Auf Deep Space 9 veranstaltet man später eine Gedenkfeier zu Ehren von Captain Cusak. ({{DS9|Der Klang ihrer Stimme}})
[[Datei:Defiant bei Chin'toka.jpg|thumb|Die Defiant kämpft bei Chin'toka]]
Ende des Jahres ist die ''Defiant'' dann Teil der Flotte, mit der die [[Föderiert-Klingonisch-Romulanische Allianz|Allianz]] das [[Chin'toka-System]] einnimmt. Dabei wird die Flotte vor eine scheinbar unlösbare Aufgabe gestellt, als die Cardassianer die [[Orbitale Waffenplattform|automatischen Verteidigungsplattformen]] im [[Orbit]] von Chin'toka aktivieren. Chief O'Brien macht die Energieversorgung der Plattformen als Schwachstelle aus, die auf einem [[Asteroid]]en ausgelagert ist. Da die [[Schutzschild|Schilde]] um den Asteroiden jedoch zu stark sind, prägt man mit einem [[Deflektorimpuls]] diesem eine [[Warpsignatur]] eines Föderationsraumschiffs auf, so dass auch der Asteroid zum Ziel der Waffenplattformen wird. Der Plan geht auf, und die Plattformen zerstören ihre eigene Energieversorgung, so dass die Streitkräfte der Föderation das System ohne größeren Widerstand einnehmen können.
Nach [[Datei:Defiant bei Chin'toka.jpg|thumb|left|Die ''Defiant'' bei der Schlacht von Chin'toka.]] Ende 2374 verändert die Föderation ihre Strategie, anstatt eines Verteidigungskrieges, will die Föderation nun mit seinen Verbündeten ins Territorium des Dominions eindringen und dieses Offensiv bekämpfen. Zu der Zeit ziehen die Cardassianer Schiffe aus dem Erfolg erreicht [[Chin'toka-System]] ab und schicken diese an die [[Romulanischer Raum|romulanische Front]], so dass zur Verteidigung des Systems nur fünf Jem'Hadar-Geschwader zurückbleiben. Die Sternenflotte und die Klingonen entdecken wenig später einen Schwachpunkt des Dominion und versuchen die Romulaner davon zu überzeugen, dass dies vermutlich die Crew beste Gelegenheit für einen Offensivschlag wäre. Doch die Cardassianer installieren zu der Zeit ein Netzwerk aus [[Orbitale Waffenplattform|orbitalen Waffenplattformen]], welche das Chin'toka-System verteidigen sollen. Nachdem es Gelungen ist die Romulaner zu überzeugen eine dringende Botschaft aktive Rolle im Krieg zu spielen, fliegt die Flotte der [[Föderationsallianz]] zum Chin'toka-System, um dieses zu erobern. Sisko wird bevor er aber mit der Defiant aufbricht von den Propheten gewarnt, die Station nicht zu verlassen. Aber auf Befehl von Admiral Ross fliegt Sisko mit der ''Defiant'' in die Schlacht und Sisko überträgt Dax das Kommando über die Station. Die Flotte der Allianz trifft bei Chin'toka ein, bevor das Netzwerk in Betrieb genommen wird. Als einige Jem'Hadar-Angriffsjäger angreifen, kümmern sich die Klingonen um diese. Doch durch die Selbstmörderischen Angriffe der Jem'Hadar, erleiden die Klingonen schwere Verluste und viele ihrer Schiffe werden vernichtet. Der Rest der Flotte kümmert sich um die deaktivierten Waffenplattformen und zerstören einen Teil von diesen. Doch plötzlich werden die Plattformen aktiviert und greifen die Flotte an. Die Plattformen vernichten darauf viele Schiffe aus der Föderationsallianz. Zur selben Zeit wird Dax auf Deep Space 9von Dukat, welcher von einem Pah-Geist besessenen ist, tödlich verwundet. Danach löscht der Pah-Geist den Drehkörper aus und das Wurmloch schließt sich. Die Station wurde überfallen Sisko bemerkt dies und bricht zusammen, worauf Kira das bajoranische Wurmloch ist verschwundenKommando über die ''Defiant'' übernimmt. Worf meldet inzwischen, dass die ''Defiant'' die Kraftfelder der Waffenplattformen nicht durchdringen kann. O'Brien kann die Energiequelle der Waffenplattformen auf [[~/Mond/DS9/6x26/1|einem Mond]] lokalisieren. Da die Schilde um den Mond jedoch zu stark sind, prägt die Flotte einem [[Deflektorimpuls]] diesem eine [[Warpsignatur]] eines Föderationsraumschiffs auf, so dass auch der Mond zum Ziel der Waffenplattformen wird. Der Plan geht auf, und Jadzia liegt im Sterbendie Plattformen zerstören ihre eigene Energieversorgung, so dass die Streitkräfte der Föderation das System ohne größeren Widerstand einnehmen können. Nach der Schlacht kehrt die ''Defiant'' umgehend nach Deep Space 9 zurück. Nach dem Tod von Dax verlässt Sisko für unbestimmte Zeit die Station da er sich die schuld für den Tod von Dax gibt, da er nicht auf die Propheten gehört hat. Sisko verabschiedet sich von seinen Offizieren ohne zu wissen ob er jemals zurückkehren wird. ({{DS9|Tränen der Propheten}})
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[[Datei:Defiant über AR-558.jpg|thumb|Die Defiant über AR-558]]
Nachdem Jadzia gestorben und das bajoranische Wurmloch kollabiert ist, zieht sich Captain Sisko in seine Heimat zurück, so dass das Kommando des Schiffs auf [[Worf]] übergeht. Fernab der Erde ist die ''Defiant'' mit der Eskorte verschiedener [[Konvoi]]s beschäftigt. ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})
