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Nachdem Chakotay eine Gehirnwäsche durch die [[Vori]] unterzogen wurde, behandelt der Doktor Chakotay, damit er sich von diesen Erfahrungen wieder lösen kann. ({{VOY|Nemesis}})
Da nun Kes dem Doktor nicht mehr bei seiner Arbeit unterstützen kann, ernennt der Doktor motgedrungen wieder Paris zu seinem medizinischen Assistenten, der ihn auf der Krankenstation unterstützt. Kurz darauf erhält die ''Voyager'' einen Notruf von einer [[Isomorphe Projektion|Isomorphen Projektion]], die ähnlich wie ein Hologramm funktioniert. Der Doktor will diesem Isomorph sofort helfen. Janeway stimmt der Bitte des Doktors zu und Torres begibt sich mit dem Doktor in [[~/Raumschiff/VOY/3x04/1|einem Shuttle ]] zum Schiff des Isomorphen. Der Isomorph berichtet, dass seine Crew durch einen Virus getötet wurden ist und er nun Hilfe bei der Reparatur des Schiffes benötigt. Torres kann das Programm des Isomorphen stabilisieren und er beginnt sich mit dem Doktor anzufreunden. Doch Torres bemerkt ein seltsames, ihr gegenüber feindseliges Verhalten des Isomorphen. Torres berichtet dies dem Doktor, doch der Doktor versteht das Verhalten seines Kollegen, da es ihm ähnlich ergangen ist. Doch inzwischen findet Torres heraus, dass der Isomorph die gesamte Crew an Bord des Schiffes ermordet hat. Doch plötzlich taucht der Isomorph auf und versucht Torres zu töten, Torres gelingt es aber den Isomorph zu deaktivieren. Als der Doktor und Torres von dem Schiff fliehen wollen, taucht plötzlich der Isomorph wieder auf, verletzt Torres und deaktiviert den Doktor. Mit letzter Kraft gelingt es Torres den Isomorph zu vernichten und den Doktor wieder zu aktivieren. Beiden gelingt es auf die ''Voyager'' zurück zu kehren und dort behandelt der Doktor die verletzte Torres. ({{VOY|Der Isomorph}})
[[Datei:Der_Doktor_informiert_Seven_of_Nine.jpg|thumb|Der Doktor versteckt sich auf dem Holodeck vor den Srivani.]]
Einige Zeit später empfiehlt der Doktor, dass Seven ihre erste richtige Nahrung zu sich nehmen darf. Doch bei ihrer ersten Nahrungsaufnahme hat sie seltsame Erinnerungen an die Borg und plötzlich aktivieren sich einige Borg-Implantate in ihr und Seven verliert die Kontrolle über sich. Seven flieht mit [[~/Raumschiff/VOY/4x06/1|einem Shuttle ]] von der ''Voyager''. Der Doktor entwickelt ein Mittel, die die Produktion ihrer Nanosonden stoppt, um sie so aufhalten zu können. Es stellt sich heraus, dass ein Borgsignal, das von Seven of Nines ehemaligen Schiff, der [[USS Raven|USS ''Raven'']], stammt. Nachdem es gelungen ist dieses Signal zu deaktivieren, kehrt Seven auf die ''Voyager'' zurück. Der Doktor deaktiviert darauf ein Implantat in Seven of Nines Sevens Körper, damit sie nicht mehr solche Signale empfangen kann. ({{VOY|Der schwarze Vogel}})
Kurze Zeit später zeigen einige Crewmitglieder seltsame Krankheitssymptome. Janeway leidet unter schweren [[Kopfschmerz]]en. Anfangs vermutet der Doktor, dass diese Kopfschmerzen durch viel [[Stress]] ausgelöst worden sind. Doch plötzlich beginnen Chakotay und Neelix an genetischen Mutationen zu leiden und der Doktor versucht herauszufinden, woher diese Mutationen stammen. Der Doktor findet bei seinen Untersuchungen heraus, dass die DNS von Neelix und Chakotay manipuliert worden ist. Plötzlich wird das Programm des Doktors aus dem Computer gelöscht, doch dem Doktor gelingt es im letzten Moment aufs Holodeck zu transferieren. Er versteckt sich darauf in einem Holoprogramm, als es an Bord zu immer mehr Mutationen kommt. Der Doktor nimmt heimlich Kontakt zu Seven auf, berichtet ihr von der Manipulation der DNS und erklärt ihr einen Weg diejenigen, die dafür verantwortlich sind, aufzuspüren. Seven findet heraus, dass sich Fremde an Bord befinden und Experimente mit der Crew durchführen. Ihr gelingt es eine dieser Fremde zu enttarnen. Die [[Srivani]] erklären ihre Experimente fortzuführen oder ansonsten die gesamte Crew zu töten. Um die ''Voyager'' zu retten, fliegt Janeway die ''Voyager'' durch einen [[Pulsar|binären Pulsar]]. Da die Srivani glauben, die ''Voyager'' werde durch den Pulsar vernichtet, fliehen sie von Bord. Nachdem die Srivani verschwunden sind, kann der Doktor die genetischen Mutationen stoppen. ({{VOY|Verwerfliche Experimente}})