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[[Datei:Seska wirft dem Doktor Sabotage vor.jpg|thumb|Seska wirft dem Doktor Sabotage der ''Voyager'' vor.]]
Während die Besatzung der ''Voyager'' auf dem Hanon-Planet ums Überleben kämpft, überprüft Seska die Loyalität des Doktors und informiert ihn darüber, dass die Kazon nun die ''Voyager'' übernommen haben. Als Seska die Krankenstation verlassen hat, überlegt der Doktor wie er die ''Voyager'' zurückerobern kann. Durch den Computer erfährt der Doktor, dass sich Lon Suder noch an Bord der ''Voyager'' befindet. Zusammen mit Suder plant der Doktor die Rückeroberung der ''Voyager'', aber Suder fällt es nun sehr schwer wieder Gewalt anzuwenden. Suder gelingt es jedoch einige Sabotagen an Bord der ''Voyager'' durchzuführen und so die Kazon abzulenken. Währenddessen erhält der Doktor eine Botschaft von Paris, in der Paris berichtet, dass der Doktor die [[Phaserenergiekupplung]] deaktivieren muss, damit Paris die ''Voyager'' mit Hilfe einiger Talaxianer zurückerobern kann. Plötzlich kommt Seska auf die Krankenstation und bezichtigt den Doktor der Sabotage. Um Suder zu schützen, gibt der Doktor die Sabotage zu. Darauf zerstört Seska die Holosysteme auf der Krankenstation und der Doktor wird deaktiviert. Als Suder daraufhin auf die Krankenstation kommt, erhält er vom Doktor eine aufgezeichnete Nachricht, in der der Doktor erklärt, dass Suder die Phaserenergiekupplung deaktivieren muss. Suder begibt sich in den Maschinenraum und setzt dort die Kazon außer Gefecht. Als Suder die Phaserenergiekupplung deaktivieren will, wird er von einem Kazon in den [[Rücken]] geschossen. Mit letzter Kraft gelingt es Suder, die Phaserenergiekupplung zu deaktivieren, bevor dieser stirbt. Als die Kazon die Waffen aktivieren wollen, kommt es zu einer Energieüberladung an Bord. Seska wird von dieser Überladung getroffen und tödlich verletzt. Mit letzter Kraft schafft sie es, zu ihrem Kind zu kriechen, wo sie dann stirbt. Paris und die Talaxianer greifen darauf die wehrlose ''Voyager'' an. Paris und die Talaxianer entern wenig später die ''Voyager'' und in dieser Zeit kommt Seska auch ums Leben. Als Kazon bemerken, dass sie verloren haben, ziehen sich diese zurück. Paris fliegt die ''Voyager'' zurück zum Hanon-Planeten und die Crew kann schließlich gerettet werden. Nach diesen Ereignissen setzt die ''Voyager'' ihre Reise zum Alpha-Quadranten fort und verlässt entgültig den Raum der Kazon. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil II}})
[[Datei:Zwei akritirianische Schiffe greifen die USS Voyager an.jpg|thumb|left|Die Akitirianern greifen die ''Voyager'' an.]]
Als die ''Voyager'' auf einen Nebel aus [[Sirillium]] stößt, mangelt es den Führungsoffizieren nicht an Ideen das Sirillium zu verwenden. Neelix will das Sirillium in seine Thermalphalanx einspeisen, um seine Kochzeiten zu verkürzen. Torres meint, dass er damit seine Küche in die Luft sprengen würde. Stattdessen will sie es lieber als Warpplasmakatalysator nutzen. Tuvok meint, dass man es auch zur Verstärkung der Deflektoren nutzen könnte. Plötzlich leidet Tuvok an Halluzinationen und bricht zusammen. Der Doktor beginnt darauf Tuvok zu untersuchen. Da durch eine verborgene Erinnerung – auch [[T'lokan-Schisma]] genannt – eine Erkrankung im Gehirn ausgelöst wird, kann der Doktor nichts für Tuvok tun. Um diese Erkrankung zu behandeln und diese Erinnerung zu finden, beschließt Tuvok eine Geistesverschmelzung mit einer vertrauten Person durchzuführen. Janeway erklärt sich dazu bereit und der Doktor überwacht diese Geistesverschmelzung. Während dieser Verschmelzung entdeckt der Doktor, dass Tuvok sich mit einem Virus infiziert hat, der diese Erinnerung auslöst. Mit starker [[Thoron]]strahlung kann der Doktor den Virus abtöten und Tuvok wird geheilt. ({{VOY|Tuvoks Flashback}})
Wenig später verbringen Paris und Kim ihren Landurlaub auf dem Planeten [[Akritiri]]. Die beiden verbringen ihren Urlaub im [[Laktivianisches Erholungszentrum|laktivianischen Erholungszentrum]], allerdings verüben dort [[Open Sky]]-Terroristen einen Bombenanschlag, wo [[47]] Wachen zu Tode kommen. Der [[Sprengstoff]] basiert auf [[Trilithium]] und da sich an Bord der ''Voyager'' Dilithium befindet, werden Paris und Kim verdächtigt den Anschlag verübt zu haben. Die beiden kommen vor Gericht und sie werden verurteilt. Beide werden darauf unter [[Droge|Drogen]] gesetzt, eine [[Krampe]] implantiert und schließlich ins [[Akritirianisches Hochsicherheitsgefängnis|akritirianische Hochsicherheitsgefängnis]] gebracht. Janeway verhandelt inzwischen mit Botschafter [[Liria]] uum die Freilassung ihrer Offiziere. Doch der Botschafter gibt ihr zu verstehen, dass dieser kein Intresse hat, dass die beiden wieder frei kommen. Stattdessen soll die ganze ''Voyager'' von den Akritirianer übernommen werden und zwei Schiffe greifen die ''Voyager'' an. Die ''Voyager'' zieht sich darauf zurück. Janeway versucht darauf die Unschuld von Paris und Kim zu beweisen und sucht nach Hinweisen für die Terroristen.Die Recherchen führen sie zu einem akitirianischen Schiff, dass von zwei jungen Akitirianern geflogen wird. Janeway beamt [[Vel]] und [[Piri]] an Bord und bei dem Verhör mit Tuvok stellt sich heraus, dass die beiden für den Anschlag mit verantwortlich sind. Janeway will beide Ausliefern, doch Botschafter Liria ist es egal wer der wahre Schuldige ist. Janeway arbeitet schließlich mit Vel zusammen. Da die Akitirianer die ''Voyager'' fliegt Janeway mit Neelix seinem Schiff der [[Baxial|''Baxial'']] zum Gefängnis. Dort können Janeway und Tuvok Kim und Paris aus dem Gefängnis befreien und vor den Akitirianern fliehen. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}})
[[Datei:Schwarm auf Voyager.jpg|thumb|Die Schiffe des Schwarms auf der ''Voyager''.]]
Wenige Wochen später wird [[~/Raumschiff/VOY/3x04/1|ein Shuttle]] mit Paris und Torres von einer [[Schwarm (Spezies)|unbekannten Spezies]] angegriffen. Tuvok beginnt auf Befehl von Janeway eine Botschaft an die fremde Spezies zu senden. Als Antwort auf seine Kommunikationsversuche erhält Tuvok nur eine einzige sich wiederholende, unverständliche Botschaft erhalten hat. Neelix kennt diese Spezies und warnt Janeway davor durch dieses Gebiet zu fliegen, da diese Spezies keinen Kontakt zu Fremden haben will. Als Janeway den Entschluss fasst [[Territorium des Schwarms|das Territorium der fremden Spezies]] zu durchfliegen, weist Tuvok darauf hin, dass dies die Bestimmungen der Sternenflotte verletzt. Da das umfliegen des Gebiets die Reise der Voyager um 13 Monate verlängern würde, beschließt Janeway das Gebiet der Fremden heimlich zu durchqueren. Zur gleichen Zeit kommt es beim Programm des Doktors zu einer [Kaskadenüberladung]], die sein Programm überlastet und beginnt seine [[Speicherkreis]]e zu löschen. Um das Programm des Doktors zu retten, wäre ein kompletter Neustart des Programms nötig, allerdings würde damit der Doktor die Erfahrungen, die er in den letzten zwei Jahren gesammelt hat, verlieren. Torres versucht darauf auf Kes’ Bitten, einen anderen Weg zu finden, den Doktor zu retten. Torres aktiviert auf dem Holodeck das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station]], das speziell für die Wartung und Reparatur des MHNs erschaffen wurde. Doch auch dieses Programm kann dem Doktor nicht helfen und empfiehlt auch den kompletten Neustart des Programms des Doktors. Das Diagnoseprogramm untersucht weiter den Doktor, um eine Möglichkeit zu finden den Doktor zu retten. Dabei findet das Diagnoseprogramm viele unnötige Unterprogramme des Doktors, wie etwa Freundschaften zur Crew, Hobbys und Musik. Währenddessen hat sich das Programm des Doktors so zersetzt, dass er niemanden mehr wiedererkennt, und er benimmt sich wie ein Kleinkind. Schließlich finden Kes und das Diagnoseprogramm eine gemeinsame Lösung, um den Doktor zu retten. Da das Diagnoseprogramm dieselbe [[Holomatrix]] wie der Doktor hat, will Kes die Matrix des Diagnoseprogramms in die Matrix des Doktors transplantieren. Durch die [[Transplantation]] der Matrix des Diagnoseprogramms in die des Doktors geht zwar das Diagnoseprogramm verloren, aber der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor wird wieder aktiviert und muss langsam beginnen seine Erinnerungen zu sammeln. Zur selben Zeit durchfliegt die ''Voyager'' das Territorium der Fremden. Als die ''Voyager'' die Grenze der fremden Spezies passiert, meldet Tuvok dies und überwacht [[Schwarmschiff|die fremden Schiffe]], welche sich in der Nähe befinden. Doch mit der Zeit entdecken die Fremden die ''Voyager'' und verfolgen mit ihren Schiffen die ''Voyager''. Auf Befehl von Janeway feuert Tuvok auf die Schiffe, doch dies hat keine Auswirkung auf die Schiffe. Die Schiffe lagern sich an die Hülle. Die Fremden beamen sich an Bord und greifen die Crew an. Doch die Angriffe können abgewehrt werden. Jedoch gelingt es Kim die fremden Schiffe an der Hülle mit einer bestimmten Phasermodulation zu zerstören. Daraufhin ziehen sich die übrigen zurück und die ''Voyager'' kann das Territorium der Fremden wieder verlassen. ({{VOY|Der Schwarm}})
[[Datei:Barzanisches Wurmloch Delta-Quadrant.jpg|thumb|left|Die ''Voyager'' beim barzanischen Wurmloch.]]
Einige Zeit darauf entdeckt die ''Voyager'' Spuren eines Wurmloches in der Nähe eines Planeten. Die Bevölkerung auf der Oberfläche hat den technologischen Stand der [[Bronzezeit]]. Doch Tuvok entdeckt Replikatortechnik auf der Oberfläche, welche aus dem Alpha-Quadranten stammt. Darauf beamen Chakotay und Paris auf die Oberfläche und mischen sich unter die Bevölkerung. Die beiden entdecken, dass die Bevölkerung von zwei Ferengi beherrscht wird, welche von den [[Takarianer]]n als [[Heilige Weisen]] verehrt werden. Die ''Voyager'' versucht inzwischen das [[Barzanisches Wurmloch|Barzanische Wurmloch]] zu stabilisieren, um zurück in den Alpha-Quadranten zu gelangen und Janeway will auch die beiden Ferengi [[Arridor]] und [[Kol (Ferengi)|Kol]] mitnehmen. Doch diese weigern sich mit zurück in den Alpha-Quadranten zu kommen, da diese die Takarianer weiter ausbeuten wollen. Doch mit einer List werden die Ferengi zurück an Bord der ''Voyager'' geholt. Allerdings fliehen die beiden Ferengi mit einem [[Ferengi-Shuttle|Shuttle]] von ''Voyager'' und dabei werden die Ferengi in das Wurmloch gezogen und das Wurmloch wird vollständig instabil und verschwindet. Somit muss die ''Voyager'' ihren normalen Kurs fortsetzen. ({{VOY|Das Wurmloch}})
Kurze Zeit später transportiert die ''Voyager'' eine Gruppe von [[Enaraner]]n zu ihrer [[Heimatwelt]]. Diese überlassen der ''Voyager'' im Gegenzug Technologie. Torres installiert mit den Enaranerinnen [[Jessen]] und [[Korenna Mirell]] die neue Technologie im Maschinenraum. In den folgenden Nächten erlebt Torres Träume aus der Vergangenheit der Enaraner. Sie erfährt in den Träumen wie die Enaraner die sogenannten Rückständigen deportiert und ausgelöscht haben. Torres entdeckt, dass die Erinnerungen von Mirell stammen. Doch Mirell während des Fluges ums Leben. Wütend stürmt Torres ins Kasino und wirft den Enaranern vor, Mörder zu sein. Sie berichtet von den Erinnerungen, jedoch glaubt ihr niemand. Torres spricht anschließend mit Janeway, die meint, dass es Sache der Enaraner ist, wenn sie einen Teil ihrer Geschichte verheimlichen wollen. Jedoch ermutigt sie Torres noch einmal mit Jessen zu sprechen. Torres tut dies und ermutigt Jessen, Fragen zu stellen. Daraufhin nimmt diese die Erinnerungen auf. ({{VOY|Das Erinnern}})
Während eines Landurlaubs bei den [[Nechani]] ist Kes von einen [[Schrein]] fasziniert und geht unerlaubt dort hin. Dort wird sie von einer Energieentladung getroffen und fällt sie ins [[Koma]]. Der Doktor kann jedoch nichts für Kes tun. Um Kes helfen zu können, durchläuft Janeway ein Ritual, um Antworten darauf zu erhalten, warum die [[Mönch]]e dort ohne Schaden durch den Schrein gehen können. Die gesammelten Biodaten werden vom Doktor ausgewertet und er entwirft eine Behandlung. Diese schlägt aber fehl und Kes stirbt beinahe. Bei einem zweiten Ritual des Captains wird ihr klar, dass sie, so unlogisch es klingt, Kes noch einmal in diesen Schrein bringen muss, um sie zu retten. Der Captain trägt Kes in das Feld des Schreins und Kes erholt sich wieder. ({{VOY|Das Ritual}})
Mitte des Jahres baut die Crew auf einem Planeten der [[Sakari]] [[Gallizit]] ab, das zur Wartung des Warpantriebs benötigt wird. Dabei stößt man das erste mal auf die [[Borg]], in Form einer toten [[Borg-Drohne|Drohne]]. ({{VOY|Pon Farr}})