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Das Programm wird von [[Doktor]] [[Lewis Zimmerman]] und [[Reginald Barclay]] entwickelt. Um einen größtmöglichen Einsatzumfang sicherzustellen, werden die Datenbanken des Doktors mit 5.000.000 chirurgischen Verfahren und dem medizinischen Wissen aus über 3.000 [[Kultur|Kulturen]] sowie dem von [[47]] medizinischen Offizieren ausgestattet. ({{VOY|Die Parallaxe|Das Holo-Syndrom|Zeitschiff „Relativity“}})

=== 2371 ===

[[Datei:Janeway aktiviert den Doktor.jpg|thumb|Janeway aktiviert zum ersten Mal den Doktor.]]

2371 untersucht die Crew der ''Voyager'' einen Planeten, welcher vollständig zerstört worden ist. Captain Janeway und Lieutenant Paris werden durch eine [[Subraumspalte]] einen Tag in die Vergangenheit versetzt, bevor die Katastrophe eintritt und die Crew tut alles, damit Paris und Janeway zurück in die Gegenwart gelangen. Kes hat zu diesem Zeitpunkt seltsame Visionen über die Katastrophe und begibt sich mit Neelix zum Doktor. Der Doktor stellt nichts an Kes fest, ist allerdings verärgert, dass ihn keiner informiert hat, dass sich neue Crewmitglieder an Bord der ''Voyager'' befinden. In der Vergangenheit stellt Janeway mit Entsetzen fest, dass der Rettungsversuch der Voyagercrew die Katastrophe auslöst. Janeway verhindert diesen Rettungsversuch und die Katastrophe findet nicht statt. Damit wird diese Zeitlinie aufgelöst und in der neuen Zeitlinie fliegt die ''Voyager'' an diesem Planet vorbei. ({{VOY|Subraumspalten}})

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[[Datei:Der Doktor und das Baby.jpg|thumb|Der Doktor kurz vor der Vernichtung der doppelten ''Voyager''.]]

Während der Geburt von Fähnrich Wildmans Baby flüchtet die ''Voyager'' vor den Vidiianern durch eine Plasmawolke und fliegt durch ein Subraumdivergenzfeld. Dabei wird das Schiff mit seiner ganzen Materie verdoppelt. Allerdings wird die Antimaterie nicht verdoppelt und der Antrieb fällt aus. Zu der Zeit kommt es bei der Geburt zu Komplikationen und der Doktor kann das Baby mit einen Fötustransport retten. Um den entstehenden Energieausfall zu stoppen, empfiehlt Torres den Antrieb mit Protonenausstößen zu aktivieren und tut es auch. Es dauert eine Weile, bis der Antrieb aktiviert wird. Inzwischen gelingt es dem Doktor erfolgreich das Baby von Fähnrich Wildman zu behandeln und übergibt es ihrer Mutter. Zu der Zeit behandelt der Doktor eine zweite Kes, die wie aus dem Nichts aufgetaucht ist. Die zweite Kes berichtet von einer anderen ''Voyager''. Janeway stoppt sofort die Protonenausstöße und die Crew stellt fest, dass die ''Voyager'' durch die Subraumdivergenz verdoppelt worden ist. Captain Janeway nimmt mit der anderen Janeway Kontakt auf und versucht mit ihr zusammen die beiden ''Voyagers'' wieder zu vereinen. Doch der erste Versuch zur Wiedervereinigung der beiden ''Voyagers'' scheitert. Plötzlich greifen die Vidiianer die ''Voyager'' an. Allerdings bleibt die andere ''Voyager'' von den Vidiianern verschont. Die Vidiianer beginnen die ''Voyager'' zu erobern und töten viele Crewmitglieder. Der Doktor versucht zu der Zeit das Baby vor den Vidiianern in Sicherheit zu bringen. Währenddessen sieht Janeway nur eine Möglichkeit die Vidiianer zu vernichten, sie aktiviert die Selbstzerstörung. Janeway schickt Harry Kim mit dem Baby auf die andere ''Voyager''. Kim erreicht die Krankenstation und der Doktor übergibt Kim das Baby und er begibt sich darauf auf die andere ''Voyager''. Kurz darauf wird die ''Voyager'' durch die Selbstzerstörung vernichtet und reißt die Vidiianer mit in den Tod. ({{VOY|Die Verdoppelung}})

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=== Kes’ Zeitsprünge ===

Als Kes weitere sechs Monate zurück reist, findet der Doktor heraus, dass durch die biotemporale Kammer die Chronotonpartikel aktiviert worden sind und die Zeitsprünge auslösen. Der Doktor versucht alles, um Kes zu helfen, doch sie springt wieder rückwärts durch die Zeit.

=== Jahr der Hölle ===

[[Datei:Der Doktor während des Höllenjahres.jpg|thumb|Der Doktor während des Höllenjahres.]]

2374 trifft die ''Voyager'' auf die Krenim, die jedoch für die ''Voyager'' harmlos sind. Plötzlich erscheint eine Zeitverzerrung und die Zeitlinie wird verändert. Die Krenim sind in dieser neuen Zeitlinie eine starke Streitmacht und die Angriffe beschädigen die ''Voyager'' schwer. In den folgenden Wochen ist die ''Voyager'' weiteren Angriffen ausgesetzt. Der Doktor leitet dabei die Evakuierung von Deck 5, als es plötzlich zu einer Überladung der Energieleitungen kommt. Der Doktor kann die meisten Crewmitglieder in Sicherheit bringen, doch er muss 2 Crewmitglieder sterben lassen, um die anderen Crewmitglieder zu retten. Nach der Zerstörung der Krankenstation richtet der Doktor seine Krankenstation im Kasino ein. Der Doktor und Paris müssen im Lauf der nächsten Wochen die vielen Verletzten im Kasino behandeln. Inzwischen gelingt es der Besatzung temporale Schilde zu entwickeln, die gegen die Waffen der Krenim halten. Plötzlich taucht eine weitere Zeitverzerrung auf, doch die temporalen Schilde der ''Voyager'' halten. Durch die Verzerrung wird plötzlich das gesamte Krenimimperium ausgelöscht. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ein Krenim namens [[Annorax]] gibt zu mit seinen [[Krenim-Waffenschiff|Zeitwaffenschiff]] für diese temporalen Eingriffe verantwortlich zu sein. Er entführt Paris und Chakotay und versucht, da er in der ''Voyager'' eine Bedrohung sieht, sie aus der Geschichte auszulöschen. Doch die temporalen Schilde halten und die ''Voyager'' kann entkommen. Da die ''Voyager'' zu schwer beschädigt ist, lässt Janeway die gesamte Crew evakuieren und nur eine Rumpfmannschaft bleibt an Bord zurück. Der Doktor bleibt ebenfalls zurück und hilft bei der Behandlung der Crew. Nachdem Janeway schwer verletzt wird, will der Doktor sie im Kasino behalten, damit sie dort genesen kann. Janeway will dies nicht, doch der Doktor entzieht ihr das Kommando, da er den Captain aus medizinischer Sicht nicht für kommandierfähig hält. Janeway jedoch ignoriert den Befehl und der Doktor erklärt, dass sie wegen der Missachtung eines Befehls vor ein Militärgericht kommen kann. Janeway gelingt es in den nächsten Wochen eine Allianz mit den [[Nihydron]] und den [[Mawasi]] zu schmieden und greift mit ihnen Annorax’ Zeitschiff an. Mit Ausnahme von Janeway verlässt die gesamte Crew die ''Voyager''. Paris und Chakotay gelingt es das Zeitschiff zu sabotieren und darauf greift die Flotte an. Als die ''Voyager'' zu schwer beschädigt ist, fliegt Janeway einen Kollisionsflug mit der ''Voyager'' auf das Zeitschiff. Sie befiehlt der Flotte die temporalen Schilde zu deaktivieren. Durch die Explosion der ''Voyager'' wird eine weitere temporale Verzerrung aktiviert und die ursprüngliche Zeitlinie wird wieder hergestellt. ({{VOY|Ein Jahr Hölle, Teil I|Ein Jahr Hölle, Teil II}})

[[Datei:Der Doktor 2390.jpg|thumb|Der Doktor im Jahr 2390.]]

Als die ''Voyager'' versucht mit Hilfe des Quanten-Slipstream-Antrieb zurück in den Alpha-Quadrant zu fliegen, kommt es zu einer Katastrophe. Die ''Voyager'' wird aus dem Quanten-Slipstream geschleudert, stürzt auf [[~/Planet/VOY/5x06/1|einen Eisplaneten]] und wird unter meterdicken Eisschichten begraben. Nur Chakotay und Kim, welche mit dem ''Delta Flyer'' vor der ''Voyager'' fliegen, gelingt die Rückkehr zur Erde. Die beiden machen sich Vorwürfe, dass sie als einzige den Flug überlebt haben. Jahre später planen sie die Zeitlinie zu verändern. [[2390]] stehlen die beiden den ''Delta Flyer'' und einen [[Temporaler Borg-Transmitter|Temporalen Borg-Transmitter]], mit denen sie eine Botschaft durch die Zeit schicken wollen. Chakotay und Kim gelingt es die ''Voyager'' zu bergen und beamen den mobilen Emitter des Doktors an Bord des ''Delta Flyers''. Der Doktor erfährt von Kim und Chakotay, was mit der ''Voyager'' geschehen ist und dass die beiden die Geschichte ändern wollen. Der Doktor soll mit Hilfe von Sevens [[Neuraler Transceiver|Neuralem Transceiver]] eine Botschaft in die Vergangenheit schicken. Währenddessen taucht die [[USS Challenger (NCC-71099)|USS ''Challenger'']] unter dem Kommando von Captain [[Geordi La Forge]] auf und fordert Chakotay auf sein Vorhaben zu abzubrechen. Als Chakotay sich weigert, erklärt La Forge, dass er ihn aufhalten müsse die Vergangenheit zu verändern. Kim schickt zur selben Zeit eine Botschaft in die Vergangenheit, aber es passiert nichts und Kim rastet darauf aus. Dem Doktor gelingt es Kim zu beruhigen und Kim versucht eine weitere Botschaft in die Vergangenheit zu schicken, die die Vergangenheit ändern soll. Durch das Eingreifen der ''Challenger'' droht auf dem ''Delta Flyer'' ein Warpkernbruch und die Energie fällt aus. Der Doktor deaktiviert sich und Kim verwendet die Energie des mobilen Emitters, um die Botschaft in die Vergangenheit zu schicken. Kurz bevor der Flyer explodiert, hat Kim Erfolg und die Geschichte wird verändert. ({{VOY|Temporale Paradoxie}})

Gegen Ende 2375 behandelt der Doktor die Crew, die unter der Raumkrankheit leidet. Es stellt sich später heraus, dass temporale Verzerrungen die Ursache für die an Bord vorhandene Raumkrankheit der Crew verantwortlich ist. Bei der Behandlung der Crew wird der Doktor von Neelix aufs Kasino gerufen. Als der Doktor dort ankommt, weiß allerdings Neelix nichts davon, als plötzlich ein Crewmitglied zusammenbricht. Der Doktor stellt darauf fest, dass auf der Krankenstation die Zeit schneller vergeht als im Kasino. Später wird die ''Voyager'' durch die temporalen Verzerrungen vernichtet und die gesamte Crew wird dabei getötet. Doch die ''Voyager'' und die ihre Crew werden durch die Hilfe der Crew der [[USS Relativity|USS ''Relativity'']] aus dem 29. Jahrhundert gerettet, die verhindert, dass die ''Voyager'' durch diese temporalen Verzerrungen vernichtet wird. ({{VOY|Zeitschiff „Relativity“}})

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[[Datei:Der Doktor 2404.jpg|thumb|Der Doktor im Jahr 2404.]]

2378 entdeckt die ''Voyager'' einen Nebel mit vielen Wurmlöchern, doch da sich in den Nebel viele Borg-Kuben befinden, beschließt Janeway weiterzufliegen. Die ''Voyager'' benötigt weitere 16 Jahre, um zurück zur Erde zu kehren. In dieser Zeit entwickelt der Doktor einen [[Synaptischer Transceiver|synaptischen Transceiver]], den er in Captain Janeway transplantiert. Nachdem die ''Voyager'' zur Erde zurückgekehrt ist, arbeitet der Doktor weiter als Arzt und lernt eine Frau namens Lana kennen, die er auch heiratet. Nach 23 Jahren gibt sich der Doktor auch einen Namen und nennt sich von nun an Joe. Der Doktor besucht in dieser Zeit regelmäßig den geisteskranken Tuvok. Anlässlich des zehnjährigen Jubiläums der Heimkehr der ''Voyager'' ist der Doktor sehr erfreut, seine alten Kameraden wieder zu treffen. Später bemerkt der Doktor aufgrund des seltsamen Verhaltens von Tuvok, dass irgendetwas nicht mit Janeway stimmt. Der Doktor stellt deshalb Barclay zur Rede und erfährt von ihm, dass Admiral Janeway die Zeitlinie verändern will und die Voyager früher zurück in den Alpha-Quadranten holen will. Janeways Pläne gelingen schließlich und die ''Voyager'' kehrt bereits 2378 zur Erde zurück. ({{VOY|Endspiel, Teil I|Endspiel, Teil II}})