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Die Crew des Raumschiffs [[USS Reliant (NCC-1864)|USS ''Reliant'']] unterliegt einem Irrtum. Auf der Suche nach einem Himmelskörper, der den Anforderungen des Terraforming-Projekts "Genesis" genügt, halten sie den Planeten Ceti Alpha V für seinen zerstörten Nachbarn Ceti Alpha VI. Zwei Crewmitglieder, darunter [[Commander]] [[Pavel Chekov]], beamen auf die lebensunfreundliche Oberfläche und begegnen dort dem gentechnisch optimierten und hochintelligenten Khan Noonien Singh, einem alten Widersacher von James T. Kirk. Obwohl sich die Lebensbedingungen auf dem Planeten in den letzten Jahren drastisch verschlechtert haben, hat sich Kirk seit der ersten Begegnung nie wieder um dessen Schicksal gekümmert, was Khan sehr persönlich nimmt. Er möchte sich rächen und kapert zu diesem Zweck das Raumschiff Reliant.

James T. Kirk feiert inzwischen einen frustreichen Geburtstag. Als Admiral erlebt er keine Abenteuer mehr und leidet zunehmend unter einer altersbedingten Depression. Als Gast auf einem Trainingsflug der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'']] erhält er eine Nachricht von der Raumstation Regula 1. Seine verflossene Liebe [[Doktor]] [[Carol Marcus]] ist dort mit der Umsetzung des Genesis-Projekts beschäftigt - einer Terraforming-Methode, die tote Masse in einen bewohnbaren Planeten umwandelt. Dr. Marcus fragt Kirk panisch, warum die Föderation das Projekt vorzeitig beschlagnahmen wolle. Beide wissen nicht, dass Carol Marcus einer Fehlinformation unterliegt - einer Finte, die Khan auslegt, um seinen alten Widersacher zu sich zu locken. Kirk übernimmt das Kommando der Enterprise und eilt zur Raumstation, obwohl die Besatzung des alten Schiffs hauptsächlich aus unerfahrenen Kadetten besteht.