Wenig später wird Kira entführt und nach [[Cardassia Prime]] verschleppt. Sisko versucht inzwischen herauszufinden, was mit Kira geschehen ist und versucht diese zu finden. [[Elim Garak]] erfährt schließlich von seinen Quellen, dass Kira nach Cardassia entführt worden ist. Sisko fliegt darauf mit der ''Defiant'' in den [[Cardassianischer Raum|cardassianischer Raum]], um Kira zu retten. Damit die ''Defiant'' nicht entdeckt wird, modifiziert O'Brien die [[Schildharmonik]] der ''Defiant'', dass sie auf [[Langstreckensensor]]en als [[kobheerianischer Frachter]] erscheint. Sisko nimmt auch Garak gegen seinen Willen auf diese Mission mit. Während des Fluges erkundet Garak die ''Defiant'' und er wird dabei von Odo erwischt und auf die [[Brücke]] gebracht. Plötzlich nähern sich zwei cardassianische Schiffe und [[Gul]] [[Benil]] nimmt Kontakt mit der ''Defiant'' auf. Durch die Holofilter sieht, bei der Kommunikation mit Benil wie ein [[Kobheerianer]] aus. Doch aufgrund der Aktivitäten des [[Maquis]], will Benil auf das die ''Defiant'' und Siskos Mission wird dadurch gefährdet. Garak fordert von Sisko den Holofilter abzuschalten und Benil sieht nun das Sisko kein Kobheerianer ist, sondern ein Mensch. Garak fordert Benil den Kontakt mit dem Schiff aus seiner Datenbank zu löschen und niemanden von diesem Kontakt zu berichten. Aufgrund des Codes vom [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Orden]], welchen Garak nennt, geht Benil diesem Befehl nach. Schließlich gelingt es Sisko Kira von Cardassia zu retten und bringt sie zurück nach Deep Space 9. ({{DS9|Die zweite Haut}})

Einige Zeit darauf kümmert sich Odo um einen [[~/Person/DS9/3x06/3|jungen Jem'Hadar]], welcher zufällig gefunden wurde. Um zu zeigen wie brutal die Jem'Hadar sind, zeigt Odo dem Jungen eine Aufnahme wie die Jem'Hadar die ''Defiant'' angegriffen haben. Dies bringt den Jungen dazu noch aggresiver zu werden. Odo ist später gezwungen den Jungen in den Gamma-Quadranten zu bringen. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})

Trotz der Gefahr durch das Dominion führt die Föderation weitere Forschungsmissionen im Gamma-Quadranten durch. Im [[Trialus-System]] taucht plötzlich ein Planet aus dem Nichts heraus auf. Die Bewohner des Planeten rufen die ''Defiant'' und laden die Offiziere auf ihren Planeten [[Meridian]] ein. Die Bewohner erklären Sisko, dass ihr Planet immer für 60 Jahre in eine andere Dimension springt und sie dort als reine Gedanken leben, doch nun bleibt der Planet vorerst für die nächsten 12 Tage an diesem Ort. Darauf beamt ein Außenteam auf den Planeten und nimmt an dem Essen mit den Bewohnern teil. In dieser Zeit verliebt sich Dax auf dem Planeten in [[Deral]]. Um auf Meridian bleiben zu können, nachdem der Planet in die andere Dimension wechselt, muss Bashir die [[Molekül]]e von Dax ändern. Aber dies funktioniert nicht und durch Dax Anwesenheit wird der Übergang in die andere Dimension gestört und sie droht dabei zu sterben. Im letzten Moment kann Dax auf die ''Defiant'' gebeamt werden und der Planet verschwindet ohne sie. ({{DS9|Meridian}})

Wenig später besucht Commander [[William T. Riker]] die Station und freundet sich dort mit Kira an. Sie freut sich ihn kennen zu lernen und führt ihn später auf der Station herum. Riker bittet Kira ihm auch die ''Defiant'' zu zeigen. An Bord des Schiffes befindet sich O'Brien, doch zu Verwunderung von Kira verhält sich Riker gegenüber dem Chief sehr feindselig. Der Chief verlässt das Schiff und nachdem Kira das Schiff frei gegeben hat, setzt Riker Kira außer Gefecht. Riker gibt vor, dass ein [[Warpkernbruch]] bevor steht und mit dieser List gelingt es ihm mit der ''Defiant'' von der Station zu entkommen. Es stellt sich heraus, dass das es sich bei diesem Riker in Wirklichkeit um [[Thomas Riker]] handelt, welcher für den [[Maquis]] arbeitet und die Cardassianer angreifen will. Da sich die ''Defiant'' unter der Kontrolle des Maquis steht, drohen die Cardassianer ihre Schiffe an die Grenze zu verlegen und es droht ein Konflikt da auch die Sternenflotte Schiffe in die [[Entmilitarisierte Zone]] schicken wird. Da sich schnell aus diesem Konflikt ein Krieg entwickeln kann, erklärt sich Sisko bereit den Cardassianern zu helfen, die ''Defiant'' ausfindig zu machen. Sisko hilft den Cardassianern trotz der der Tarnvorichtung die ''Defiant'' ausfindig zu machen. Riker beginnt im [[Almatha-Sektor]] mit der ''Defiant'' cardassianische Außenposten anzugreifen und dringt so in den [[Cardassianischer Raum|cardassianischen Raum]] ein. Um Riker aufzuhalten, sabotiert Kira inzwischen die ''Defiant'', dass Riker seine Mission unterbrechen muss. Mit seiner Mission will Riker beweisen, dass der Obsidianische Orden heimlich eine Flotte im [[Orias-System]] errichtet. Anhand Rikers Verhalten, erkennt Kira, dass sich Riker eher wie ein Offizier der Sterenflotte als ein Terrorist verhält. Da Riker von immer mehr Schiffen der Cardassianer umzingelt wird, versucht Kira ihm zu verstehen zu geben, dass er verlieren wird. Sisko gelingt es inzwischen mit Dukat zu verhandeln, dass er die ''Defiant'' im Gegenzug der Daten die Riker über den Orden im Orias-System gesammelt hat. Dukat will aber, dass Riker zur Verantwortung gezogen wird und an die Cardassianer ausgeliefert wird. Dukat stimmt Siskos Vorschlag zu und nimmt auch die Bedingung an, dass dieser nicht hingerichtet wird. Da Riker inzwischen von Flotten der Cardassianer und des Ordens umzingelt ist, hat er keine Wahl er nimmt Dukats Angebot an und übergibt die Daten die er gesammelt hat. Bevor sich Riker den Cardassianern ausliefert verspricht Kira ihm, dass sie ihn da raus holen wird. ({{DS9|Defiant}})

Die zweite Mission der ''Defiant'' im Gamma-Quadranten besteht darin, den Aufbau einer [[Relaisstation]] vor dem Eingang des Wurmlochs zu überwachen, mit der eine ständige Kommunikation mit Schiffen und Stationen auf den gegenüberliegenden Seiten ermöglicht werden soll. Die Mission wird jedoch erst zum Erfolg, als ein [[Komet]] das Wurmloch passiert. ({{DS9|Trekors Prophezeiung}})