''Nach einem Sprengstoffanschlag auf ein als Archiv getarntes Waffenlabor in [[London]] kommt die Führungsriege der [[Sternenflotte]] für eine Krisensitzung im Hauptquartier in [[San Francisco]] zusammen. Dieses Treffen wird von dem Terroristen [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|John Harrison "]] ([[Benedict Cumberbatch]]) attackiert, bei dem die meisten hochrangigen Teilnehmer sterben. Kirk gelingt es, den Übergriff zu stoppen, doch Harrison kann rechtzeitig flüchten. Obwohl [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|Kirk]] sowie [[Spock (Neue Zeitlinie)|Spock]] kurz zuvor wegen Regelverstoßes ihrer Ämter enthoben wurden, bekommt Kirk das Kommando über die Enterprise zurück und setzt Spock sofort wieder als ersten Offizier ein. Auch der Rest seiner Crew, bestehend aus [[Nyota Uhura (Neue Zeitlinie)|Nyota Uhura]] ([[Zoe Saldana]]), [[Leonard McCoy (Neue Zeitlinie)|Pille]] ([[Karl Urban]]), [[Pavel Andreievich Chekov (Neue Zeitlinie)|Chekov]] ([[Anton Yelchin]]) [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] ([[John Cho]]) und [[Montgomery Scott (Neue Zeitlinie)|Scotty]] ([[Simon Pegg]]), stellt sich dem skrupellosen Gegner mit ihren individuellen Fähigkeiten entgegen. Dieser verfolgt einen dunklen Plan: Er hat eine alte Rechnung zu begleichen und dafür ist ihm jedes Mittel recht.''