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Nach diesen Ereignissen sitzt der verletzte Pike im [[Rollstuhl]] und wird zum [[Admiral]] [[Beförderung|befördert]]. Kirk hingegen wird zum Captain ernannt und übernimmt das Kommando über die ''Enterprise''. Pike gratuliert , der sichtlich stolz auf die Leistungen seines Schützlings ist, übergibt Kirk, als er das [[Kommando ]] über die ''Enterprise'' an Kirk ab gibtpersönlich. ({{Film|11}}){{clear}}

[[2259]] entzieht sieht er sich gezwungen, Kirk sein [[das Kommando]] über die ''Enterprise'' und wieder zu entziehen. Er versetzt ihn zur [[Sternenflottenakademie|Akademie]], da er zur Rettung von Spocks [[Leben]] auf [[Nibiru]], die [[oberste Direktive]] grob missachtet hat. Spock selbst versetzt er auf ein anderes [[Raumschiff]].

Als er den deprimierten Kirk später in einer [[Bar]] aufsucht aufspürt, versichert er ihmdiesem, dass er immer noch an ihn glaubt glaube und erzählt ihm, dass er sich beim [[Oberkommando der Sternenflotte]] für ihn eingesetzt hat und habe, sodass Kirk unter ihm als Captain Erster Offizier an Bord der ''Enterprise'' bleiben könne. Kurz danach darauf wird Pike zu einer dringenden Sitzung der höchsten Ofiiziere der Sternenflotte gerufen, welche beordert. Diese wurde nach dem [[Terroranschlag in London]] auf ein Sternenflottengebäude einberufen wurde. Kirk begelitet begeleitet ihn als sein erster Offizier.

Bei dieser von Admiral [[Alexander Marcus|Marcus]] einberufenen geleiteten Sitzung, merkt wittert Kirk aneine Falle und weist darauf hin, dass bei nach einem solchen Anschlag die höchsten Offiziere dort an einem Ort wie diesem zusammengerufen werden. Spcok ist ebenfalls zugegegnwürden. In diesem Moment greift „[[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|John Harrison]]“ mit einem kleinen Schiff das Gebäude an. Bei dem anschließenden Feuergefecht wird Pike schwer verwundet. Spock , welcher der Sitzung ebenfalls beiwohnte, kann ihn zunächst aus der Schusslinie schleifen. Jedoch kann Spock nichts mehr tun, ausser sich kurz mit seinen Gedanken zu vermag der Vulkanier nur noch eine [[Gedankenverschmelzung|verrschmelzen]]. Anschließend verstirbt vorzunehmen, ehe Pike in Spocks seinen Armenstirbt.({{film|12}})