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Einige Zeit später entdeckt die ''Enterprise'' ein altes irdisches Schiff der [[DY-100-Klasse]], welches seit einigen Jahrhunderten im Weltraum treibt. Allerdings werden schwache Lebenszeichen geortet und Kirk begibt sich mit einem Außenteam an Bord des Schiffes, welches den Namen [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']] trägt. Auf dem Schiff befinden sich Menschen im [[Kälteschlaf]]. Als Scott den Computer aktiviert, wird der Kommandant aus dem Kälteschlaf wieder erweckt. Der Kommandant wird auf die ''Enterprise'' gebracht und dort von McCoy behandelt. Dort erwacht der Fremde und wünscht den Captain zu sprechen. Kirk berichtet den Fremden, dass er sich im 23. Jahrhundert befindet und 72 Crewmitglieder die Reise überlebt haben. Der Fremde stellt sich schließlich als [[Khan Noonien Singh|Khan]] vor. Khan bittet Kirk etwas Wissen über das 23. Jahrhundert zu bekommen und Kirk gewährt Khan Zugang zur Datenbank. Spock entdeckt inzwischen, dass Khan aus der Zeit der [[Eugenische Kriege|eugenischen Kriege]] in der Menschen genetisch verbesserten worden sind und schließlich die Weltherrschaft erlangen wollten. Doch Kirk glaubt vorerst nicht das Khan was damit zu tun hat und er möchte mehr über ihn erfahren. Khan wird von Kirk als Gast behandelt und zum essen eingeladen. Während des gemeinsamen Essens verteidigt Khan die verbesserten Menschen während der eugenischen Kriege und dies bestätigt den Verdacht von Spock. Bei weiteren Nachforschungen stellt sich heraus, dass es sich bei Khan um [[Khan Noonien Singh]]handelt, welcher bei den eugenischen Kriegen über ein viertel Viertel der Erde geherrscht und die Menschen versklavt hat, allerdings gilt Khan seit [[1996]] als verschwunden. Kirk stellt Khan darauf zur Rede, doch er verweigert die Auskunft. Khan wird darauf eingesperrt, kann aber wenig später entkommen. Mit Hilfe von [[Marla McGivers]], welche sich in Khan verliebt hat, kann Kirk seine Gefolgsleute erwecken und übernimmt die Kontrolle über die ''Enterprise''. Khan deaktiviert die Sauerstoffzufuhr auf der Brücke und Kirk verliert mit seinen Brückenoffizieren das Bewusstsein. Später sperrt Khan in die [[Unterdruckkammer]] und fordert von den anderen Offizieren, dass diese ihn unterstützen, ansonsten stirbt Kirk. McGivers kann aber nicht ansehen wie ihr Captain stirbt und befreit diesen. Darauf lässt Kirk das Schiff mit Gas fluten und Khans Anhänger werden außer Gefecht gesetzt und nur Khan kann entkommen. Kirk folgt Khan in den Maschinenraum, wo Khan bereits den Antrieb überlastet hat. Um die ''Enterprise'' zu retten ist Kirk gezwungen gegen den körperlich überlegenen Khan zu kämpfen. Mit Hilfe eines Werkzeugs kann Kirk Khan Niederschlagen und Khans Sabotage rückgängig machen. Kirk hält nach diesen Ereignissen eine Verhandlung gegen Khan und spricht Khan unerwartet frei. Da Kirk nicht weiß wie er mit diesen verbesserten Menschen umgehen soll, bietet er Khan an das er und seine Gefolgsleute einen unbewohnten Planeten besiedeln dürfen. Khan, seine Gefolgsleute und auch McGivers werden zu dem Planeten [[Ceti Alpha V]] gebracht, damit sie diese raue Welt besiedeln können. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})