Als die [[Sternenflotte]] [[2369]] auf Deep Space 9 die Führung übernimmt, will Quark abreisen. [[Benjamin Lafayette Sisko|Sisko]] gelingt es jedoch durch [[Erpressung]], ihn auf der Station zu halten, um die Stimmung durch seine [[Bar]] zu erhöhen. Nach der Entdeckung [[Bajoranisches Wurmloch|des Wurmlochs]] wird das Geschäft für Quark so lukrativ, dass er zu einer kleinen Ferengi-Berühmtheit wird. Er erwähnt aber später selbst, dass er auf [[Ferenginar]] nur ein Nichts sei, da er als Barbesitzer so weit weg von zuhause nicht viel zähle. ({{DS9|Quarks Schicksal}})

Da Chief O'Brien mit Reparaturen auf der Station nicht hinterherkommt, nutzt Quark illegal die Replikatoren auf der Kommandoebene. Da diese durch den [[2369Aphasie-Virus]] verseucht wurden, beschleunigt er dadurch die Verbreitung des Virus. Er selbst erkrankt ebenfalls an dem Virus, ist jedoch weniger stark betroffen. So kann er Odo später auf ein [[Raumschiff]] beamen, dass beim nicht genehmigten Versuch zu starten schwere Schäden erlitten hat und zu explodieren droht. Odo gelingt es, den Piloten zu retten und die Andockklammern zu lösen, sodass das Schiff wegdriftet und explodiert ohne Schaden an der Station anzurichten. ({{DS9|Babel}}) 2369 wird Quark nach dem scheinbaren [[Tod]] des [[Großer Nagus|Großen Nagus]] [[Zek]] zum Großen Nagus der [[Ferengi-Allianz]] bestimmt. Diese Position ist für Quark nur von vorübergehender Natur – Zek hat seinen Tod nur vorgetäuscht, um seinen Sohn [[Krax]] zu prüfen. ({{DS9|Die Nachfolge}})