{{Brauche Kurzfassung|Film}}Die Crew der ''Enterprise'' befindet sich bereits seit fast drei Jahren in den Tiefen des Alls und trifft inmitten ihrer 5-Jahres-Mission auf die Kapitänin eines anderen Raumschiffs, die um Hilfe für ihre angeblich verunglückte Mannschaft bittet. Die Rettungsmission wird zur Falle, die ''Enterprise '' von einem bis dato unbekannten Feind angegriffen und in mehrere Teile zertrennt. Die Untertassensektion stürzt über einem fremden Planeten ab, während die Crew per Rettungskapseln flüchten kann und dabei voneinander getrennt wird. Der größte Teil gerät in Gefangenschaft, während Captain Kirk und einige andere Offiziere von nun an auf sich allein gestellt sind. Kirk zieht mit seinem Team in den Kampf gegen Krall - einen mysteriösen und übermächtigen Feind, der sich als ehemaliger Sternenflottenkapitän der USS ''Franklin'' herausstellt. Diese war 2164 im Gagarin-Strahlengürtel verschollen und ist durch ein Wurmloch nach Altamid gelangt, wo sie abstürzte. Die drei letzten Überlebenden begannen die zurückgelassene Technologie einer fremden Spezies zu nutzen, um ihr Leben zu verlängern. Dazu lockten sie mit einem Notsignal immer wieder fremde Schiffe an, die durch die Anomalien abstürzten und deren Crews sie mithilfe der fremden Technologie umbrachten und ihre Lebensenergie auf sich übertrugen. Krall will nun auch die Crew der ''Enterprise'' zur Lebensverlängerung nutzen. Unterstützt werden sie Kirk und Scotty von Jaylah, deren Leute von Krall und seinen Gefolgsmännern abgeschlachtet wurden, und die seitdem versteckt lebt und anfänglich misstrauisch gegenüber Kirk ist. Gemeinsam schaffen sie es die ''Franklin'' wieder flugtauglich zu machen und bringen sie in den Weltraum. Als Kralls Drohnen die Yorktown-Sternenbasis angreifen kann ihre Steuerungsautomatik mithilfe des als Störsignal gesendeten Songs ''Sabotage'' lahmgelegt werden. Daraufhin werden die Drohnen vernichtet, da sie miteinander kollidieren. Durch Kralls Logbuchaufzeichnungen, erfährt man, dass er sich von der Sternenflotte im Stich gelassen fühlt und deswegen Rache nehmen will. Kirk begibt sich zum Atmosphärenverteiler, weil Krall dort wahrscheinlich die Drohnen freisetzen will, um Yorktown doch noch zu zerstören. Er kann ihn stellen und tötet ihn im Kampf. Nach diesen Ereignissen soll Kirk zum Vice Admiral befördert werden, lehnt dies jedoch ab, da er dann nicht mehr in den Weltraum hinausfliegen könnte. Stattdessen übernimmt er das Kommando über die neue USS ''Enterprise''-A und setzt die Fünf-Jahres-Mission fort.

Kralls Schiff durchbricht die Außenhülle von Yorktown. Drei Schwarmschiffe halten darauf zu. Kirk befiehlt Spock ihn zu verfolgen und zu verhindern, dass er die Waffe einsetzt. Die ''Franklin'' versucht sie abzufangen. Scott meldet, dass sie die Hüllenpanzerung verloren haben und er Energie von der Dilithiummatrix umleiten muss. McCoy udn Spock verfolgen Krall und streifen dabei die Wand eines Gebäudes. Die Bewohner von Yorktown laufen in Panik davon. Spock sagt, Kirk, dass es unmöglich ist alle drei Schiffe auf einmal aufzuhalten. Kirk sieht auf dem Plan Yorktowns einen öffnetlichen öffentlichen Platz und lässt McCoy und Spock Krall dorthin treiben. Kirk lässt Sulu die ''Franklin'' herausbringen. Sie fliegen durch einen Tunnel und treten aus einem Wasserbecken auf, sodass Krall und seine Begleitschiffe in die Untertassensektion stürzen und dort stecken bleiben. Anschließend bleibt die ''Franklin'' liegen.

Kirk und Uhura finden inzwischen einen getöteten Sicherheitsoffizier in einer beschädigten Sektion der ''Enterprise''. Uhura berichtet, dass sie gesehen haben, wie Krall das macht. Es sit ist eine Art Energietransfer, die ihn am Leben erhält. Kirk lässt Sulu das Schiff abriegeln und den Yorktown-Sicherheitsdienst informieren. Uhura und Kirk rücken weiter vor. Uhura bemerkt eine AUfzeichnung von der ''Franklin''. Sie ruft Kirk zu sich und zeigt ihm die Aufnahme. Dann zoomt sie heran und sie sehen Edison und identifizieren ihn als Krall. Kirk lässt Scott nach allen Informationen suchen. Krall geht mit dem Abronath und in einer Sternenflottenuniform. Scotty informiert Kirk, dass er Major bei den [[MACO]]-Verbänden der [[Vereinigte Erde|vereinigten Erde]] war. Kirk erkennt, dass er ein Soldat war. Als MACO aufgelöst wurde, wurde er in die Sternenflotte übernommen und bekam die ''Franklin''. Kirk fragt, ob sich seine Logbücher öffnen lassen. Scotty schafft es.

Kirk erreicht den Raum in dem Krall ist und schießt auf ihn. Dieser fordert ihn auf, aufzuhören. Kirk fragt, was mit Edison da draußen geschehen ist. Krall sagt, dass er sein früheres Ich vermisst hat. Sie verloren sich, aber fanden eine neue Bestimmung. Er will die Galaxie wieder in einen Krieg stürzen, wie den, der die Menschheit stark machte. Kirk glaubt, dass er die Menschheit unterschätzt. Edison sagt, dass es Millionen von Toten durch die [[Xindi]] und den [[Irdisch-Romulanischer Krieg|Romulanischen Krieg]] gab, nur damit die Föderation ihn zum Captain macht, um mit dem Feind Frieden schließen zu müssen. Kirk sagt, dass es notwendig ist, sich zu verändern, da man sonst sein ganzes Leben lang die gleichen Schlachten schlägt. Als ein Geräusch ertötn ertönt ist Kirk unaufmerksam und Krall schlägt seine Waffe weg. Dann schwebt er nach oben und will das Gerät einsetzen. Doch Kirk reißt ihn weg und sie gelangen zur Höhe. Dann schlagen sie sich und durchbrechen die Glaswand. Sie fliegen umher und können sich auf einem der Trägerarme festhalten. Krik sagt Edison, dass er verloren hat und aufgeben solle. Krall sagt, dass er sein Logbuch gelesen hat und weiß, wer er ist: Soldat. Kirk sagt, dass er ihnen Frieden gebracht hat. Krall sagt, dass das jedoch nicht die Welt sei, in die er geboren wurde. Dann springt er los und lässt sich vom Gravitationssog zum Zentrum zurücktragen zu lassen. Kirk folgt ihm und landet an der Wand. Krall gelangt ins Innere und aktiviert das Gerät. Dann wirft er es zur Lebenserhaltung. Kirk versucht es zu erreichen, doch Edison stoppt ihn. Scott sagt Kirk durch, dass sie den Regulator stoppen müssen, da sonst bald alles weg ist. Kirk sagt, dass er lieber bei dem Versuch stirbt, Menschen zu retten, als sie sterben zu lassen. Das sei die Welt in die er geboren wurde. Scott leitet Kirk zu einigen Hebeln. Dieser aktiviert die Luke. Scotty sagt, dass er rechtzeitig weg muss, da er sonst in den Weltraum gesaugt wird. Falls er nicht fertig wird, wird er in den Ventilator gesaugt. Da der letzte Hebel klemmt, wird die Zeit knapp. Edison bewegt sich auf Kirk zu und ergreift eine Scherbe und greift Kirk an. Dieser stößt ihn zurück und Edison wird in der Wolke des Abronath gefangen. Dann aktiviert Kirk die Luke und Edison wird hinausgeblasen. Kirk kann sich festhalten, fällt dann aber doch. Er stürzt auf das Ansaugventil zu. Spock fängt ihn mit einem Shuttle auf und kann ihn hineinziehen, während Krall mit dem Abronath in den Weltraum befördert wird. Krall wird derweil von dem Abronath aufgelöst und sein Sternenflottenabzeichen bleibt zurück.

Nach den Ereignissen trifft sich Kirk wieder mit Commodore Paris, die ihm nach dem Schließen der Fallakten bezüglich des Verschwindens der USS ''Franklin'' begeistert sagt, dass er nun garantiert der Stationsleiter werden wird, nachdem er die Basis und Millionen von Seelen gerettet hat. Kirk sagt, dass es nicht nur sein Verdienst ist. Sie will ihn zum [[Vice Admiral]] befördern. Kirk lehnt dankend ab, weil Vide Vice Admirals nicht dort rausfliegen und geht lächelnd.

Nach der Fertigstellung der [[USS Enterprise (NCC-1701-A, Neue Zeitlinie)|USS ''Enterprise''-A]] übernimmt er mitsamt seiner angestammten Mannschaft das Kommando über das Schiff und setzt die Fünf-Jahres-Mission fort.

{{HGI|Der Film enthält eine Anspielung auf die {{S|VOY}}-Episode ''[[Tuvix (Episode){{e|Tuvix]]}},'' sowie zwei auf TOS-Episoden. Zum einen auf ''{{e|Der Tempel des Apoll''}}, zum anderen auf ''[[{{e|Kennen Sie Tribbles?]]''}}. Bei letzterer ist es bemerkenswert, dass die abweichende Übersetzung der TOS-Episode ebenfalls im Film berücksichtigt wurde: [[Scotch Whisky|Scotch]] wurde auch hier in der deutschen Übersetzung von zwei, anstatt von einer alten Dame aus Leningrad erfunden. Er ignoriert jedoch bewusst Vorkommnisse aus ''Into Darkness''{{film|12}}.}}

{{HGI|Simon Pegg gefällt die Interpretation, dass Krall und seine Ideologie als eine Allegorie auf kontemporäre separatistische Tendenzen, wie sie sich im [https://de.wikipedia.org/wiki/EU-Austritt_des_Vereinigten_K%C3%B6nigreichs Brexit] oder dem [https://de.wikipedia.org/wiki/Pr%C3%A4sidentschaftswahl_in_den_Vereinigten_Staaten_2016 US-amerikanischen Präsidentschaftswahlkampf 2016] äußern, zu verstehen ist. <ref name="engage-13" />}}

{{HGI|Laut John Cho wurde auch eine Szene gedreht, in welcher Sulu seinen Lebenspartner [[Kuss|küsst]]. Diese Szene war in der Kinofassung jedoch nicht mehr enthalten. <ref>[https://www.yahoo.com/movies/john-cho-says-sulus-gay-kiss-edited-out-of-star-145347863.html Yahoo: ''John Cho Says Sulu’s Gay Kiss Edited Out of ‘Star Trek Beyond’'']</ref>}}

{{HGI|Eine weitere Szene sollte [[Keenser]] bei der Ankunft auf [[Yorktown-Sternenbasis|Yorktown]] mit einer Erkältung zeigen.<ref name="engage-13">[https://player.fm/series/the-tj-show/episode-13-montgomery-scotty-himself-simon-pegg Engage Podcast: ''Episode 13: Montgomery Scott(y) himself, Simon Pegg!'']</ref>}}

{{HGI|Die Szenen auf der [[Yorktown-Sternenbasis]] wurden in Dubai gedreht. Die CGI-Modelle der Gebäude in Yorktown, sind der Architektur von Dubai nachempfunden. <ref>[http://trekmovie.com/2016/05/27/simon-pegg-explains-giant-starbase-in-star-trek-beyond/ Trekcore.com ''Simon Pegg Explains Giant Starbase in Star Trek Beyond'']</ref>}}

{{HGI|Im [[Logbuch]]-Eintrag zu Beginn des Films erwähnt Kirk, dass dies der 966. Tag der [[Fünf-Jahres-Mission]] sei. Dies ist eine Anspielung auf das Datum der Erstausstrahlung des Pilotfilms {{e|Die Spitze des Eisberges}}, den {{Datum|1966-09-22}}.<ref name="engage-13" />}}

{{HGI|Die Rezipienten von ''RedLetterMedia'' fanden den Film, wider Erwarten, <q>großartig</q> und den besten der drei bis dato erschienenen Reboot-Filme. Er sei, was einem <em>richtigen</em> ''Star-Trek''-Film am nächsten käme, seitem <q>Data explodierte</q>. Sie attestieren dem Film <q>großartige Action</q>, <q>beeindruckende Szenen</q> und <q>Humor und Spaß</q>. Im Gegensatz zu ''Into Darkness'' seien die Referenzen zu anderen ''Star-Trek''-Produktionen subtil und liebevoll. Selbst Film-Elemente wie ''Bösewicht will Rache'', ''Weltuntergangsmaschine'' und ''unpassende Musik'' funktionieren im Film.<ref>[https://www.youtube.com/watch?v=D_7Pz85XJ7Q ''Half in the Bag Episode 113: Star Trek Beyond''] bei Youtube</ref>}}

{{HGI|[https://de.wikipedia.org/wiki/Holger_Klein Holger Klein] fand den Film auch in 3D <q>super</q>. Er hebt die Spezialeffekte hervor. <ref>[http://www.wrint.de/2016/08/16/wr582-horst-hrubesch-kimmenwasser/#t=29:10.607 Wrint: ''WR582 Horst Hrubesch Kimmenwasser'']</ref>}}