Nachdem ein Shuttle mit Paris, Torres, Seven of Nine und dem Doktor in einem protostellaren Nebel in Not gerät, lässt sie die Insassen herausbeamen. Dabei wird der mobile Emitter des Doktors mit Nanosonden von Seven of Nine infiziert. Daher entwickelt sich im Wissenschaftslabor um den Emitter herum, eine Borg-Drohne. Nachdem diese entdeckt wird, beobachtet sie mit Tuvok und Seven of Nine den Fötus. Sie lässt die Reifungskammer bewachen und die Entwicklung des Fötus beobachten. Sie entwickelt mit Seven den Plan, der Drohne ihre Werte beizubringen und ihr zu zeigen, was es bedeutet menschlich zu sein. Die Option die Drohne zu ermorden, schließt sie aus. Nachdem Seven of Nine ihm das Leben an Bord der ''Voyager'' eingeführt hat, will sie ihn kennenlernen. Sie ist mit seiner Entwicklung zufrieden, wird von Seven allerdings darüber informiert, dass er mehr über das Kollektiv erfahren will. Sie macht gegenüber Seven klar, dass sie Erster nicht lange Informationen über die Borg vorenthalten können. Nachdem dieser während seines Regenerationszyklus Kontakt mit dem Kollektiv aufnimmt, informieren sie ihn über die Borg. ({{VOY|Die Drohne}})

Nachdem ein malonischer Frachter eine Raumsonde der ''Voyager'' mit einem Traktorstrahl erfasst, nimmt Captain Janeway Kontakt mit ihm auf und verlangt die Herausgabe der Sonde. Als dies verweigert wird, steuert man die Sonde in einen Gasriesen, wo der Frachter zerstört wird. Anschließend beraten die Führungsoffiziere, wie man die Sonde bergen kann. Dabei schlägt Tom Paris die Konstruktion eines neuen Schiffes vor, welches zum Athmosphärenflug im Gasriesen fähig wäre. Dem stimmt der Captain zu. Als ein Malon-Frachter mit Controller [[Vrelk]] die Sonde beansprucht, weist Janeway diesen zurück. Als sich Torres bei einer Holodecksimulation verletzt, wird sie vom Doktor untersucht. Da er dabei diverse Verletzungen findet, meldet er dies Janeway, die daraufhin mit Torres spricht. Sie fragt, wieso sie die Sicherheitsprotokolle abgeschalten hat. Torres blockt ihr Hilfsangebot jedoch ab, weshalb sie Torres vom Dienst entbindet und unter der Aufsicht des Doktors belässt. Nachdem die Malon das Feuer eröffnen, ruft sie Chakotay auf die Brücke. Anschließend überwacht sie die erfolgreiche Bergungsaktion. ({{VOY|Extreme Risiken}})

Kurz darauf langweilt der Doktor die Crew mit einer Präsentation seiner Holofotos. Da Chakotay nicht, wie befohlen nach einer halben Stunde den gelben Alarm auslöste, meint Janeway zu Torres, Tuvok und Paris scherzhaft, dass dies ein Grund sei ihn vor das Kriegsgericht zu stellen. Kurz darauf, wird das Schiff von einer Energiewelle getroffen und empfängt eine Nachricht. Man folgt dieser Nachricht und trifft auf ein beschädigtes Schiff mit einem verletzten Piloten. Als dieser auf der Krankenstation behandelt wird, stürzt er sich auf B'Elanna Torres. Janeway befiehlt daraufhin Kim das Wesen wegzubeamen, was jedoch nicht möglich ist. Während der Doktor Torres behandelt, versucht sie mit Chakotay die Sprache des fremden Schiffes zu entschlüsseln. Um Kontakt mit der Spezies des Fremden aufzunehmen, lässt Janeway die Nachricht des Fremden auf allen Subraumbändern erneut aussenden. Um Torres behandeln zu können, bedient sich der Doktor des Hologramms des cardassianischen Arztes [[Crell Moset]]. Nachdem sich herausstellt, dass dieser während der Besatzung von Bajor grausame Experimente an Bajoranern durchgeführt hat, beraten die Führungsoffiziere, wie in diesem Fall zu verfahren ist. Janeway entscheidet schließlich, das Wissen von Moset zu nutzen. Während der Doktor und Moset Torres behandeln, greift ein weiteres Raumschiff der Fremden die ''Voyager'' an. Nachdem der Doktor die Operation erfolgreich durchgeführt hat, lässt Janeway die Lebensform auf das Schiff beamen. Daraufhin senden die Fremden noch eine Botschaft und entfernen sich anschließend von der ''Voyager''. Anschließend überlässt sie dem Doktor die Entscheidung, ob Mosets Programm in der Datenbank verbleiben soll, oder nicht. Anschließend spricht sie mit Torres, und rechtfertigt sich damit, dass sie getan hat, was das beste für Torres war. ({{VOY|Inhumane Praktiken}})

Wenig später nimmt man Kontakt mit den [[Moneaner]]n auf. Diese bitten um Hilfe, da sich das Eindämmungsfeld, welches den Ozean ihres Planeten erhält, schwächer wird. Ein Außenteam, dem auch Paris angehört, untersucht daraufhin das Eindämmungsfeld am Meeresgrund mit dem Delta-Flyer. Man entdeckt, dass der Ozean durch die Sauerstoffraffinerien geschädigt wird und informiert die Moneaner darüber. Als diese darauf nicht reagieren, empört sich Paris und wird von Janeway mit Verweis auf die oberste Direktive zurechtgewiesen. Daraufhin entwendet er ein Shuttle und greift die Sauerstoffraffinerien an. Dabei wird er durch einen Torpedoschuss aufgehalten. Daraufhin wird Paris wegen der Missachtung eines direkten Befehls, der obersten Direktive, wegen des nichtgenehmigten Gebrauchs eines Shuttles, eines Offiziers unwürdigen Verhaltens und rücksichtsloser Gefährdung von sich und der Crew zum Fähnrich degradiert und für 30 Tage in Einzelhaft inhaftiert. ({{VOY|Dreißig Tage}})

Als Seven of Nine von den Persönlichkeiten der Personen, die sie assimilierte, kontrolliert wird, greift sie Torres im Maschinenraum an und läuft anschließend durch das Schiff. Janeway lässt sie daraufhin mit Kraftfeldern einschließen. Nachdem Seven überwältigt wurde, begibt sie sich mit Tuvok auf die Krankenstation und spricht mit Seven. Sie kann sich an diese Vorfälle jedoch nicht erinnern. Nachdem sich bei Seven immer neue Persönlichkeiten zeigen, untersucht man den Vorfall und entdeckt ein [[Vinculum]]. Anschließend versucht man dieses abzuschalten, was jedoch scheitert. Daraufhin nimmt man Kontakt mit einem Raumschiff von [[Spezies 6339]] auf. Dieses fordert das Vinculum zurück, was Janeway jedoch nicht erlaubt. Daraufhin kommt es zu einem Kampf mit einem Raumschiff von Spezies 6339. Nachdem Tuvok Sevens Persönlichkeit zutage fördern kann und das Vinculum deaktiviert wird, lässt sie dieses in den Weltraum beamen. Daraufhin zieht sich das Schiff von Spezies 6339 zurück und Janeway informiert sich über Sevens, sich bessernden Zustand. ({{VOY|Das Vinculum}})

Während man das Territorium des [[Devore]]-Imperiums durchquert, müssen sich die telepathischen Besatzungsmitglieder sowie einige telepathische Flüchtlinge im [[Transporterpuffer]] verstecken, da die Devore Telepathen als Bedrohung ansehen und internieren. Bei den Inspektionen spricht sie mit Inspektor [[Kashyk]] und hält ihn hin. Nachdem die Inspektoren das Schiff verlassen haben, begibt sich Janeway in den Frachtraum und begrüßt die Rematerialisierten. Nach der anschließenden medizinischen Untersuchung, informiert sie der Doktor darüber, dass Tuvok und einige Brenari Zellschäden aufweisen und der nochmalige Aufenthalt in der Transportersuspension tödlich sein könnte. Wenig später kontaktiert sie Kashyk und bittet um Asyl. Janeway traut ihm jedoch nicht und trifft Vorkehrungen. Nachdem sie von einem Aufklärungssatelliten gescannt werden, lässt sie Kurs auf das Teharasystem setzen. Kashyk begibt sich unterdessen zu den Inspektionsschiffen, um sie abzulenken. Als er zur nächsten Inspektion zurückkehrt, offenbart er, dass er ein loyaler Devore ist. Jedoch hat Janeway Vorkehrungen getroffen, und die Devore finden keine Telepathen an Bord vor. Daher lässt er die ''Voyager'' weiterfliegen. ({{VOY|Kontrapunkt}})

Als der Doktor die jährliche Untersuchung der Crew durchführt, erscheint Captain Janeway nicht, weshalb der Doktor sie in ihrem Bereitschaftsraum aufsucht. Dabei berichtet er ihr auch von seiner Entdeckung, dass er bei Kim offenbar eine Operation durchgeführt hat, an die er sich nicht erinnern kann. Seine Nachforschungen führen ihn zu dem Foto von [[Ahni Jetal]]. Jedoch bestreitet Janeway, dass diese jemals auf der ''Voyager'' gedient hat. Anschließend veranlasst sie eine Untersuchung und fordert den Doktor auf, sich zu seiner Sicherheit vorerst zu deaktivieren. Da der Arzt jedoch sein Holobildgerät aufstellt, entdeckt er, dass Janeway einige seiner Erinnerungsdateien gelöscht hat. Daraufhin stellt er den Captain auf der Brücke zur Rede. Janeway räumt sämtliche Anschuldigungen ein und informiert den Doktor, dass durch diesen Vorfall ein Konflikt in seiner Programmierung ausgelöst wurde. Daher hat sie ihm den Zugriff auf diese Erinnerung verweigert, um ihn vor der Zerstörung zu retten. Sie will aus dem selben Grund diese Prozedur erneut durchführen. In der Nacht wird sie von Seven of Nine aufgesucht, die meint, dass Janeways Schlussfolgerung falsch ist und ihrer Sorge Ausdruck verleiht, dass Janeway den Doktor und irgendwann einmal auch sie im Stich lässt. Daraufhin gewährt ihm Janeway vollen Zugriff auf seine Erinnerungsengramme. Sobald er alle Engramme besitzt, macht sich das MHN erneut Vorwürfe und muss deaktiviert werden. Aus diesem Grund konsultiert sie Seven of Nine und fragt sie, ob ihr Transformationsprozess es wert war durchgeführt zu werden. Als sie es bejaht, entscheidet sie, dass der Doktor rund um die Uhr überwacht wird, während er damit kämpft seine Erinnerung und seine Gedanken zu verstehen. Nach zwei Wochen, wird ihm allmählich bewusst, dass er nicht anders hätte handeln können. ({{VOY|Verborgene Bilder}})

Während das Schiff auf einer [[Subraumsandbank]] strandet, betreten transdimensionale Fremde das Holodeck der ''Voyager'', da sie die Simulation von Captain Proton für die Realität halten. Nachdem es auf dem Holodeck zu einem Konflikt zwischen Doktor Chaotica und den Fremden kommt, berät Janeway mit den Führungsoffizieren, wie weiter vorzugehen ist. Paris schlägt vor, dass sie selbst die Rolle von Arachnia übernimmt, um Chaotica abzulenken, während er selbst in dessen Festung eindringt und durch Sabotage des Todesstrahls von Chaotica ein Ende der Kampfhandlungen ermöglicht. ({{VOY|Chaoticas Braut}})

Als man den Notruf eines [[USS Voyager (Silberblut)|Schiffes]] empfängt, lässt sie einen Abfangkurs setzen. Man entdeckt jedoch nur noch ein Trümmerfeld. Janeway vermerkt diesen Vorfall im Logbuch und lässt Paris anschließend wieder auf den alten Kurs gehen. ({{VOY|Endstation Vergessenheit}})

Wenig später greift ein Borg-Schiff die ''Voyager'' an und kann zerstört werden. Man versucht die Trümmer zu bergen, und sucht dabei nach einer [[Transwarpspule]]. Man findet zwar ein solches Objekt, jedoch ist es irreparabel beschädigt. Als man eine schwer beschädigte Sphäre entdeckt, fasst Janeway den Entschluss diese anzugreifen und eine Transwarpspule zu stehlen. Sie ermutigt Seven of Nine, die Logbucheintragungen ihrer Eltern zu analysieren. Sevens Einwände, dass ihre Taktiken offensichtlich fehlerhaft waren und daher irrelevant sind, lehnt sie ab. Nachdem man Sichtkontakt mit der Sphäre hat, ordnet Janeway Kampfsimulationen für die Besatzung und doppelte Schichten an. Nachdem Seven of Nine die Unterlagen ihrer Eltern studiert hat, weist sie Janeway darauf hin, dass die Mission ohne ihre Anwesenheit scheitern wird. Sie entspricht Sevens Bitte und teilt sie dem Außenteam zu. Gemeinsam mit Seven of Nine bereitet sie den Transport der Transwarpspule vor. Auf dem Rückweg, bekundet Seven of Nine plötzlich, dass sie zum Kollektiv zurückkehren will. Da sie von Drohnen umstellt werden, muss Janeway Seven zurücklassen und fliehen. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I}})

Daraufhin lässt Janeway Frachtraum 2 untersuchen und nach Transwarpsignaturen scannen. Sie selbst untersucht dabei Sevens Logbücher, um einen Hinweis darauf zu finden, weshalb sie zu den Borg zurückkehrte. Chakotays Einwand, dass Seven vor zwei Jahren ankündigte, sie würde Janeway verraten, weist sie zurück, da Seven vor zwei Tagen gesagt hatte, dass die ''Voyager'' ihr Kollektiv geworden sei. Als Neelix ihr meldet, dass sie alle polytrinischen Legierungen extrahiert haben und fragt, ob sie Sevens Alkoven deaktivieren sollen, verneint Janeway dies. Anschließend untersucht sie Sensordaten, um einen Hinweis auf die Ursache von Sevens Verhalten zu finden. Dabei wird sie von Tuvok unterbrochen, der ihr meldet, dass ein Besatzungsmitglied um ein Gespräch mit dem Captain gebeten hat. Zunächst will sie das Besatzungsmitglied an Chakotay verweisen, ändert jedoch ihre Meinung als sie Naomi Wildman hinter Tuvoks Bein hervorluken sieht und erkennt, dass sie dieses Besatzungsmitglied ist. Wildman übergibt ihr ein PADD mit einem Rettungsplan für Seven of Nine. Janeway lobt ihre Initiative, weist aber auch darauf hin, dass die Rettung von Seven of Nine nicht ganz so einfach ist. In diesem Moment komplettiert der Computer die transspektrale Analyse der Sensordaten und Janeway erkennt, dass es sich dabei um Komsignale der Borg handelt, die allesamt auf Frachtraum 2 gerichtet waren. Daraufhin begibt sie sich auf die Brücke. Sie sieht auch die Unterlagen der Hansons noch einmal durch. Sie entdeckt dabei Informationen, über eine Borg-Königin, die einer Drohne Befehle erteilte. Die Sensordaten dieser Drohne stimmen mit denen überein, die an Sevens Alkoven geschickt wurden. Da Seven der Meinung war, die Mission würde scheitern, wenn sie nicht an Bord der Sphäre gehen würde, ist der Captain überzeugt, dass sie von der Königin bedroht wurde und nicht freiwillig zu den Borg zurückkehrte. Daher verlangt sie von Chakotay, dass er einen Angriffsplan ausarbeitet. Bei dessen Realisierung fliegt sie mit Paris und dem Doktor im Delta-Flyer der Transwarpsignatur des Kubus nach. Während des Fluges studiert sie die Aufzeichnungen der Hansons und sucht nach Fehlern, die diese gemacht haben. Der Doktor bemerkt, dass die meisten Wissenschaftler auf Pionierleistungen vollbringen, nicht ihre vierjährige Tochter mitnehmen. Janeway entgegnet, dass sie die Tochter mithilfe ihrer Eltern wieder befreien werden. Nachdem sie in Reichweite kommen, ruft sie Seven of Nine und kündigt ihre baldige Rettung an. Es gelingt ihr sich zu Seven of NIne beamen und den Energieknoten, welcher der Königin ermöglicht mit anderen Drohnen zu kommunizieren zu zerstören. Daraufhin wird sie mit Seven auf den Delta-Flyer gebeamt und kann entkommen. Zurück auf der ''Voyager'' spricht sie mit Seven of Nine. Als diese meint, dass sie nicht erwartet hätte, dass sie sie retten würden, entgegnet sie, dass Seven noch viel lernen muss. Anschließend bringt sie sie in ihren Alkoven und wünscht ihr schöne Träume. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})