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Nachdem Captain Janeway und Chakotay auf [[Neue Erde|einem Planeten]] mit einer tödlichen Krankheit infiziert werden, welche auf dem Planeten jedoch nicht zum Ausbruch kommt, müssen die beiden zurückgelassen werden, da es dem Doktor, trotz 17-tägiger Arbeit nicht möglich ist ein Heilmittel zu finden. Er sieht nur die Möglichkeit, mit den Vidiianern in Kontakt zu treten. Dies lehnen Janeway und Chakotay jedoch als zu riskant ab.Die beiden richten sich auf dem Planeten ein. Chakotay beginnt etwas im Wald zu bauen, von dem er Janeway zunächst nicht berichtet. Sie entdecken im Wald auch [[Neue-Erde-Primat|einen Primaten]], der sie beobachtet. Allmählich kommt er zu dem Schluss, dass sie wohl kein Heilmittel finden können. Er will das Beste aus der Situation machen. Der Captain will jedoch weitersuchen. Später baut er auch Kopfbretter für das Bett, damit Janeway im Bett lesen kann. Als ein [[Plasmasturm]] über den Planeten zieht, bringt er den Captain ins Haus zurück. Nach dem Ende des Sturms, beginnt er mit Holz das Haus auszubauen. Allmählich kommen sich Janeway und Chakotay näher. Chakotay plant bereits ein [[Schiff|Boot]] zu bauen, mit dem sie den [[Fluss]] entlang fahren könnten. Jedoch meldet sich Tuvok und informiert sie, dass sie ein Heilmittel gefunden haben und in 30 Stunden auf dem Planeten eintreffen werden. Daher packen Janeway und Chakotay ihre Ausrüstung zusammen und kehren aufs Schiff zurück. Dort macht er einen Check der Systeme und sie fliegen weiter in Richtung Erde. ({{VOY|Entscheidungen}})
Nachdem man einen Notruf von Seska auffängt, in dem sie Chakotay um Hilfe bittet, da Culluh sie versoßen habe, als er sah, dass das Baby nicht von ihm ist. Er diskutiert mit Janeway, ob sie auf den Notruf reagieren sollen oder nicht. Chakotay soll darüber nachdenken und ihr seine Entscheidung mitteilen. Daraufhin befragt Chakotay mithilfe des [[Akoonah]] seinen Vater, der ihm den Rat gibt, dass ihr Stamm die Kinder aufnahm, die durch weiße Eroberer vor Jahrhunderten gewaltsam gezeugt wurden. Eines davon war ihr Vorfahre [[Ce Acatl]]. Aufgrund dieser Erfahrung entschließt sich Chakotay dem Kind zu helfen. Die Führungsoffiziere stimmen dem Plan zu und Chakotay bedankt sich dafür. Kurze Zeit später entdeckt er ein Kazon-Shuttle. Als der Pilot auf die Krankenstation gebeamt wird, erkennt Chakotay ihn als [[TiernaTeirna]]. Er hat ihn damals gefoltert. Von ihm erfährt er, dass Seska tot ist. Er verhört ihn. Tierna Teirna behauptet, dass Seska getötet wurde und er nur knapp entkommen ist. Da Torres' und Kims Untersuchung des Shuttles diese Geschichte zu bestätigen scheint, hält er an der geplanten Mission fest. Wegen der fortgesetzten Angriffe der Kazon, stellt er Tierna Teirna zur Rede, der jedoch meint nichts zu wissen. Nachdem das Schiff den Kurs ändert wird es von acht Trägerschiffen angegriffen. Durch einen Selbstmordanschlag von TiernaTeirna, fallen die holografischen Projektoren des Schiffes aus. Nachdem Paris mit einem Shuttle startet, um Hilfe von den Talaxianern zu holen, übernimmt er das Steuer. Die ''Voyager'' wird durch die Übermacht der Kazon geentert und die Besatzung gefangen genommen. Anschließend betritt Seska die Brücke, und präsentiert ihm seinen Sohn. Chakotay meint, dass er nie die Verachtung erfahren soll, die er für seine Mutter hegt. Er wird mit dem Rest der Crew auf dem [[Hanon-Planet]]en ausgesetzt. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}})
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