Bald darauf gerät das Schiff in ein Waffentestgebiet und wird von den Schockwellen der Explosion mehrerer Langstreckenwaffen getroffen. Nach dem ersten Einschlag meint Chakotay, dass sie offenbar nicht das Ziel waren. Dazu meint Janeway, dass der Angreifer auch ein lausiger Schütze sein könne. Später ruft er Seven of Nine in die Astrometrie, da sie etwas herausgefunden haben. Dort teilt er ihr mit Icheb mit, dass sie eine Warnbake gefunden haben, die sie informiert, dass sie in ein Waffentestgebiet eingedrungen sind. Wenig später wird die ''Voyager'' von einer Langstreckenwaffe erfasst und Chakotay gibt Roten Alarm. Nach der Zerstörung der Waffe, trifft er Seven im Gang und ermutigt sie, ihn ins Kasino zu einer Kochstunde bei Neelix zu kommen. Seven lehnt jedoch ab. Chakotay meint noch zu ihr, dass sie häufiger mit der Crew interagieren soile, da es ihr gut tun würde, ehe er in den Turbolift steigt. ({{VOY|Menschliche Fehler}})

 Es gelingt dem Pfadfinderprojekt und Seven of Nine eine tägliche, elfminütige Kommunikationsverbindung herzustellen. Mit Captain Janeway und Tuvok ist er in der Astrometrie anwesend, als sie die erste Nachricht empfangen. Er selbst beabsichtigt als erstes seine Schwester anzurufen. Später ist er anwesend, als der Doktor seinen Freunden mitteilt, dass er seinen Holoroman [[Photonen brauchen Freiheit|''Photonen brauchen Freiheit'']], der die ''Voyager''-Crew in einem schlechten Licht darstellt, noch einmal überarbeiten wird. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})