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Bald darauf fliegt er mit Neelix und Kim im ''Delta Flyer'' II zu einer Handelsmission zu den [[Nar Shaddan]]. Als die USS ''Voyager'' auf dem Rückflug jedoch nicht bei den vereinbarten Koordinaten ist, ruft er Kim trotz einer Lebensmittelvergiftung auf die Brücke und lässt ihn nach der ''Voyager'' scannen. Bald darauf entdecken sie das Schiff in einiger Entfernung im All treiben. Sie stellen auch fest, dass die Crew das Schiff mit den Rettungskapseln verlassen hat. Aufgrund der ausgefallenen Umweltkontrollen begeben sie sich in Raumanzügen an Bord und untersuchen auf der Brücke den Status. Dort werden sie wenig später vom Doktor mit einem Phaser gestellt, der sie zunächst für Eindringlinge hält, dann aber erleichtert ist, sie zu sehen. Dann berichtet er ihnen, dass das Schiff auf eine Subraummine auflief und evakuiert wurde. Er blieb hier und reparierte das Schiff. Jedoch hatte er damit nur begrenzten Erfolg und musste sich außerdem vor verschiedenen Schiffen verstecken, die die ''Voyager'' in Besitz nehmen wollten. Er meldet auch, dass die Waffensignaturen der Schiffe zu der Subraummine gehören. Er bedankt sich für die Arbeit des Doktors. Dann machen sie sich gemeinsam an die weitern Reparaturen und beginnen mit der Suche nach ihren Crewmitgliedern. Dabei hat er auch einen kleinen Disput mit dem Doktor, der statt Plasmaleitungen zu reparieren, lieber auf der Brücke arbeiten möchte. Doch als Kim die Crew aufspürt, sind alle Konflikte vergessen. Als man [[Quarra]] erreicht, sind die Behörden bei der Suche nach der Crew jedoch nicht kooperativ. Daher lässt er das Schiff wegfliegen und entsinnt einen Plan. Neelix beschafft dazu Informationen. Man entschließt sich Nachforschungen auf dem Planeten anzustellen. Um unerkannt zu bleiben, wird Chakotay vom Doktor zum Benkaraner umoperiert und man nimmt Neelix' Raumschiff. Chakotay wird im Kraftwerk tätig und wird eingewisen. Dort entdeckt er bald einige Crewmitglieder und versucht Kontakt mit Janeway aufzunehmen. Diese erkennt ihn jedoch nicht. Er bespricht dies mit Neelix. Auf dem Weg aus der Bar entdecken sie B'Elanna Torres und es gelingt Kim Neelix und Torres hochzubeamen. Chakotay muss allerdings vor zwei Sicherheitsleuten fliehen. Schließlich wird er jedoch von einem Gitter und einem Kraftfeld eingeschlossen. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}})
Mit einer Eisenstange gelingt es ihm das Kraftfeld kurzzuschließen, wodurch die Wachleute denken, dass er in den Abgrund gesprungen ist. Dann greift er aus seinem Versteck diesen Offizier an und überwältigt ihn. Ebenso gelingt es ihm nach einem kurzen Phaserkampf den zweiten Offizier ebenso auszuschalten. Dabei wird er allerdings am Oberarm verletzt und geht in die Bar zurück, wo ihn Janeway anspricht, die sich für Jaffens Verhalten entschuldigt. Sie lädt ihn auch ein, was Chakotay jedoch ablehnt. Wenig später sucht er allerdings Unterschlupf in Janeways Wohnung und wird dort von ihr entdeckt. Als diese kurz die Wohnung verlässt, um mit [[Jaffen]] zu sprechen, betreten Polizisten die Wohnung und verhaften Chakotay. Anschließend wird er von [[Yerid]] verhört. Nach einer Behandlung durch [[Kadan]] lockt er die ''Voyager'' zu bestimmten Koordinaten, wo die Quarren sie angreifen. Jedoch gelingt es Kim und dem Doktor diese Schiffe kampfunfähig zu machen und die Crew zurückzubeamen. Dort wird sie vom Doktor geheilt und das Schiff nimmt wieder Kurs in die Heimat. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil II}})
Es gelingt dem Pfadfinderprojekt und Seven of Nine eine tägliche, elfminütige Kommunikationsverbindung herzustellen. Mit Captain Janeway und Tuvok ist er in der Astrometrie anwesend, als sie die erste Nachricht empfangen. Er selbst beabsichtigt als erstes seine Schwester anzurufen. Später ist er anwesend, als der Doktor seinen Freunden mitteilt, dass er seinen Holoroman [[Photonen brauchen Freiheit|''Photonen brauchen Freiheit'']], der die ''Voyager''-Crew in einem schlechten Licht darstellt, noch einmal überarbeiten wird. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})
