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Wenig später wird die ''Voyager'' von einem alten klingonischen Schlachtkreuzer angegriffen. Nachdem man diesen kampfunfähig geschossen hat, ist dessen Captain [[Kohlar]] zu Verhandlungen bereit und kommt an Bord. Dabei überreicht ihm Chakotay eine Kopie der [[Khitomer-Abkommen|Khitomer-Verträge]], um ihn davon zu überzeugen, dass Frieden zwischen dem Klingonischen Reich und der Föderation herrscht. Jedoch ist der Klingone mehr an Torres' ungeborenem Kind interessiert, dass er für die [[Kuvah'Magh]] hält. Wenig später stellt sich heraus, dass die Klingonen am [[Nehret]], einer tödlichen Krankheit leiden und auch Torres und ihr Baby infiziert sind. Dadurch bekommen viele Klingonen Zweifel, ob Torres' Kind die Kuvah'Magh ist und beschließen die ''Voyager'' zu übernehmen, um ihre Suche fortzusetzen. Chakotay wird dabei von T'Greth im Transporterraum niedergeschlagen. Der Übernahmeversuch wird vereitelt und der Doktor kann wenig später ein Gegenmittel erzeugen, weshalb die Klingonen sich auf einem Klasse-M-Planeten ansiedeln. ({{VOY|Die Prophezeiung}})
Als die Führungsoffiziere gerade gemeiunsam ein von Seven of Nine zubereitetes Menü zu sich nehmen, trifft das Schiff auf eine Raumanomalie, durch dies in die [[Die Leere (Anomalie)|Leere]] gelangt. Da ein Fluchtversuch scheitert und es in dieser Region kein Deuterium gibt, wird bei einer Besprechung klar, dass sie ihr Deuterium zurückbekommen müssen. Nachforschungen ergeben, dass General [[Valen]] diese gestohlen hat und man fordert sie daher von diesem zurück. Chakotay versucht ihrer Forderung Nachdruck zu verleihen. Als Valen nicht reagiert, kommt es zu einem kurzen Kampf und man holt sich die Vorräte wieder zurück. Trotzdem muss Chakotay Janeway bald darauf melden, dass es weniger als die Hälfte der gestohlenen Güter umfasst. Sie wollen auch opportunistischer sein, um hier überleben zu können. Janeway meint jedoch, dass ihre Prinzipien sie am Leben halten werden und will eine Allianz in der Leere bilden. Chakotay akzeptiert diesen Befehl und so bildet man eine Allianz mit mehreren Schiffen. Einige potenzielle Verbündete entpuppen sich jedoch als unzuverlässig. Daher schließt man [[Bosaal]] wieder aus der Allianz aus. Dieser bildet daraufhin mit Valen eine Allianz, worüber er mit Captain Janeway von Tuvok und Loquar informiert wird. Später arbeitet er mit dem Doktor und den Bewohnern der Leere zusammen, um ein Entkommen zu ermöglichen. Schließlich gelingt es der Flotte zu entkommen. Nachdem ihre Verbündeten wieder ihren Kurs eingeschlagen haben, meint Chakotay, dass dies fast so war, als würde man wieder in der Föderation sein. Janeway antwortet ihm, dass die echte nur 30000 Lichtjahre entfernt ist und so setzt man die Reise fort. ({{VOY|Die Leere}})
Es gelingt dem Pfadfinderprojekt und Seven of Nine eine tägliche, elfminütige Kommunikationsverbindung herzustellen. Mit Captain Janeway und Tuvok ist er in der Astrometrie anwesend, als sie die erste Nachricht empfangen. Er selbst beabsichtigt als erstes seine Schwester anzurufen. Später ist er anwesend, als der Doktor seinen Freunden mitteilt, dass er seinen Holoroman [[Photonen brauchen Freiheit|''Photonen brauchen Freiheit'']], der die ''Voyager''-Crew in einem schlechten Licht darstellt, noch einmal überarbeiten wird. ({{VOY|Die Veröffentlichung}})
