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In seiner Freizeit liest er in seinem Quartier ein Buch. Als die Türklingel eine Fehlfunktion aufweist, ruft er die Brücke, wird jedoch mit Transporterraum 2 verbunden. Daraufhin verlässt er sein Quartier, muss wegen einer Fehlfunktion der Türautomatik, jedoch zwischen den Türflügeln durchspringen. Im Maschinenraum erfährt er von Seven of Nine, dass sie ohne Genehmigung die Energiesysteme des Schiffs rekonfiguriert hat. Chakotay verlangt von ihr daraufhin, die Arbeiten rückgängig zu machen. Sie werden jedoch unterbrochen, als ein schiffsweiter Energieabzug auftritt. Kim informiert sie darüber, dass sie auf eine Gravitonellipse gestoßen sind, die gravimetrische Verzerrungen der Stufe 9 verursacht. Mithilfe des Borgwissens von Seven of Nine, können sie der Anomalie entkommen. Chakotay erinnert sich in diesem Moment daran, dass eine der frühen Marsmissionen, Ares IV, in einer solchen Anomalie verschwand. Daher beginnt man eine genauere Untersuchung der Ellipse und entdeckt tatsächlich das Raumschiff Ares IV. Daraufhin informiert Chakotay mit Torres die Führungsoffiziere über die Ares-Mission. Anschließend sichtet er mit Paris die Daten der Ares-IV-Mission. Gemeinsam mit Seven of Nine begeben sie sich daraufhin mit dem ''Delta-Flyer'' auf eine Außenmission. Dort untersucht er mehrere Gesteinsproben. Als sie den Mars-Orbiter entdecken, befiehlt Chakotay ihn mit dem Traktorstrahl zu erfassen und trotz der drohenden Kollision mit der Anomalie, aus dem Asteroidenfeld zu schleppen. Als der Flyer von einer Energieentladung getroffen wird, wird Chakotay durch eine Energieentladung schwer verletzt und muss die Mission abbrechen. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})
In seiner Freizeit nimmt sie gemeinsam mit Janeway ein Abendessen ein und tauscht<nowiki> </nowiki>sich über die neuesten Gerüchte auf dem Schiff aus. Später überwacht er auf der Brücke, wie der Fremde [[Tash]] sein Subraumkatapult benutzt um in seine Heimat zurückzukehren. Anschließend wird er von Seven of Nine gerufen, die ihn ins astrometrische Labor bittet. Dort informiert sie ihn, dass sie vermutet, dass Janeway die ''Voyager ''absichtlich im Delta-Quadranten stranden ließ. Sie vermutet eine Zusammenarbeit mit dem Fürsorger und den Cardassianer. Sie vermutet, dass die Föderation versucht eine militärische Präsenz im Delta-Quadranten zu etablieren. Chakotay hält diese Vermutung jedoch für reine Spekulation. Allerdings hat er gewisse Zweifel und trifft Vorbereitungen. Daher bringt er die Sensorendaten persönlich zu Torres und verlangt die Sabotage der Schildemitter um sechs Stunden Zeit zu gewinnen. Torres glaubt jedoch Seven nicht und hält es für einen Scherz. Als er wenig später eine Energiesignatur entdeckt und Sevens Alkoven untersucht, begegnet er Captain Janeway. Sie stellen fest, dass sie in die Irre geführt wurden. Daraufhin veranlasst Chakotay eine Untersuchung des Alkovens durch den Doktor. Es stellt sich heraus, dass Seven of Nine Fehlfunktionen hat, da sie zu viele Daten herunterlud. Captain Janeway gelingt es Seven of Nine davon zu überzeugen, dass sie sich geirrt hat. Anschließend spricht sie sich mit Chakotay bei einer Tasse Kaffee aus. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})
Seven of Nine<nowiki> </nowiki>entdeckt wenig später ein Mikrowurmloch und empfängt eine Botschaft von<nowiki> </nowiki>der Sternenflotte. Darüber informiert sie die Brücke. Nachdem man Kontakt mit dem Sternenflottenkommando aufnehmen kann, stößt die Crew darauf im Kasino an. ({{VOY|Das Pfadfinder-Projekt}})
Auf einer weiteren Außenmission mit Paris, Kim und Neelix, verbringt das Außenteam die Zeit des Rückflugs mit einem Pokerspiel. Bevor sie dieses beenden können, entdecken sie jedoch einen Borg-Kubus, der sie angreift. Nach einem kurzen Kampf, werden sie mit einem Traktorstrahl in den Kubus gezogen. Chakotay erwacht mit Paris und Neelix einer Assimilationskammer. Als sie dort einen Mann entdecken, der durch eine misslungene Assimilation starb, ist Chakotay erleichtert, dass es niemand ist, den sie kennen. Als Seven of Nine auf den Kubus kommt, trifft er sich mit ihr und teilt ihr insgeheim mit, dass Harry Kim noch frei ist. Später kann er durch die ''Voyager'' befreit und zurückgebeamt werden. ({{VOY|Das Kollektiv}})
Als die auf dem Holodeck in der [[Paris 042|Fair-Haven-Simulation]] Fehlfunktionen fortbestehen, begeben sich Kim und Paris auf das Holodeck, um dort die notwendigen Änderungen manuell vorzunehmen. Gleichzeitig spricht Janeway mit Chakotay über ihr Problem, dass sie Sullivan nicht die Wahrheit sagen kann, dass dieser ein Hologramm ist. Chakotay meint dazu, dass sie dann wohl kreativ werden muss. Beim Versuch das Programm zu deaktivieren, werden Kim und Paris von den Hologrammen gefangen genommen. Durch Gewehrfeuer in die primären Kontrollen, gibt es außerdem Fehlfunktionen, was Chakotay Janeway meldet. ({{VOY|Das Geistervolk}}) Nachdem die [[Kobali]] [[Jhet'leya]] an Bord der ''Voyager'' kommt und berichtet, dass sie die vor drei Jahren getötete [[Lyndsay Ballard]] sei, wird dies vom Doktor überprüft und bestätigt. Anschließend wird Ballard wieder in die Crew integriert. Als sie bei einer Besprechung der Führungsoffiziere willkommen geheißen wird, erinnert Chakotay daran, dass die Kobali noch da draußen sind und sie vielleicht zurückholen wollen. Später bringt er die neuesten taktischen Berichte von Tuvok zu Seven of Nine in die Astrometrie und diese bittet ihn als Hüterin der Borgkinder abgezogen zu werden. Er lässt sich daher von ihren Erziehungsversuchen berichten und kommentiert den von Seven erstellten Tagesplan damit, dass die Kinder wenig Zeit für Spaß hätten. Wenig später trifft [[Q'ret]], der Kobali-Vater von Jhet'leya ein und fordert die Übergabe seiner Tochter. Janeway verweigert dies, weshalb er mit drei Raumschiffen die ''Voyager'' angreift. Chakotay arbeitet an einer Konsole und meldet Janeway bei diesem Kampf die Schäden. Da sich Ballard inzwischen dazu entschlossen hat, zu den Kobali zurückzukehren, wird der Kampf beendet und Jhet'leya übergeben. ({{VOY|Asche zu Asche}})
Als auf der ''Voyager'' die Erste [[Jahr|jährliche]] [[Voyager-Wissenschaftsausstellung]] veranstaltet wird, betrachtet er mit Kathryn Janeway, B'Elanna Torres und Seven of Nine die Exponate. Wenig später nimmt man Kontakt mit den Brunali auf und übergibt Icheb seinen Eltern. Bald darauf ergeben sich allerdings Unstimmigkeiten in der Geschichte, welche diese erzählten und kehrt zum Planeten zurück. Dort angekommen, entdeckt Chakotay ein Transportschiff mit Ichebs Lebenszeichen, dass sich scheinbar mit Warp 9,8 fortbewegt. Anschließend befiehlt er Icheb an Bord zu beamen, was allerdings an einer Interferenz scheitert. ({{VOY|Icheb}})
