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Nachdem Harry Kim verschwindet, recherchieren Chakotay und Tuvok, was Harry zuletzt gemacht hat. Chakotay findet heraus, dass Harry Holodeckzeit gebucht hatte und er seither nicht mehr gesehen wurde. Da das Holodeck nicht gescannt werden kann, begibt er sich mit Tuvok dorthin. Sie begegnen dem Hologramm [[Freya]], welches sie zu [[König]] [[Hrothgar]] führt. Sie können den König überzeugen, die Nachtwache übernehmen zu dürfen. Ihre Analyse bringt Tuvok zu dem Gedanken, dass Harry möglicherweise in Energie umgewandelt wurde. Einige Momente später scannen er und Tuvok ein Objekt mit einem Durchmesser von einem Meter, [[Grendel]]. Als Grendel erscheint, verschwinden auch Chakotay und Tuvok. Nachdem der Doktor die Proben Grendel auf dem Holodeck übergeben hat, werden Chakotay und die beiden anderen Offiziere wieder freigelassen.({{VOY|Helden und Dämonen}})
Auf einer Außenmission mit Tuvok in einem Shuttle, werden die beiden von einer [[Komar|fremden energetischen Lebensform ]] angegriffen und verletzt. Als die USS ''Voyager'' sie entdeckt, werden die beiden auf die Krankenstation der ''Voyager'' gebeamt. Dort stellt der Doktor fest, dass Chakotay die gesamte bioneurale Energie entzogen wurde und Chakotay hirntot sei. Seine neurale Energie schwebt jedoch über seinem Körper und es gelingt ihm jeweils ein Mitglied der Crew zu kontrollieren. Nachdem er erkennt, dass die Komar, die das Shuttle angriffen, die Kontrolle über die ''Voyager'' übernehmen wollen, übernimmt er den Körper von B'Elanna Torres und stößt mit seiner Kommandoautorisation den Warpkern ab. Wenig später besetzt er Neelix und kann so die Steine am Medizinrad neu anordnen, um der Crew einen Fluchtweg aus dem Nebel aufzuzeigen. Nachdem die Flucht gelungen ist, kann der Doktor das Bewusstsein von Chakotay wieder in dessen Körper integrieren. Als er wieder zu sich kommt, berichtet Chakotay den Offizieren, von seinen Erlebnissen. So sah er sich nach dem Angriff der Komar über seinem Körper schweben und erkannte allmählich, dass er andere Personen kontrollieren konnte. Bei dieser Gelegenheit entschuldigt er sich insbesondere bei Tuvok, da er dessen Körper missbrauchte. ({{VOY|Bewußtseinsverlust}})
Chakotay isst gern [[Maissalat]], weshalb Neelix lernt diesen zuzubereiten. ({{VOY|Von Angesicht zu Angesicht}})
