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→2378
{{alt|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] übernimmt Chakotay [[2378]], nachdem [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] zu Beginn des [[Jahr der Hölle|Jahres der Hölle]] getötet worden ist, das Kommando über die ''Voyager'' und wird zu ihrem [[Captain]]. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}}
Anfang [[2378]] stellt die ''Voyager'' Kontakt mit einer Kolonie von Talaxianern her. Nachdem der Delta Flyer verschillt, wird er von Janeway beauftragt ein Rettungsteam zusammenzustellen. Nachdem Neelix gefunden wird, berichtet er von einer Kolonie der Talaxianer und zeigt Dexa und Brax die ''Voyager''. Chakotay hat gerade das Kommando auf der Brücke, als Neelix mit seinen Gästen dort eintrifft. Als Brax Neelix nach seiner Station fragt, kommt Neelix ins Stottern und Chakotay springt ihm mit Kim zur Seite und berichtet, dass Neelix' Fähigkeiten viel zu vielseitig sind, als das er nur eine Station haben könnte. Nachdem sich Neelix dazu entschließt in der Kolonie der Talaxianer zu bleiben, verabschiedet er ihn mit den anderen Führungsoffizieren und vielen Crewmitgliedern vor dem Transporterraum. ({{VOY|Eine Heimstätte}})
2378 kommen sich [[Seven of Nine]] und Chakotay näher und veranstalten ein [[Picknick]] im Frachtraum. Im selben Jahr kehren Chakotay und die ''Voyager'' mithilfe eines [[Transwarpzentrum]]s der [[Borg]] zurück in den Alpha-Quadranten. ({{VOY|Endspiel, Teil I|Endspiel, Teil II}})
