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Im darauffolgenden Kampf mit dem Raumschiff der Hologramme, bedient Chakotay die taktische Station. Es gelingt den Hologrammen jedfoch zu entkommen. Chakotay wird anschließend mit Captain Janeway von Seven of Nine über das Ausmaß der Schäden informiert. Gerade als Chakotay fragt, wie die Hologramme ihre Schilde durchdringen konnten, tritt Tuvok hinzu und beantwortet die Frage damit, dass die Hologramme ihren Deflektorstrahl entgegen ihrer Schildfrequenz modulierten. Man begibt sich anschließend auf die Jagd nach den Hologrammen. Wegen Meinungsverschiedenheiten kündigen die Hirogenjäger die Zusammenarbeit auf und machen sich allein auf die Suche. Die ''Voyager'' folgt deren Schiff und erreicht so das Schiff der Hologramme in einem Nebel. Um nicht entdeckt zu werden, reist man in dem Sog, den die Hirogenschiffe hinter sich herziehen. Nachdem man das Schiff der Hologramme aufgespürt hat, kann man die Hirogenschiffe kampfunfähig schießen. Jedoch beamen die Hologramme die Hirogen auf den Planeten, um sie dort zu jagen. Janeway befiehlt daher Chakotay ein Shuttle zu nehmen und die Hologramme zu deaktivieren. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil II}})
Wenig später sucht er den Frachtraum auf und entdeckt Icheb und Naomi Wildman beim Puzzeln. Da Icheb eigentlich einen Aufsatz über Transwarpinstabilitäten schreiben soll, bittet er Chakotay dies für sich zu behalten. Chakotay willigt ein, wenn Icheb Neelix nichts von dem antarianischen Apfelwein erzählt, den er im Frachtraum vor Neelix versteckt hat. Icheb rät ihm die Kisten zwischen den Borgkomponenten zu verstecken, da Neelix diese niemals inventarisiert. Anschließend begibt er sich in das Quartier von Captain Janeway um mit ihr zu Abend zu essen. Dieses wird jedoch bald darauf unterbrochen, weil das Schiff auf eine Zeitanomalie trifft. Chakotay begibt sich in den Maschinenraum und versucht mit Torres den Warpkern auszustoßen, als sich dieser destabilisiert. Dabei wird er allerdings durch eine temporale Entladung getroffen und verletzt. Der Doktor behandelt ihn auf der Krankenstation, allerdings wird das Schiff in verschiedene Zeitrahmen zersplittert. Als Chakotay auf der Brücke nach dem Rechten sehen will, verschwindet im Turbolift sein Medizinkoffer, da er in einen anderen Zeitrahmen gewechselt ist. Auf der Brücke gelangt er in einen Zeitrahmen, in dem sich das Schiff noch im Alphaquadranten befindet und wird von Janeway gefangen genommen. Er versucht ihr die Situation zu erklären, aber sie hält es für eine Sabotage des Maquis und lässt Chakotay in die Arrestzelle bringen. Auf dem Weg dorthin, verschwinden die Sicherheitsoffiziere im Turbolift und Chakotay gelangt in den nächsten Zeitrahmen. Im Maschinenraum hat Seska mit den Kazon die Kontrolle und verhaftet Chakotay. Er berichtet ihr, dass ein Kommandotrupp an Bord ist und Sabotage durchführt. Als Chakotay einen Zeitriss auf der zweiten Ebene entdeckt, schlägt er zwei Kazon nieder und geht hindurch. So gelangt er wieder auf die Krankenstation und bespricht die Situation mit dem MHN. Da Chakotay der einzige ist, der die Barrieren überwinden kann, will er wieder auf die Brücke fahren und mit dem Captain reden. Er erzählt, dass er weiß, dass sie klassische Musik liebt, aber nie ein Instrument lernte. Da er sie nicht überzeugen kann, injiziert er ihr das Hypospray und verlässt die Brücke mit ihr. Auf dem Weg ins astrometrische Labor informiert er sie darüber, dass Kim es konstruiert hat. In der Astrometrie treffen sie auf Naomi Wildman und Icheb, 17 Jahre in der Zukunft. Von den beiden erfahren sie mehr über die Anomalie und begeben sich anschließend in Frachtraum 2, um Seven of Nine zu finden. Dieser ist in der Zeit, als sie eine Allianz mit den Borg eingingen. Von Seven of Nine erfahren sie, wie sie das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit bringen können. Dafür müssen sie jedoch die bioneuralen Gelpacks im Schiff modifizieren. Vom Doktor erhalten sie Gürtel, welche es ihnen ermöglicht die Zeitrahmen zu wechseln. Nachdem sie vor Makroviren geflohen sind, gelangen sie auf das Holodeck in eine Simulation von Doktor Chaotica. Dieser nimmt sie gefangen, wird jedoch von Janeway animiert die Holodeckkontrollen zu entdecken. So können sie entkommen und treffen im Transporterraum auf Torres und einige Maquis, die sich im Jahr 2371 befinden. Chakotay informiert Janeway darüber, dass sie die Phalanx des Fürsorgers zerstörte und sie daher hier strandeten, um die Ocampa zu retten. Anschließend gelangen sie ins Kasino, dass sich in der Gegenwart befindet und wo, Tuvok an einer Strahlenvergiftung stirbt. Anschließend begeben sie sich in einen Turbolift und fahren auf Deck 11. Janeway will das Schiff mit ihrem Zeitrahmen synchronisieren, aber Chakotay kann sie überzeugen, dass die Crew zusammenwachsen wird und sie Völker, wie die Ocampa retten. Er informiert sie über Seska, die für die Cardassianer spionierte, mit den Kazon das Schiff übernahm und dann besiegt wurde. Chakotay begibt sich in den Maschinenraum und erhält von Seska die Erlaubnis, Vorbereitungen zu treffen, um das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit zu bringen. Diese plant jedoch das Schiff in ihrem Zeitrahmen zu synchronisieren. Gerade als sie diesen Plan umsetzen will, springen Paris und Kim aus dem anderen Zeitrahmen von der zweiten Ebene des Maschinenraums herunter und überwältigen die Kazon. Anschließend treffen sie alle Vorbereitungen, um das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit zu bringen. Chakotay verabschiedet sich von Janeway und initiiert den Impuls. Nachdem er im Maschinenraum erscheint, konfiguriert er mit Torres den Deflektor zu einem Blitzableiter, der dadurch ausbrennt, aber die temporale Integrität des Schiffs erhält. Als Janeway eine Erklärung für seine Handlungsweise verlangt, antwortet er, dass er diese Frage aufgrund der obersten temporalen Direktive nicht beantworten kann. Anschließend setzen sie ihr Abendessen fort und philosophieren über die Zukunft. ({{VOY|Zersplittert}})
Nachdem B'Elanna Torres schwanger wird, gratuliert er ihr im Maschinenraum und schlägt ihr später auch einen Namen für das Kind vor. Außerdem bietet er sich als Pate an, jedoch entscheidet sich Torres für den Doktor, da Chakotay so gut wie nichts über Kindererziehung weiß. ({{VOY|Abstammung}})
