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Als das Schiff von den [[Lokirrim]] angegriffen wird, stellt Chakotay fest, dass diese mit einer Art photonischem Disruptor auf ihre Holodecks feuern. Nachdem der Angriff abgewehrt wurde, schaltet er auf Janeways Befehl die Holodecks ab, um die Lokirrim zu einem Kompromiss zu bewegen. Als man wenig später versucht den Doktor, Kim und Seven of Nine zu befreien, deaktiviert er die Schilde des lokirrimischen Schiffes. Nachdem ein erster Befreiungsversuch scheitert, kontaktiert er Seven direkt über ihre Implantate und veranlasst sie den Doktor zu aktivieren. Dadurch kann der Kampf letztlich zugunsten der ''Voyager'' entschieden werden. ({{VOY|Körper und Seele}})
Wenig später nimmt man Kontakt mit den Annari auf und Janeway führt mit Chakotay deren Captain [[Geral]] durch das Schiff. Nachdem die Annari die Voyager aus dem Raum eskortieren, meldet er das Abdrehen ihrer Eskorte und begibt sich mit Paris zur Shuttlerampe. ({{VOY|Nightingale}})
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