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Später ist er Mitglied eines Außenteams, dass mit dem ''Delta-Flyer'' Vorräte sammelt. Dabei besucht er auch den Planeten [[Tarakis]] und durchlebt, wie auch der Rest des Außenteams, die Erinnerungen an ein [[Massaker]] auf diesem Planeten, welches vor 300 Jahren stattfand. Chakotay sieht sich dabei als Soldat, der in ein Gefecht verwickelt wird und dabei Zivilisten tötet. Als er seinen Kommandanten [[Saavdra]] nach Befehlen fragt, lässt dieser weiterfeuern. Nachdem er diese Erinnerungen in einem Traum durchlebt, weckt ihn Tuvok über Interkom und ruft ihn ins Kasino, da es dort einen SIcherheitsbruch gibt. Im Kasino hat sich Neelix verbarrikadiert, da er denkt, er werde angegriffen. Chakotay erkennt, dass der Talaxianer das gleiche Trauma durchlebt, wie er selbst und kann ihn überzeugen, dass die Kämpfe vorbei sind und einige Soldaten nur Freudenschüsse abgeben. Daraufhin lässt Neelix Naomi frei. Bei einer Besprechung versuchen sie die Ereignisse zu rekonstruieren. Chakotay berichtet dabei von einer Besprechung mit Saavdra, wobei er darauf hinwies, dass die Einheit übermüdet ist. Jedoch bestand Saavdra darauf, dass diese Mission durchgeführt wird. Bei der Evakuierung der Kolonisten wurden sie von einigen Bewaffneten angegriffen und erwiderten das Feuer. Im Chaos der Schlacht erschossen sie auch die Zivilisten, die in Panik durcheinanderliefen. Chakotay berichtet, dass sie 82 Zivilisten in dieser Nacht töteten und niemand überlebte. Gemeinsam mit Janeway und Seven of Nine analysiert er die Sensordaten des Delta-Flyers, um eine Antwort auf ihre Fragen zu finden. Im Orbit des Planeten angekommen, beamt er mit einem Außenteam herunter und sucht nach Spuren des Massakers. Gemeinsam mit Janeway findet er einen Obelisken. Dieser sendet die Erinnerungen aus. Er plädiert dafür, den Transmitter zu deaktivieren. Jedoch entschließt sich Janeway stattdessen eine Warnboje auszusetzen. ({{VOY|Das Mahnmal}})
Kurz darauf durchfliegt die ''Voyager'' einen [[J-Klasse-Nebel]], um dort ihre Deuteriumvorräte aufzufüllen. Jedoch gelangt dabei eine [[elektromagnetische Lebensform]] an Bord des Schiffes. Da die Lebensform in den Nebel zurück will übernimmt sie die Kontrolle über die Systeme der ''Voyager''. Chakotay meldet dem Captain die dadurch entstandenen Schäden. Wenig später häufen sich seltsame Vorfälle und Chakotay befiehlt, eine Diagnose der Schiffssysteme zu machen. Weil der Maschinenraum nicht antwortet, begibt sich Chakotay dorthin. Auf dem Weg, stürzt er mit dem Turbolift ab, ehe sich dieser wieder fängt. Sobald er den Maschinenraum erreicht, informiert ihn Torres, dass die Fehlfunktionen von einer Reihe von defekten Gelpacks verursacht werden. Gemeinsam untersuchen sie die Gelpacks und stellen fest, dass sie noch intakt sind. Auf dem Rückweg zum Maschinenraum, treffen sie auf Neelix und einige Verletzte, die sie zur Krankenstation eskortieren. Nachdem man erkennt, dass die Fehlfunktionen von einer Lebensform ausgelöst werden, vermutet Chakotay den Angriff einer feindlichen Spezies. Jedoch versucht Janeway mit der Lebensform zu kommunizieren. Wenig später deaktiviert die Lebensform die Lebenserhaltung und Chakotay verlässt mit der restlichen Besatzung das Schiff, während Captain Janeway an Bord bleibt. Nachdem Janeway eine Übereinkunft mit der fremden Lebensform getroffen hat, bleibt diese in einer Sektion auf Deck 12 und die Crew kann aufs Schiff zurückkehren. ({{VOY|Der Spuk auf Deck Zwölf}})
Auf einer weiteren Außenmission mit Paris, Kim und Neelix, verbringt das Außenteam die Zeit des Rückflugs mit einem Pokerspiel. Bevor sie dieses beenden können, entdecken sie jedoch einen Borg-Kubus, der sie angreift. Nach einem kurzen Kampf, werden sie mit einem Traktorstrahl in den Kubus gezogen. Chakotay erwacht mit Paris und Neelix einer Assimilationskammer. Als sie dort einen Mann entdecken, der durch eine misslungene Assimilation starb, ist Chakotay erleichtert, dass es niemand ist, den sie kennen. Als Seven of Nine auf den Kubus kommt, trifft er sich mit ihr und teilt ihr insgeheim mit, dass Harry Kim noch frei ist. Später kann er durch die ''Voyager'' befreit und zurückgebeamt werden. ({{VOY|Das Kollektiv}})
Nachdem es der Sternenflotte gelingt, einen komprimierten Datenstrom zur ''Voyager'' zu schicken, besprechen die Führungsoffiziere die neue Kommunikationsmöglichkeit. Chakotay weist dabei darauf hin, dass sie taktische Updates, Briefe aus der Heimat und Nachrichten aus dem Alphaquadranten erhielten. Unter den Nachrichten, befindet sich auch ein Befehl von Admiral [[Hayes (männlicher Admiral)|Hayes]], die Verluste der Sternenflotte und der Maquis zu melden. Janeway und Chakotay beschließen jedoch, einen gemeinsamen Bericht zu verfassen. ({{VOY|Rettungsanker}})
Als das Schiff einen Klasse-J-Nebel erreicht, arbeitet er auf der Brücke. Man entschließt sich dort die einige Monate zuvor aufgenommene Lebensform freizulassen. ({{VOY|Der Spuk auf Deck Zwölf}})
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