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Chakotay hat das Kommando auf der Brücke, als das Schiff versehentlich in einen Subraumtunnel der [[Turei]] einfliegt. Daraufhin informiert er Janeway darüber. Nachdem man aus dem Tunnel freikommt, wird das Schiff von den Turei angegriffen. Daher sucht man Schutz im Orbit eines verstrahlten Planeten. Als man diesen untersucht, findet man eine Vielzahl von [[Vaadwaur]], die in Stasiskammern liegen. Man weckt einen Insassen, [[Gedrin]] auf und erfährt von ihm, dass sein Volk Krieg gegen eine von den Turei geführte Allianz führte und verlor. Um den Planeten verlassen zu können, entschließt sich Janeway das [[Bataillon]] von Gedrin aufzuwecken. Als der Captain, Gedrin und Chakotay die Höhle mit den Stasiskapseln erblicken, vergleicht Chakotay diesen Anblick mit der griechischen Sage von den "Zähnen des Drachen": Nachdem ein Drache im Krieg getötet wurde, entsprangen aus seinen Zähnen Krieger, die den Kampf fortsetzten. Wenig später stellt sich heraus, dass die Vaadwaur ihnen nicht die ganze Wahrheit berichtet haben. Daher informiert Janeway Chakotay darüber, dass sie Vorsichtsmaßnahmen einleiten werden, um die Vaadwaur unter Kontrolle zu halten. Nachdem sie diese darüber informieren, greifen sie die ''Voyager'' an und Chakotay ortet den Start weiterer 39 Schiffe. Nachdem sie Kontakt mit den Turei aufgenommen haben, überträgt Chakotay die Verbindung zum Satelliten und ermöglicht so die Flucht der ''Voyager''. ({{VOY|Die Zähne des Drachen}})
→2376: Chronologie
Bald darauf stößt man auf einen Nebel und erkundet ihn. Gleichzeitig erhält Janeway auch einen Beschwerdebrief des Doktors, der außerdem verlangt, im Falle
eines Notfalls zum Kommandierenden Notfallhologramm ernannt zu werden. Diesbezüglich besteht er außerdem auf einer förmlichen Antwort. Chakotay bietet Janeway an, dies zu übernehmen, jedoch wil sie sich persönlich darum kümmern, weshalb Chakotay das Kommando auf der Brücke übernimmt. Später gibt er Janeway einen Bericht und erfährt, dass sie überlegt, dem Doktor tatsächlich zu ermöglichen das Kommando zu übernehmen. Nachdem der Doktor von einem Fremden kontaktiert wird, der sie vor einem bevorstehenden Angriff warnt, lässt Chakotay Gegenmaßnahmen einleiten. Gemeinsam mit Tuvok arbeitet er nach Beginn des Angriffs an einer Möglichkeit eine Schwäche in den Schilden der Hierarchieschiffe auszunutzen. Das Schiff wird beschädigt, jedoch ziehen sich die Hierarchieschiffe dank eines Bluffs des Doktors zurück. Als dieser sich anschließend auf den Stuhl des Captains setzen will, meint Chakotay, dass er es verdient habe. Daraufhin lässt sich das MHN in den Stuhl fallen. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})
Chakotay hat das Kommando auf der Brücke, als das Schiff versehentlich in einen Subraumtunnel der [[Turei]] einfliegt. Daraufhin informiert er Janeway darüber. Nachdem man aus dem Tunnel freikommt, wird das Schiff von den Turei angegriffen. Daher sucht man Schutz im Orbit eines verstrahlten Planeten. Als man diesen untersucht, findet man eine Vielzahl von [[Vaadwaur]], die in Stasiskammern liegen. Man weckt einen Insassen, [[Gedrin]] auf und erfährt von ihm, dass sein Volk Krieg gegen eine von den Turei geführte Allianz führte und verlor. Um den Planeten verlassen zu können, entschließt sich Janeway das [[Bataillon]] von Gedrin aufzuwecken. Als der Captain, Gedrin und Chakotay die Höhle mit den Stasiskapseln erblicken, vergleicht Chakotay diesen Anblick mit der griechischen Sage von den "Zähnen des Drachen": Nachdem ein Drache im Krieg getötet wurde, entsprangen aus seinen Zähnen Krieger, die den Kampf fortsetzten. Wenig später stellt sich heraus, dass die Vaadwaur ihnen nicht die ganze Wahrheit berichtet haben. Daher informiert Janeway Chakotay darüber, dass sie Vorsichtsmaßnahmen einleiten werden, um die Vaadwaur unter Kontrolle zu halten. Nachdem sie diese darüber informieren, greifen sie die ''Voyager'' an und Chakotay ortet den Start weiterer 39 Schiffe. Nachdem sie Kontakt mit den Turei aufgenommen haben, überträgt Chakotay die Verbindung zum Satelliten und ermöglicht so die Flucht der ''Voyager''. ({{VOY|Die Zähne des Drachen}})
Während Tuvok das Kommando auf der Brücke hat, stößt man auf einen Raumschiffsfriedhof im Weltlall. Tuvok hält diesen zunächst für eine fremde Flotte, gibt Roten Alarm und ruft Janeway und Chakotay auf die Brücke. Dort stellt sich heraus, dass man einen Schrottplatz entdeckt hat und beamt den Eigentümer, Abbadon für Verhandlungen an Bord. Chakotay begrüßt ihn mit Neelix im Transporterraum. Sogleich beginnen sie mit den Verhandlungen. Von Neelix und Paris wird er überzeugt, auch ein kleines Raumschiff zu erwerben. Wenig später fordert Paris zusätzliche Ersatzteile zur Reparatur seines Schiffes an. Chakotay lehnt diese Forderung jedoch ab und weist Paris auf die Bekleidungsvorschriften an Bord hin. Außerdem solle er sich wieder [[Rasur|rasieren]]. Paris zeigt sich scheinbar einsichtig und verlässt Chakotays Quartier. Jedoch fliegt er bald darauf mit ''[[Alice (Shuttle)|Alice]]'' eigenmächtig vom Schiff weg. Chakotay informiert darüber den Captain und lässt einen Verfolgungskurs setzen. Bei der Befreiung von Paris, verstärkt Chakotay den Eindämmungsstrahl, sodass der Transport gelingt. ({{VOY|Alice}})
Nachdem Tuvok bei einer Außenmission von den [[Ba'Neth]] angegriffen und schwer verletzt wird, nimmt man Kontakt mit den [[Kesat]] auf, die Ermittler [[Naroq]] auf die ''Voyager'' schicken. Chakotay, Neelix und Janeway sprechen mit diesem über die Angreifer. Als er erfährt, dass es vor diesem Zwischenfall 12 Kontakte mit den Ba'Neth gab, meint er, dass sie die Unglückszahl 13 erwischt hätten. Später begrüßt er den langsam genesenden Tuvok auf der Brücke. ({{VOY|Rätsel}})
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