Änderungen

Chakotay verteidigt mit den anderen Offizieren die Brücke, wird dabei aber von einem der Wesen verletzt. Nach einer Behandlung beim Doktor nimmt er seinen Dienst wieder auf. Als Janeway Kontakt mit der nukleogenen Lebensform aufnehmen will, will er die Waffen einstecken. Jedoch befiehlt Janeway die Phaser zu ziehen. Anschließend spricht er mit Janeway in ihrem Raum und stellt klar, dass die Sicherheit des Schiffs nicht wegen einer Blutrache gefährdet werden darf. Gemeinsam mit Tuvok überwältigt er auf der Planetenoberfläche ein Außenteam der ''Equinox''. Er ist auch anwesend als Captain Janeway einen der Gefangenen, [[Noah Lessing]], im Frachtraum verhört. Als der Captain die Schilde um den Frachtraum deaktiviert, um Lessing zur Kooperation zu zwingen, ist Chakotay entsetzt und geht mit einem Phaser in den Raum, um die durchbrechenden Wesen zu vertreiben. Anschließend nimmt er Lessing mit und meint zu ihm, dass er seine Loyalität zu seinem Captain demonstriert hat und sie nun über die Ankari sprechen werden. Anschließend informiert er die Führungsoffiziere über diese Informationen und wird von Janeway wenig später vom Dienst entbunden. Nach der Zerstörung der ''Equinox'', wird er von Janeway rehabilitiert. Im Gespräch mit Janeway, meint er, dass viele Nerven strapaziert wurden und Neelix ein Reseessen organisiert. Als der Captain sich mit ihm ausspricht und meint, dass Chakotay auch einen Grund für eine Meuterei gehabt hätte, antwortet dieser, dass ihm der Gedanke kam, aber er damit zu weit gegangen wäre. Als Augenblicke später Janeway die heruntergefallene Widmungsplakette der ''Voyager'' entdeckt, nimmt Chakotay diese und hängt sie wieder an ihren Platz. ({{VOY|Equinox, Teil II}})

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