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Bald darauf entdeckt er mit Tuvok ein Wurmloch, dass scheinbar in den Alpha-Quadranten führt und ruft Janeway auf die Brücke. Dieses Wurmloch ist jedoch nur eine Illusion, die von der [[Telepathische Werferpflanze|telepathischen Werferpflanze]] erzeugt wird. Deren Telepathie unterbindet seine anfänglichen Zweifel und lässt ihn an eine Rückkehr in den Alpha-Quadranten glauben. Die Einwände von Seven of Nine ignoriert er daher. Später ruft er sie auf die Brücke, um ihr die ersten Bilder von der Erde zu zeigen. Da sich Seven of Nine nicht überzeugen lässt, bringt Chakotay sie mit zwei Sicherheitsoffizieren zu ihrem Alkoven. Dort sperrt Seven ihn jedoch mit einem Kraftfeld aus und blockiert Kims Kommandos. Nachdem das Schiff die Lebensform erreicht, fällt er mit dem Rest der Besatzung, mit Ausnahme von Seven of Nine und Naomi Wildman, in eine Bewusstlosigkeit. Nachdem Seven of Nine, der Doktor mithilfe des [[Nokaro]] [[Qatai]] das Schiff aus dem bioplasmischen Organismus befreit haben, kommt er wieder zu sich. ({{VOY|Euphorie}})
Als man den Notruf [[USS Voyager (Silberblut)|eines Schiffes]] empfängt, versucht man diesem zu Hilfe zu kommen. Jedoch wird es vor Eintreffen der ''Voyager'' zerstört. Chakotay ist auf der Brücke, als man das Trümmerfeld entdeckt. ({{VOY|Endstation Vergessenheit}})
Wenig später greift ein Borg-Schiff die ''Voyager'' an und kann zerstört werden. Man versucht die Trümmer zu bergen, und sucht dabei nach einer [[Transwarpspule]]. Jedoch ist die Gefundene irreparabel beschädigt. Als man eine schwer beschädigte Sphäre entdeckt, fasst Janeway den Entschluss diese anzugreifen und eine Transwarpspule zu stehlen. Chakotay entwirft daraufhin einen Angriffsplan. Bei dessen Realisierung hat er das Kommando auf der Brücke und überwacht das Außenteam. Der Diebstahl gelingt, jedoch bleibt Seven of Nine scheinbar freiwillig auf dem Schiff zurück. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I}})
Daraufhin untersucht er mit Captain Janeway und weiteren Besatzungsmitgliedern Frachtraum 2. Er weist Janeway daraufhin, dass sie vor zwei Jahren sagte, sie würde Janeway verraten. Jedoch entgegnet Janeway, dass sie vor zwei Tagen meinte, die ''Voyager'' sei ihr Kollektiv geworden. Aus der Analyse der Sensordaten, über die Signale, die an Sevens Alkoven gesendet wurden und der Unterlagen der Hansons, erkennt Janeway, dass die Borg-Königin Seven of Nine Befehle schickte. Anschließend beginnt man, mit der Planung einer Befreiungsaktion für Seven of Nine, die erfolgreich durchgeführt werden kann. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})
Nachdem Captain Janeway eine Übereinkunft mit den [[Varro ]] getroffen hat, lässt er den Transfer von Energie beginnen. Als Tuvok wenig später ein Signal entdeckt, versucht Chakotay dieses mit ihm zu lokalisieren. Jedoch unterbricht Paris heimlich dieses Signal, da sch Kim mit einer Varro-Ingenieurin heimlich getroffen hatte und nun mit ihr kommuniziert. Wenig später entdeckt Tuvok einen Varro, der sich an Bord der Voyager geschmuggelt hat. Chakotay verhört diesen daraufhin mit dem Sicherheitschef, um etwas über ihn und seine Motive zu erfahren. ({{VOY|Das Generationenschiff}})
Als man den Notruf das Schiff im [[USS Voyager (Silberblut)|eines SchiffesChaosraum]] empfängtstrandet, wird Chakotay in einer Boxkampfsimulation auf dem Holodeck leicht verletzt. Er konsultiert daraufhin den Doktor. Dieser stellt fest, dass er eine neurale Verbindung mit fremden Wesen aufgebaut hat. Durch diese erlebt Chakotay Halluzinationen, und greift Tuvok an. Daraufhin wird er auf die Krankenstation gebracht, und vom Doktor untersucht. Später begibt er sich auf Visionensuche und begegnet seinem Großvater. Wenig später ist er jedoch wieder in der Boxsimulation, versucht man diesem ehe er aufwacht. Jedoch bestärkt der Doktor ihn darin, Kontakt mit den Fremden aufzunehmen, um dem Chaosraum entkommen zu Hilfe können. Der Kontakt überfordert Chakotay jedoch und er fleht den Doktor an, die Fremden zu kommenentfernen. Jedoch wird Janeway erklärt ihm, dass er es vor Eintreffen noch einmal versuchen muss und überzeugt ihn. In der Illusion versuchen ihn seine Freunde vom Kampf abzubringen, jedoch begibt er sich in den Ring. In diesem Moment wird er vom Doktor und Paris aufgeweckt, da er in seiner Visionensuche gefangen war. Er verlangt in den Ring zurückgebracht zu werden, wird jedoch vom Doktor betäubt. Als er wieder zu sich kommt, betäuert er gegenüber Janeway, dass im Chaosraum Wesen leben und ihn kontaktieren. Er will den Kampf fortsetzen. Allmählich glaubt Janeway Chakotay und lässt ihn wieder in die Simulation zurückkehren. Dort erfährt er, dass die Wesen aus dem Chaosraum stammen und dieser Humanoide vernichtet. Die Fremden informieren ihn, dass er die Sensoren neu ausrichten muss. Er begibt sich sofort auf die Brücke und gibt die Kurskorrektur ein. So kann die ''Voyager'' zerstört. entkommen und Chakotay ist begibt sich auf der Brückedas Holodeck, als man das Trümmerfeld entdecktum den fremden Boxer zu besiegen. ({{VOY|Endstation VergessenheitDer Fight}})
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