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Wenig später trifft man auf ein Raumschiff der Hirogen mit einem einzigen Besatzungsmitglied. Chakotay weist darauf hin, dass dies eine Falle sein könnte. Jedoch entschließt sich Janeway Kontakt aufzunehmen. Chakotay geht mit einem Außenteam auf das Raumschiff der Hirogen und sucht nach dem Überlebenden. Sie bringen diesen auf die ''Voyager'' und informieren Janeway. Wenig später meldet er mehrere Hüllenbrüche. Anschließend befragt er mit Janeway den Hirogen. Chakotay begibt sich anschließend mit diesem auf die Jagd nach dem Mitglied von Spezies 8472. Er selbst übernimmt die Führung der Gruppe und zwingt den Hirogen an zweiter Stelle zu gehen. Als sie das Wesen erreichen, wird er vom Hirogen angegriffen, da dieser das Wesen töten will. Zwar kann dieser überwältigt werden, allerdings gelingt es ihm wenig später sich zu befreien. ({{VOY|Die Beute}})
Als die ''Voyager'' von [[Kovin]] Waffentechnologie erwirbt, informiert er Seven of Nine, dass sie ihm, bei der Installation des neuen Waffensystems assistieren soll. Sie wendet ein, dass der Captain ihr nur vertraut, wenn diese ihr Wissen benötigt. Er meint zu ihr, dass sie sich das Vertrauen des Captains Schritt für Schritt wieder erarbeiten muss. Später will er den Traktorstrahl aktivieren, um Kovins Schiff festzuhalten. Jedoch scheitert dieser Versuch. ({{VOY|Im Rückblick}})
Kurze Zeit später wird die ''Voyager''
