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Wenig später ruft er Captain Janeway auf die Brücke, als man binäre Pulsare entdeckt. Er soll deren Untersuchung leiten, da sich Janeway zu angespannt dafür fühlt. Während er in seinem Quartier arbeitet, beginnen seine Hände plötzlich zu zittern und er verliert seine Haare. Eine Untersuchung des Doktors ergibt, dass er an einer rapiden Beschleunigung des Alterungsprozesses leidet. Anschließend unterhält er sich mit Neelix darüber, wer von beiden mehr Einschränkungen unterliegt. ({{VOY|Verwerfliche Experimente}})
Als Captain Janeway mit den Mari verhandelt, nachdem diese B'Elanna Torres verhaftet haben, hat er das Kommando auf der ''Voyager''. Er unterhält sich auch mit Paris. Dieser will Torres gewaltsam befreien, was Chakotay jedoch vorläufig ablehnt, um keine gewalttätige Auseinandersetzung mit den Mari hervorzurufen. ({{VOY|Gewalttätige Gedanken}})
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