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Als Tom Paris und Harry Kim auf [[Akritiri]] nach einem Bomben[[anschlag]] vermisst werden, informiert er Janeway, dass sie von Botschafter Liria gerufen werden. Dieser berichtet, dass ihre Offiziere als [[Terrorist]]en verurteilt wurden und die ''Voyager'' beschlagnahmt wird. Kurz darauf nähern sich zwei [[Akritirianisches Patrouillenschiff|akritirianische Schiffe]]. Chakotay übernimmt die [[Conn]] und fliegt die ''Voyager'' in eine sichere Position. Dort angekommen, bespricht er zunächst mit den Führungsoffizieren die Situation. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}})
Als ein Shuttle mit Paris und Torres von einer unbekannte Spezies angegriffen wird, nimmt er an einer anschließenden Lagebesprechung teil. Er meint, dass ein Umfliegen des Territoriums der Spezies etwa 15 Monate dauern würde. Als Janeway den Entschluss fasst das Territorium der Fremden zu durchfliegen, äußert er die Vermutung, dass diese nicht genügend Schiffe besitzt um die gesamte Grenze zu sichern. Nachdem Janeway entscheidet, das Territorium der Fremden zu durchfliegen entwickelt er gemeinsam mit Kim ein Verfahren um das Gitter zu überschreiten. Ihrer Analyse zufolge könnten sie innerhalb von vier Tagen das Territorium durchqueren. Dabei wird die ''Voyager'' jedoch angegriffen. Kurz darauf entern mehrere Mitglieder des Schwarms die Brücke. Jedoch können diese überwältigt werden. Chakotay erschießt dabei einen Eindringling persönlich. Unterdessen gelingt es Kim die fremden Schiffe an der Hülle mit einer bestimmten Phasermodulation zu zerstören. Daraufhin ziehen sich die übrigen zurück und die ''Voyager'' kann das Territorium des Schwarms wieder verlassen. ({{VOY|Der Schwarm}})
Als die Voyager auf einen Planeten mit einer Prä-Warp-Zivilisation trifft und dort die Energiesignatur eines Replikators aus dem Alpha-Quadranten registriert, geht er mit Tom Paris auf eine Außenmission um dies aufzuklären. Auf dem Planeten entdecken sie, dass zwei [[Ferengi]], [[Arridor]] und [[Kol]], sich als Götter ausgeben und die Bewohner ihrem Willen unterwerfen. Da die Föderation Gastgeber der Konferenz war, versucht man die beiden Ferengi von dem Planeten zu entfernen. Er tauscht seine Stiefel bei einem Barden gegen die Rezitation der letzten Strophe des Liedes ein und erfährt so, dass die Weisen den Planeten verlassen werden. Dies versuchen sie zu nutzen, um die Ferengi vom Planeten entfernen zu können. Neelix und die Ferengi werden dabei jedoch auf einen Scheiterhaufen gestellt und sollen geopfert werden. In dieser Not verraten die Ferengi den Standort des Dämpfungsfeldgenerators, sodass Chakotay und Paris diesen deaktivieren können. Nachdem die Ferengi entkommen sind und ihr Shuttle entwenden, versucht er den Traktorstrahl einsatzbereit zu machen. Jedoch kann er nicht verhindern, dass die Ferengi in das Wurmloch fliegen und es dabei destabilisieren, sodass die ''Voyager'' ihnen nicht folgen kann. ({{VOY|Das Wurmloch}})
