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Bei der Zerstörung eines [[Asteroid]]en, welcher die Heimatwelt der [[Nezu]] bedroht, durch die ''Voyager ''arbeitet er auf der Brücke. Als der Asteroid zerbricht, anstatt vaporisiert zu werden, erkundigt er sich nach dem Grund. Kim meldet, dass er keine Erklärung dafür hat und die Sensoren lediglich eine einfache [[Eisen]]-[[Nickel]]-Verbindung angezeigt hatten. Daraufhin lässt Chakotay Torres Proben der Bruchstücke des Asteroiden an Bord beamen und diese analysieren. Als Kim den Kontakt zum Shuttle von Tuvok und Neelix verliert, lässt er Kim die anderen Teams informieren. Er hilft Torres bei der Analyse des Asteroiden. Sie finden heraus, dass die Asteroiden künstlich gesteuert werden. Wenig später nähert sich ein [[Etanianer|etanianisches]] Raumschiff. Chakotay stellt fest, dass sie ihre Schilde so moduliert haben, dass sie als Asteroid erscheinen. Beim erfolgreichen Kampf mit dem Schiff, bedient er mit Tuvok die Taktische Station. ({{VOY|Die Asteroiden}})
Wenig später lässt Chakotay Harry Kim die Position eines binären Sterns im Computer vermerken, da er ein guter Bezugspunkt für die Navigation in diesem Sektor ist. Man trifft auf die [[Nerada|''Nerada'']], ein Raumschiff der [[Nasari]]. Nachdem Kim dieses Raumschiff beschießt, übernimmt er die [[Operationsstation|Ops]]. Wenig später meldet er, dass der Antrieb ausgefallen ist. Nachdem der Angriff abgewehrt wird, fliegt das Schiff nach Taresia. Chakotay meldet, dass sich die Nasari-Schiffe immer weiter nähern. Jedoch werden die Nasari von einem [[Taresianisches Raumschiff|taresianischen Schiff]] vertrieben. Nachdem Kim auf dem Planeten zurückbleibt, verhandelt die ''Voyager'' mit den Nasari. Diese sind bereit sie ziehen zu lassen, wenn kein Taresianer an Bord ist. Anschließend kehrt man nach [[Taresia]] zurück. Jedoch werden sämtliche Kommunikationsversuche blockiert. Chakotay und Janeway werden vom Doktor informiert, dass die taresianische DNA nicht bei Kim angeboren ist. Sie erkennen, dass Kim bei einer Außenmission mit der DNA infiziert wurde und die Taresianer versuchen, ihn dazu zu veranlassen, auf dem Planeten zu bleiben. Nachdem die ''Voyager'' das taresianische Gitter durchdrungen hat, versucht er Kim zu orten. Es gelingt ihm Kim an Bord zu beamen. Da es zu einem Kampf zwischen Taresianern und Nasari kommt, kann die ''Voyager ''entkommen. ({{VOY|Die neue Identität}}){{Alternative Zeitlinie|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] übernimmt Chakotay [[2373]] das Kommando über die ''Voyager'' und wird zu ihrem [[Captain]]. Als Kes das [[Morilogium]] durchläuft, sucht er sie auf der Krankenstation auf. Er ist erstaunt über das schnelle Fortschreiten des [[Morilogium]]s. Da der Doktor die Zustimmung der Familie hat, gestattet Chakotay Doktor van Gogh die Behandlung von Kes mit der [[Biotemporale Kammer|biotemporalen Kammer]] fortzusetzen. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}}Als man Kontakt mit einer [[Raumstation]] der [[Vostigye]] aufnehmen will, muss man feststellen, dass diese zerstört wurde. Mit Kim analysiert er die Sensordaten. Darauf aufbauend, folgt man einer Subraumspur, die das Schiff zu einem [[Astralwirbel]] führt. Als dieser erscheint, lässt er Paris einen Blitzstart vorbereiten, um den Auswirkungen entkommen zu können. Nachdem sie einen Weg gefunden haben, um Paris an Bord zu holen, übernimmt er die [[Conn]] und der Plan kann erfolgreich realisiert werden. ({{VOY|Das wirkliche Leben}})
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