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Auf der Brücke der [[USS Voyager|''Voyager'']] verlangt [[Chakotay]] einen Bericht und [[B'Elanna Torres]] meldet, dass die Schilde der Borg deaktiviert sind. Torres erfasst Janeway und Chakotay läst lässt alle Waffen bereithalten. Torres aktiviert die Energie. jedoch wird der Strahl von den Borg unterbrochen. Sie kann die Kompensation der Borg nicht überwinden. Da meldet Tuvok, dass sie gerufen werden. [[Captain]] [[Kathryn Janeway]] meldet sich aus dem [[Borg-Kubus]] und befiehlt den [[Transporter]]strahl abzustellen. Sie informiert Chakotay über ihren [[Allianz]] mit den [[Borg]]. Die Borg garantieren eine sichere Passage und dafür hilft man ihnen in der Entwicklung einer Waffe gegen die [[Spezies 8472]]. Sie arbeiten während des Flugs an der Waffe. Nachdem sie den Borg-Raum verlassen haben, werden sie die Waffe übergeben. Chakotay fragt, wie die Zusammenarbeit erfolgen soll. Sie erklärt ihm, dass sie mit [[Tuvok]] hier im Kubus arbeiten wird, da mit der Borg-Technologie die Arbeit schneller bewältigt wird. Paris bestätigt Chakotay inzwischen die Kursänderung des Kubus. Chakotay schlägt vor eine Komverbindung einzurichten, was Janeway jedoch ablehnt, da ihre Arbeit dort Teil der Vereinbarung ist. Daraufhin empfiehlt der Commander den Traktorstrahl zu deaktivieren, da sie auch ohne Leine folgen werden. Janeway will dies vorschlagen und lässt Tuvok rüberbeamen. Nachdem Janeway die Verbindung beendet hat, lässt Chakotay ihre Anordnungen ausführen.

Tuvok und Captain Janeway bekommen auf dem Kubus einen Arbeitsraum zugewiesen. Sie werden zu Gitter 92 Unterknotenpunkt 12 gebracht. Tuvok übergibt Janeway seinen Tricorder mit den Scans von dem Schiff der Fremden. Die Fremden und ihre Schiffe bestehen aus dem gleichen Material. Weil sie beim Gespräch kurz stehenbleiben, werden sie von der Borg-Drohne weitergeschoben. Als sie den Arbeitsraum erreichen, sollen sie mit der Arbeit beginnen. Janeway berichtet, dass sie eines der Schiffe analysiert haben und dieses für die modifizierten Nanosonden anfällig ist. Sie will über ein großflächiges Zuführungssystem nachdenken, um ihre Schiffe auf mikroskopischer Ebene anzugreifen. Die Borg stoßen sie zu Boden und wollen eine temporäre neurale Verbindung herzustellen. Janeway und Tuvok protestieren dagegen. Die Borg verlangen, dass sie sich fügen. Jedoch verlangt Janeway, dass die Drohne den [[Neuraler Transceiver]] entfernen soll. Als Alternative verlangt sie einen einzelnen Borg mit dem sie kommunizieren. Dies halten die Borg für umständlich, doch Janeway argumentiert, dass dies bereits bei der Transformation von [[Jean-Luc Picard]] in [[Locutus]] geschahngeschah. Da sich die beiden weigern über einen [[Neurotransceiver]] zu [[Kommunikation|kommunizieren]] wählen die Borg eine Sprecherin: [[Seven of Nine]], tertiäres Attribut von [[Unimatrix 01]]. Sie tritt aus ihrem Alkoven und sagt, dass sie für die Borg spricht..

[[Datei:Frachtraum_der_Borg.jpg|thumb|Die Borg nehmen den Frachtraum ein.]]Seven registriert den Angriff ebenfalls und informiert Janeway. Die Fremden aktivieren die Waffen und feuern auf die ''Voyager'', sodass Schilde, Waffen und Transporter ausfallen. Das Borg-Schiff, welches die ''Voyager'' eskortiert, wird von Spezies 8472 angegriffen. Der Kubus feuert aus allen Rohren, was jedoch keinen Effekt hat. Tuvok erkennt, dass die ''Voyager'' schwer beschdigt beschädigt wurde. Seven meint, dass sie einen Verlust der Nanosonden nicht riskieren können. Um die ''Voyager'' zu schützen, opfern die Borg das Schiff und rammen das Bioschiff. Durch den letzten Treffer kommt es jedoch auf dem Kubus zu einer Explosion, sodass Janeway verletzt wird. Paris meldet, dass der Kubus und das Bioschiff zerstört wurde. Ein Borg-Trupp wird an Bord der ''Voyager'' [[beamen|gebeamt]], die einen [[Frachtraum]] assimilieren. Captain Janeway und Tuvok sind ebenfalls wieder da, wie Tuvok der Brücke noch melden kann, ehe er bewusstlos wird. Chakotay lässt das Deck sichern und schickt ein Sicherheitsteam nach Frachtraum 2. Mit diesem geht er hinein und stellt fest, dass er von den Borg assimiliert wurde. Sie finden auch Janeway und Tuvok, bewusstlos am Boden liegend vor. Während ein Sanitäter sich um sie kümmert, sehen sie sich weiter um und treffen auf Seven of Nine. Sie verlangt von Chakotay ihre Waffen zu senken. Anschließend behauptet sie, dass sie sich mit Erlaubnis von Captain Janeway hier aufhalten und es erforderlich war ihr Schiff zu opfern, um die ''Voyager'' zu schützen. Sie versichert auch, dass ihre Allianz noch besteht.

[[Datei:Chakotay_kündigt_die_Allianz.jpg|thumb|Chakotay kündigt die Allianz.]]Auf der Krankenstation informiert Chakotay Tuvok über die Situation. Die Borg haben Frachtraum 2 assimiliert und sind auf diesen beschränkt. Weiter vorgedrungen sind sie nicht. Sie ziehen allerdings Energie von den sekundären Energiekopplungen ab. Chakotay berichtet Tuvok, dass er die Decks 9 bis 13 versiegelt hat und Sicherheitskräfte postiert hat. Tuvok rät die Sicherheit auch um die Krankenstation herum, zu erhöhen. Chakotay veranlasst auch dies. Tuvok erkundigt sich bei Kes nach ihrem Zustand und sie meint, dass es ihr gut gehe und die Visionen im Moment aufgehört haben. Der Doktor berichtet Chakotay, dass er die Verbennungen Verbrennungen im Brustbereich von Janeway behandeln kann. Ihre inneren Blutungen sind gestillt, jedoch erfordert die Behandlung ihrer Nerven wird schwierig. Tuvok erklärt, dass kurz vor dem Beamen ein Torpedo in unmittelbarer Nähe einschlug. Laut dem Doktor wurden dadurch ihre neuroelektrischen Bahnen durch die Sprengladung der Fremden unterbrochen. Er versetzt sie daher ins Koma, zum Schutz der Gehirnfunktionen. Wenn es ihm nicht gelingt, den Schaden zu reparieren, erlangt sie das Bewusstsein nie zurück. Chakotay verlangt von Tuvok alle 20 Minuten einen taktischen Bericht. Nachdem Tuvok gegangen ist, meint der Doktor, dass der Captain ihn sprehcen will. Chakotay geht zu Janeway, die ihm das Kommando übergibt und ihn anweist, sich von den Borg nicht bedrängen oder bedrohen zu lassen, da die Allianz für diese erforderlich ist. Sie möchte, dass er die Mission erfolgreich abschließt und die Crew in die Heimat führt. Dann beginnt der Doktor mit der Behandlung.

Chakotay sichert mit einem Sicherheitsteam den Frachtraum, wo die Borg beginnen zu arbeiten. Einige der Drohnen regenerieren sich in Alkoven und Seven of Nine tritt aus ihrem heraus. Sie fragt nach Captain Janeway, da sie mit ihr etwas zu besprechen habe. Chakotay informiert sie, dass sich Captain Janeway auf der medizinischen Station erholt. Seven of Nine meint, dass sich die Situation geändert hat und ihre Vereinbarung nach der Zerstörung des Kubus modifiziert werden muss. Chakotay meint, dass er darüber bereits nachgedacht hat und gestattet ihnen daher den Aufenthalt an Bord und sie arbeiten gemeinsam an der Waffe. Nachdem sie den Borgraum verlassen haben, will er ihnen die Waffe übergeben und sie dann verabschieden. Seven hält dies für ineffektiv und meint, dass der Krieg nach ihren letzten taktischen Projektionen dann verloren sein wird. Seven verlangt zu einem Borgschiff zurückzukehren das 40 [[Lichtjahr]]e in der falschen Richtung liegt. Da sie damit einen Fünf-Tage-Flug in die falsche Richtung machen würden, erklärt Chakotay, dass sie aus dem Borg-Raum herausfliegen und nicht tiefer hineinfliegen wollen. Chakotay meint, dass idies dies zu gefährlich ist. Seven erwidert, dass es auch gefährlich ist, ihre Forderungen abzulehnen. Chakotay will daher darüber nachdenken.

Chakotay besucht Captain Janeway auf der KrankenkstationKrankenstation, diese ist noch bewusstlos. Er spricht mit ihr und versucht ihr zu erklären, warum er ihre Befehle nicht ausführen kann. Er meint, dass er seine Entscheidung getroffen hat und erklärt ihr, dass sie mehr als ein Captain und auch seine Freundin ist. Er hofft, dass sie ihn verstehen wird.

Mehrere Schiffe von Spezies 8472 dringen unterdessen in Matrix 010 in Gitter 19 ein und vernichten acht Planeten, 312 Schiffe kampfunfähig gemacht und 4 Millionen 623 Borg werden getötet. Daher erhält Seven of Nine den Befehl, die Kontrolle über die ''Voyager'' zu erlangen und sie in den Raum der Fremden zu bringen. Daher kriecht sie in eine JefferiesröhreJefferies-Röhre.

Auf der Brücke entdeckt Paris inzwischen einen [[Klasse H|Klasse-H]]-[[Mond]] mit einer [[Sauerstoff]]-[[Argon]]-Atmosphäre. Chakotay lässt das Schiff unter Warp gehen und in einen Orbit zu fliegen. Die [[Brücke]] registriert die Manipulationsversuche an der Deflektorphalanx und Chakotay erkundigt sich nach der Ursache. Kim erkennt, dass die Borg versuchen die Emitter neu auszurochtenauszurichten. [[Commander]] Chakotay lässt Gegenmaßnahmen einleiten. Nachdem Kim dies nicht unterbinden kann, da die Sicherheitsprotokolle überbrückt wurden, emittieren sie einen resonanten Gravitonstrahl, der eine weitere Singularität erzeugt. Paris setzt Gegenkurs, doch kann das Schiff nicht befreien. Chakotay warnt die Borg noch einmal und lässt dann die Schotts zum freien [[Weltraum|Raum]] öffnen. Bei der [[Dekompression]] werden die Borg in den Raum hinausgeschleudert. Nur Seven of Nine gelingt es, sich in dem Wartungsschacht festzuhalten und kann sich retten. Tuvok registriert dies. Per Deflektor öffnet sie eine [[interdimensionaler Spalt]] im Raum, der die ''Voyager'' in den sogenannten [[Fluider Raum|Fluiden Raum]] führt, dem Lebensraum von Spezies 8472. Nachdem sie zum Stillstand gekommen sind, verlangt Chakotay einen Bericht. Sie befinden sich nicht mehr in der Galaxie, ohne Sterne und Planeten. Torres rekalibriert die Sensoren und stellt fest, dass die ganze Region mit einer organischen Flüssigkeit gefüllt ist. Seven ruft Chakotay und informiert ihn, dass sie in die Sphäre von Spezies 8472 eingedrungen sind und lässt ihn in den Frachtraum kommen. Paris stellt den Druck in Frachtraum 2 wieder her und Chakotay begibt sich mit Tuvok dorthin.

[[Datei:Seven_of_Nine_plant_Assimilierung.jpg|thumb|Seven of Nine plant Assimilierung.]]

Während sich Chakotay rasch erholt, verbleibt Seven of Nine noch auf der [[Krankenstation]]. Da ihr neuraler [[Transceiver]] zerstört wurde, wurde sie dauerhaft vom [[Kollektiv]] getrennt. Sie stabilisiert sich und ihre menschlichen Zellen beginnen sich zu regenerieren. Janeway fragt sich, was unter der Borgtechnologie noch vorhanden ist. Captain Janeway beschließt daraufhin, sie an Bord zu behalten und ihre Menschwerdung zu unterstützen. Chakotay meint, dass sie in jungen Jahren assimiliert wurde und nichts als das Kollektiv kennt. Captain Janeway und Chakotay sprechen sich auf dem Holodeck aus und beschließen auch weiterhin gut zusammen zu arbeiten. Das, was geschehen ist, wollen sie beide vergessen. Er berichtet ihr auch, dass sie mindestens zwei Wochen brauchen, um die Borgtechnologie zu entfernen. Torres hat allerings allerdings angemerkt, dass die Energiesysteme auf Deck 8 mit den Borgmodifikationen besser funktionieren. Daher sollen sie es so lassen. Dann kehren sie auf ihre Brücke zurück.