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Im Anschluss an diese Verhandlungen kommt es zu einem Pakt mit dem Dominion und schließlich zum [[Cardassias Anschluss an das Dominion|Anschluss]]. Cardassia gehört nun zum Dominion, dessen Hauptquartier im Alpha-Quadranten wird auf Cardassia Prime eingerichtet. Später werden von dieser Zentrale aus sämtliche Operationen des Dominion zur geplanten Eroberung des Alpha-Quadranten befohlen und koordiniert.
Verhilft die Allianz mit dem Dominion dem cardassianischen Militär anfangs zurück zu seiner angestammten Rolle innerhalb der Cardassianischen Union und letzterer zum Zenit ihrer Macht im Alpha-Quadranten, treten schon bald, nach der Eroberung der Raumstation [[Deep Space Nine9]] durch das Dominion, erste Spannungen zwischen Mitgliedern des cardassianischen Militärs und Jem´Hadar zu Tage.
Diese Spannungen zwischen den ungleichen Partnern verstärken sich immer mehr im Kriegsverlauf. Sind sie anfangs nur beim Personal auf den unteren Hierarchieebenen sichtbar, kommt es aber schon bald immer öfter zu Meinungsverschiedenheiten auch auf den höchsten Kommandoebenen bezüglich der richtigen Strategie im Krieg gegen die Föderationsallianz.
