Diese Spannungen zwischen den ungleichen Partnern verstärken sich immer mehr im Kriegsverlauf. Sind sie anfangs nur beim Personal auf den unteren Hierarchieebenen sichtbar, kommt es aber schon bald immer öfter zu Meinungsverschiedenheiten auch auf den höchsten Kommandoebenen bezüglich der richtigen Strategie im Krieg gegen die Föderationsallianz.

Spätestens nach dem Kriegseintritt der [[Breen]] aber auf Seiten des Dominions wird den Cardassianern klar, dass sie nunmehr zu einer Marionette des Dominion geworden sind und ihre Rolle als gleichberechtigter Partner von den Breen übernommen worden ist. Die Cardassianer sind auf [[Cardassia Prime]] nicht länger Herr im eigenen Hause, was den amtierenden Oberbefehlshaber [[Legat]] [[Damar]] dazu veranlasst, noch in seiner Position als Legat eine Reihe von [[Sabotage]]aktionen gegen das Dominion zu initiieren und so eine [[Cardassianische Rebellion|Rebellion]] zu beginnen. Diese zu Beginn eher dilettantischen Aktionen gegen Einrichtungen des Dominion - wenngleich sie eine verheerende Wirkung gehabt haben mögen - entwickeln sich in der Endphase des Dominion-Krieges, auch dank der Unterstützung der ehemaligen [[Bajoranischer Widerstand|bajoranischen Widerstandskämpferin]] [[Kira Nerys]], in eine echte Widerstansbewegung , der es gelingt, das Dominion von innen heraus mehrere Male empfindlich zu treffen ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}}).