Bei der Erforschung eines [[Einzelgänger]]s, trifft man auf eine Gruppe von Jägern der [[Eska]] und begleitet diese auf der Jagd. Dabei wird einer der Jäger verletzt und muss von Phlox auf der Krankenstation behandelt werden. Dieser stellt dabei fest, dass die [[Phantom (Geist von Dakala)|Phantome]], die die Eska jagen, eine intelligente Lebensform sind. Auf Archers Befehl entwickelt er ein Mittel, durch dass das die Phantome für die Scanner der Eska unsichtbar werden. ({{ENT|Gesetze der Jagd}})

Einige Zeit später findet Tucker ein altes Artefakt auf einem Mond und T'Pol untersucht dieses Artefakt. Plötzlich beginnt ein Gas zu entweichen und die gesamte Crew, darunter auch Phlox , verliert ihr Bewusstsein. Das Gerät ist in Wirklichkeit eine Falle der [[Ferengi]], welche die ''Enterprise'' ausrauben wollen. Diese, angeführt von [[Ulis]], beginnen mit der Plünderung des Schiffes. Doch mit Hilfe von Tucker, welcher sich zu dieser Zeit in der Dekontaminationskammer befindet, gelingt es diesem zusammen mit Captain Archer und T'Pol die Ferengi von Bord der ''Enterprise'' zu vertreiben. ({{ENT|Raumpiraten}})

Nachdem eine unbekannte Lebensform in das Schiff eindringt und im Frachtraum mehrere Crewmitglieder mit Tentakeln einfängt, untersucht Phlox ein Stück dieser Lebensform. Dabei sucht er mit Reed nach einem Weg, das Wesen zur Freilassung ihrer Crewman Crewmen zu bewegen und wehrt sich gegen die Absicht Reeds , das Wesen zu foltern. Nachdem man eine Kommunikation mit dem Wesen erreichen kann, erreicht man die Freilassung der Gefangenen und bringt das Wesen zu seiner Heimatwelt. Dort wird es freigelassen und verbindet sich wieder mit einem großen Organismus, der die ganze Oberfläche des Planeten bedeckt. ({{ENT|Vox Sola}})

Man transportiert die Botschafterin [[V'Lar]] von [[Mazar]] zum vulkanischen Schiff ''[[Sh'Raan]]'', da diese von Mazar ausgewiesen wurde. Tatsächlich hat sie jedoch bei Ermittlungen gegen [[Korruption]] geholfen und soll so, vor ihren Feinden bis zum Prozess in Sicherheit gebracht werden. Nachdem drei mazarische Schiffe die ''Enterprise'' zum Stoppen zwingen, spielen sie den Mazariten vor, dass sich V'Lar in der Scannerkammer auf der Krankenstation befinde. Drei Mazariten betreten daraufhin die ''Enterprise'' und wollen V'Lar töten. Phlox schreit sie an, es nicht zu tun, kann jedoch nicht verhindern, dass die Mazariten auf die Scannerkammer feuern. Inzwischen ist jedoch die ''Sh'Raan'' eingetroffen und hat die mazaritischen Schiffe kampfunfähig gemacht. Anschließend zeigt sich V'Lar den Männern und offenbart ihnen, dass sie diesen ANgriff Angriff ihrer Aussage hinzufügen wird. ({{ENT|Gefallene Heldin}})

Nun ist es Zeit für den Doktor seinen jährlichen [[Winterschlaf]] zu halten. Er ist der Meinung, dass ihm zwei Tage genügen, obwohl der Winterschlaf der Denobulaner normalerweise 6 Tage dauert. Solange übernimmt Crewman [[Elizabeth Cutler|Cutler]] die Krankenstation. Doch schon nach kurzer Zeit bittet Travis Mayweather an Bord zurückgebracht zu werden. Er hat sich beim Freeclimbing auf Risa ein Bein gebrochen und die einheimischen Ärzte haben keine Erfahrung mit der Behandlung von Menschen. Cutler diagnostiziert außerdem, dass Travis allergisch auf das Schmerzmittel reagiert, das ihm auf dem Planeten gegeben wurde. Sie ist damit überfordert, also beschließt sie den Doktor frühzeitig aufzuwecken, auch wenn sie es nicht für richtig hält. Zusammen mit T'Pol begibt sie sich zum Quartier des Arztes und verabreicht ihm das Hypospray, das ihn weckt. Phlox ist zunächst sehr desorientiert und will am liebsten weiterschlafen, doch er kann überzeugt werden , mit auf die Krankenstation zu kommen. Dort ergeht es ihm nicht viel besser, er hält fast jeden einmal für den Captain, und T'Pol will ihn schon in sein Quartier bringen. Er aber will nun doch bleiben und arbeitet weiter. Schließlich kann er den Stoff, gegen den Travis allergisch ist, isolieren und bittet Cutler um die Blutegel, welche den Schadstoff aus dem Blut des Ensign filtern werden. Als sich Cutler wieder umdreht, um zu fragen, in welcher Dose sich die Tiere befinden, liegt Phlox schon bäuchlings auf einem der Biobetten und ist eingeschlafen. ({{ENT|Zwei Tage auf Risa}})

Als ein Außenteam von einer Mission auf einem Präwarpplaneten zurückkehrt, untersucht er dieses und stellt fest, dass sie keinerlei Viren oder Bakterien mitgebracht haben. Nachdem sich bei einem Test der Tarnvorrichtung des sulibanischen Zellenschiffes Tucker verletzt, untersucht Phlox ihn. Er stellt fest, dass die Auswirkung, ein getarnter Arm von Tucker , nicht schwerwiegend sei und sich von selbst regenerieren würde. Als Tucker ihn wenig später erneut aufsucht, meint er, dass er mit dem Heilungsverlauf zufrieden ist und sich die letzten Auswirkungen, ein kleines getarntes "Loch" in seiner Hand, bald von selbst geben würde. ({{ENT|Der Kommunikator}})

Als die ''Enterprise'' ein schwarzes Loch passiert, beginnt die gesamte Crew, außer T'Pol , sich seltsam zu verhalten. Die Crew kümmert sich nur noch um belanglose Dinge. So will Phlox, als Travis Mayweather ihn mit leichten Kopfschmerzen aufsucht, eine intensive Untersuchung des Ensigns vornehmen. Als es dem Steuermann schließlich zu viel wird, und er in sein Quartier gehen will, um sich zu duschen und umzuziehen, bevor sein Dienst beginnt, hält Phlox ihn zurück und betäubt Mayweather schließlich, um seine Untersuchung fortzusetzen. Als er gerade mit einer Operation beginnen will, um die ersten zwölf Millimeter von Maywathers Mayweathers Scheitellappen zu extrahieren, betritt T'Pol die Krankenstation und betäubt ihn mit dem vulkanischen Nackengriff. Nachdem es T'Pol und Archer gelingt , die Enterprise aus dem schwarzen Loch herauszufliegen, kommt die Crew wieder zu sich und Phlox kümmert sich um einige verletzte Crewmitglieder. Gegenüber T'Pol äußert er sich zufrieden, dass sie ihn an dem Eingriff bei Mayweather gehindert hatte. ({{ENT|Eigenarten}})

Nachdem der Fremde gestoppt wurde, kann der Arzt nichts mehr für ihn tun , und er stirbt. ({{ENT|Der Vorbote}})