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Kurz darauf werden O'Brien und Bashir von den [[T'Lani]] und [[Kelleruner]]n gebeten, bei der Vernichtung einer [[biologische Waffe|biologischen Waffe]], genannt [[Harvester]], zu helfen. Nach einer Woche harter Arbeit gelingt es den Wissenschaftlern diese Waffe zu vernichten. Nachdem die Harvester fast vollständig vernichtet worden ist, werden die Forscher angegriffen und getötet. Als Bashir angegriffen wird, rettet O'Brien ihm das Leben. Alle Forscher kommen ums Leben und die Angreifer ziehen sich zurück. Doch da die beiden nicht auf ihr Runabout zurück beamen können, beamen sie auf den Planeten [[T'Lani III]], um sich dort in Sicherheit zu bringen. Die Botschafter der T'Lani und der Kelleruner erklären die beide Offiziere für tot und übermitteln dies Commander Sisko. Sisko will darauf eine [[Gedenkfeier]] für die beiden veranstalten. Zur selben Zeit versucht O'Brien auf der Planetenoberfläche Kontakt mit der Station herzustellen, allerdings stört ihn Bashir dabei. Darauf bittet O'Brien Bashir ihn erst einmal in Ruhe zu lassen. Wenig später fühlt sich O'Brien erschöpft und matt. Bashir stellt darauf fest, dass sich O'Brien mit der Harvester infiziert hat und daran zu sterben droht. Bashir tut alles um seinen Freund zu retten und versucht eine Nachricht nach Deep Space 9 zu schicken, in der Hoffnung, dass beide gerettet werden. Auf Deep Space 9 erkennt Keiko O'Brien, dass es sich bei der Aufzeichnung um eine Fälschung handelt, da sich ihr Mann anders verhält als üblich. Sisko geht dem Verdacht von Keiko O'Brien nach und fliegt mit einem Runabout zu dem Planeten T'Lani III. Auf der Oberfläche geht es O'Brien immer schlechter, doch plötzlich tauchen die Botschafter beider Völker auf. Bashir glaubt an die Rettung, doch die Botschafter erklären, dass die beiden getötet werden müssen, da die beiden über die Harvester Bescheid wissen. Als die beiden erschossen werden sollen, werden O'Brien und Bashir von Sisko auf das Runabout gebeamt. Die T'Lani und die Kelleruner greifen das Runabout zwar an, aber Sisko kann mit einer List entkommen. Auf Deep Space 9 kann Bashir O'Brien behandeln und rettet ihm somit das Leben. Nach diesen Ereignissen bemerken die beiden, dass dieses Erlebnis sie zusammengeschweißt hat und sie nun Freunde geworden sind. ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})

Während einer Mission wird O'Brien durch einen [[Replikant]]en von [[Parada II]] ersetzt. Dieser O'Brien weiß aber nicht, dass er ein Replikant ist und später als Attentäter fungieren soll. Dem falschen O'Brien fällt inzwischen auf, dass sich alle seltsam benehmen. O'Brien glaubt an eine Verschwörung und flieht von der Station zurück nach Parada II, um dort die Wahrheit herauszufinden. Sisko verfolgt O'Brien in einem Runabout. Auf Parada II gelingt es den Offizieren den richtigen O'Brien ausfindig zu machen und zu befreien. Allerdings kommt dabei der Replikant ums Leben. ({{DS9|O'Briens Identität}})