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[[Biogene Waffe|Biogene Waffen]] stellen eine besondere Form von [[Waffe]]n dar, da sie hauptsächlich darauf zielen, lebende Organismen, wie beispielsweise [[Humanoid]]e anzugreifen und zu eliminieren.
Durch diese Tatsache sind sie vollkommen ungeeignet, um gegen [[Raumschiff|Schiffe]] oder die Infrastruktur eines bewohnten [[Planet]]en eingesetzt zu werden, da sie bei leblosen Objekten keinerlei Wirkung erzielen. Die biogenen Waffen, die sich im Besitz des [[Maquis]] befinden, müssen unter besonders kalten [[Temperatur|Umgebungstemperaturen]] gelagert werden. Zu den biogenen Waffen gehören gehört unter anderem das [[Trilithium]]harz, das absolut tödlich für [[Mensch]]en ist. ({{DS9|Für die Uniform}}; {{TNG|In der Hand von Terroristen}})
Eine von mehreren Methoden, die die [[Xindi]] entwickelt haben, um die Bevölkerung der [[Erde]] auszulöschen, ist eine besondere [[Xindi-Biowaffe|Biowaffe]]. Diese wird anschließend von mehreren [[Xindi-Reptilianer|Reptilianern]] auf die Erde des Jahres [[2004]] gebracht. Allerdings nimmt [[Captain]] [[Jonathan Archer|Archer]] die Verfolgung auf und durchkreuzt erfolgreich die Pläne der Xindi. ({{ENT|Carpenter Street}})
Die [[Augment]]s um [[Malik]] [[Diebstahl|stehlen]] [[2154]] mehrer Kanister mit [[Liste von Krankheiten|Krankheitserregern]] von [[Cold Station 12]]. Malik plant sie später als Waffe gegen die [[Klingone|klingonische]] [[Qu'Vat-Kolonie]] einzusetzen, was Millionen Tote fordern und einen Krieg zwischen den Menschen und Klingonen provozieren könnte. Die [[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'']] kann dies verhindern. ({{ENT|Cold Station 12|Die Augments}})
Als [[Commander]] [[Jonathan Archer (Spiegeluniversum)|Jonathan Archer]] im [[Spiegeluniversum]] [[2155]] davon träumt, welche fantastischen Technologien an Bord der [[USS Defiant (NCC-1764)|USS ''Defiant'']] aus der Zukunft zu finden wären , denkt er auch an fortschrittliche Biowaffen. ({{ENT|Die dunkle Seite des Spiegels, Teil I}})
Die [[Tarellianer]] setzen in einem schrecklichen Krieg biologische Waffen ein, die schließlich nahezu alle Angehörigen der [[Spezies]] vernichten. Die Überlebenden sind mit der [[Seuche]] infiziert und werden deswegen im ganzen Quadranten [[Jagd|gejagt]] und getötet, um eine weitere Ausbreitung der Krankheit zu verhindern. Die letzten Überlebenden treffen sich schließlich [[2364]] mit der [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise''-D]], von der aus [[Wyatt Miller]] zu ihnen wechselt, um ein Heilmittel zu finden. ({{TNG|Die Frau seiner Träume}})
[[2373]] findet auf [[Deep Space 9]] ein geheimes Treffen zwischen den beiden Waffenhändlern [[Hagath]] und [[Gaila (Ferengi)|Gaila]] statt. Dabei arrangiert [[Quark]], dass er eine bestimmte Menge von [[Varaxian LM-Sieben]] beschafft. Diese stellt eine wirkungsvolle und zugleich [[experiment]]elle biogene Waffe dar, die in der Lage ist, innerhalb nur einer Woche mehrere Millionen Personen eliminieren zu können. ({{DS9|Kriegsgeschäfte}})
Im selben Jahr setzt Captain [[Benjamin Lafayette Sisko|Benjamin Sisko]] Trilithiumharz gegen einen [[Planet]]en des [[Maquis]] ein , um den Maquis-Führer [[Michael Eddington]] unter Druck zu setzen. Obwohl diese Waffen und ihr Einsatz von der [[Föderation]] verboten sind, gibt es nie einen Hinweis darauf, dass Captain Sisko für den Einsatz zur Rechenschaft gezogen wird. ({{DS9|Für die Uniform}})
Auch vom [[Dominion]] ist offiziell bekannt, dass sie biogene Waffen gegen ihre Feinde einsetzen. Ein grausames Beispiel stellen die [[Teplaner]] dar. Als sie sich weigern, ein neues Mitglied des Dominion zu werden, kommen die [[Jem'Hadar]] und infizieren die gesamte Bevölkerung mit einer biogenen Waffe namens [[Quickening]]. ({{DS9|Hoffnung|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})