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Nachdem man eine beschädigte künstliche Intelligenz auf einem Planeten entdeckt hat, wird diese an Bord gebeamt um sie zu reparieren. Im Maschinenraum informiert sie mit Kim Janeway und den Doktor darüber, dass die künstliche Intelligenz unter einer technischen Form von Amnesie leidet, da ihr Speicherkern beschädigt ist. Außerdem vermutet sie, dass es sich bei der KI um eine Sonde oder Kommunikationsvorrichtung handelt. Bei der weiteren Untersuchung stellt sich heraus, dass es sich bei dem Gerät um eine Massenvernichtungswaffe handelt. Nach einer Beratung der Führungsoffiziere, entscheidet sich Janeway den Vorschlag des Doktors durchzuführen und die Sprengladung der Sonde zu deaktivieren. Bei dieser Operation sollen Torres und Kim dem Doktor assistieren. Da die Sonde jedoch nicht deaktiviert werden möchte, macht sie sich scharf, sodass Torres sie mit einem EM-Impuls kurzschließen will. So gelingt es zwar die Sonde zu deaktivieren, jedoch übernimmt die KI der Sonde daraufhin die Holomatrix des Doktors. Außerdem schließt sie Kim und Torres auf der Krankenstation ein. Die beiden Offiziere versuchen anschließend der KI ihre Handlungsweise zu erklären. Sie versuchen auch die KI zu deaktivieren. Als Kim sich Vorwürfe macht, weil er die Waffe an Bord beamte, versucht sie ihn wieder aufzurichten. Sie plant unterdessen den Doktor zu deaktivieren, während Kim versucht mit ihm zu verhandeln. Sie stellen die Gedächtnisengramme der Waffe wieder her und erkennen, dass sie den Befehl zur Landung erhalten hat. Sie versuchen die KI zu überzeugen, die Daten anzusehen. Zwar gelingt es Seven of Nine unter einem Vorwand auf die Krankenstation zu gelangen, jedoch wird sie beim Versuch die Waffe zu assimilieren schwer verletzt. Nachdem die KI erkennt, dass der Abbruchbefehl korrekt ist, will die KI die anderen Massenvernichtungswaffen zerstören. Torres und Kim helfen ihr bei den Vorbereitungen und ermöglichen so die Rettung eines Planeten. ({{VOY|Geheimnisvolle Intelligenz}})
[[Datei: Tuvok und Torres versuchen die Flucht der Equinox zu verhindern.jpg|thumb|left|Torres und Tuvok veruschen versuchen die Flucht der ''Equinox'' zu verhindern.]]
Weil man einen Notruf von dem Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']] erhält, setzt die USS ''Voyager'' einen Abfangkurs. Als man das andere Schiff erreicht, scannt Tuvok dieses und stellt fest, dass es schwere Schäden erlitten hat. Torres erkennt, dass die Schilde des Schiffs von Energiestößen förmlich durchbrochen werden. Nachdem man die Schilde um das Schiff ausgedehnt und so vorerst gerettet hat, begibt sich Chakotay mit einem Außenteam an Bord. Torres versucht im Maschinenraum des Schiffs, die Hauptenergie wiederherzustellen. Dabei entdeckt sie einen Injektorverteiler und eine völlig umgebaute Dilithiummatrix. Da Torres deren Funktionsweise nicht völlig versteht, meint Chakotay, dass einer der Ingenieure ihr helfen könnte. Inzwischen soll sie den Kern überbrücken. Nach der Trauerfeier für die Opfer der ''Equinox'', trifft sie Maxwell Burke wieder, mit dem sie auf der Akademie liiert war. Paris reagiert eifersüchtig auf Burke, wird jedoch von Torres beruhigt. Später erwischt sie Burke im Maschinenraum, der unerlaubt eine Kommandostation benutzt. Sie kommen ins Gespräch über alte Zeiten und Burke beginnt zu flirten, da er noch versucht Daten herunterzuladen. So bemerkt Torres dies nicht, als sie ihm klar macht, dass ihre Beziehung vor langer Zeit beendet war. Anschließend verlässt Burke den Maschinenraum. Später arbeitet sie mit Tuvok an der Einrichtung eines Sicherheitsgitters, um die Angriffe der fremden Wesen abzuwehren. Nach einiger Zeit gelingt es ihnen das Gitter zu aktivieren. Nachdem jedoch die Crew der ''Equinox'' vom Schiff flieht und den Feldgenerator der ''Voyager ''stiehlt, was Torres nicht verhindern kann, bricht das Gitter zusammen und die Wesen greifen das Schiff an. ({{VOY|Equinox, Teil I}})
Als das Schiff auf eine Neutronenwellenfront trifft, bespricht sie mit den anderen Führungsoffizieren die Situation im astrometrischen Labor. Sie berichtet, dass die Wellenfront bereits das Warpfeld unterbricht und sie daher nicht auf Warp gehen können. Mithilfe eines umgekehrten Warpfeldes, welches als "Anker" fungiert, gelingt es Torres das Schiff in der Wellenfront zu stabilisieren. Kurz bevor man die Wellenfront verlässt, verstärkt sich die Wellenfront jedoch drastisch und der "Anker" geht verloren. Es gelingt jedoch die ''Voyager'' aus der Wellenfront herauszufliegen. ({{VOY|Fair Haven}})
[[Datei: Torres und Janeway versuchen den Doktor hochzubeamen.jpg|thumb|Torres und Janeway veruschen versuchen den Doktor hochzubeamen|left]]
Wenig später trifft man auf einen Planeten, auf dem die Zeit schnell vergeht und wird in dessen Orbit gefangen. Gemeinsam mit Chakotay startet sie im Maschinenraum eine Sonde, um Aufnahmen vom Planeten zu machen. Sie erkennen dabei, dass der Planet die Industrialisierung durchläuft. Nachdem die Sonde nach 200-jähriger Arbeit beginnt auszufallen, leitet Torres die Selbstzerstörung ein. Später bespricht sie mit den anderen Führungsoffizieren das Vorgehen, nachdem man eine Funknachricht von dem Planeten empfängt. Man entschließt sich den Doktor kurz auf den Planeten zu beamen, um Daten zu sammeln. Dazu modifiziert sie das Programm des Doktors so, dass er sein Aussehen nach dem Beamen anpassen kann. Da der Rücktransport nicht wie geplant gelingt, beginnt sie nach dem Doktor zu scannen. Mithilfe von Kim und Seven of Nine kann sie den Doktor erfassen und das MHN nach drei Jahren zurückbeamen. Dieser bringt umfangreiche meteorologische Daten mit, die Torres daraufhin analysiert. ({{VOY|Es geschah in einem Augenblick}})
[[Datei: Seven und Torres reparieren das Programm des Doktors.jpg|thumb|left|Torres repariert mit Seven das Programm des Doktors]]
Wenig später arbeitet sie mit Vorik, um eine Fehlfunktion zu beheben. Sie wird dabei von Tom Paris unterbrochen, der ihre Hilfe braucht, um eine defekte Deflektorphalanx an einem Shuttle zu reparieren. Als sie das Shuttle betritt, serviert Paris ihr das Mittagessen, das sie vergessen hatte. Sie muss allerdings wieder an die Arbeit gehen. Im Maschinenraum verlangt der Doktor, der die Gestalt von Captain Janeway angenommen hat, von ihr, den Traktorstrahl des ''Delta Flyers'' so zu modifizieren, dass dieser einen Warpkern erfassen kann. Torres ist über diesen befehl verwundert und informiert darüber umgehend Chakotay. Später wird sie vom Doktor mit Janeways Stimme in deren Quartier gerufen, damit dieser in den Maschinenraum eindringen kann. Nachdem die Machenschaften des Doktors von Tuvok entdeckt werden, verfolgt dieser das MHN aufs Holodeck, wo der Doktor Kopien von sich selbst erschaffen hat. Tuvok verlangt daraufhin von Torres, dass sie die Holodeckkontrollen deaktivieren soll, was sie jedoch nicht sofort tun kann. Bald darauf dringtt der Doktor in Gestat Gestalt Chakotays in den Maschinenraum ein und behauptet ein kernbruch stehe kurz bevor. Torres evakuiert daraufhin den Maschinenraum, als sie von Paris über Interkom informiert wird, dass sich der Doktor in ihrer Sektion befinde. Ehe sie zu einem Phaser gelangen kann, schließt der Doktor sie mit einem Kraftfeld ein und stößt den Warpkern aus. Wenig später kann sie die Energie wiederherstellen. Dabei entdeckt sie eine Botschaft des Doktors, der so die Befreiung von sich und Janeway ermöglicht. Anschließend repariert sie das Programm des Doktors, dem 1000 [[Teraquad]] Daten eingegeben wurden. ({{VOY|Renaissancemensch}})
Nachdem ein Shuttle mit Admiral Janeway aus der Zukunft eingetroffen ist, modifiziert Torres die Verteidigungssysteme des Schiffs und installiert eine ablative Hüllenpanzerung, welche aus der Zukunft stammt. Mithilfe dieser Technologien dringt die ''Voyager'' in einen Nebel ein, um einen Transwarpkanal der Borg zu erreichen. Wenig später setzen bei ihr die Wehen ein und sie begibt sich auf die Krankenstation. Dort stellt der Doktor fest, dass es sich um reale Wehen handelt, die Geburt bei Klingonen aber Tage dauern kann. Als er Torres Entsetzen bemerkt, antwortet er, dass dies hier sicher nicht der Fall ist. ({{VOY|Endspiel, Teil I}})