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Nachdem man eine beschädigte künstliche Intelligenz auf einem Planeten entdeckt hat, wird diese an Bord gebeamt um sie zu reparieren. Im Maschinenraum informiert sie mit Kim Janeway und den Doktor darüber, dass die künstliche Intelligenz unter einer technischen Form von Amnesie leidet, da ihr Speicherkern beschädigt ist. Außerdem vermutet sie, dass es sich bei der KI um eine Sonde oder Kommunikationsvorrichtung handelt. Bei der weiteren Untersuchung stellt sich heraus, dass es sich bei dem Gerät um eine Massenvernichtungswaffe handelt. Nach einer Beratung der Führungsoffiziere, entscheidet sich Janeway den Vorschlag des Doktors durchzuführen und die Sprengladung der Sonde zu deaktivieren. Bei dieser Operation sollen Torres und Kim dem Doktor assistieren. Da die Sonde jedoch nicht deaktiviert werden möchte, macht sie sich scharf, sodass Torres sie mit einem EM-Impuls kurzschließen will. So gelingt es zwar die Sonde zu deaktivieren, jedoch übernimmt die KI der Sonde daraufhin die Holomatrix des Doktors. Außerdem schließt sie Kim und Torres auf der Krankenstation ein. Die beiden Offiziere versuchen anschließend der KI ihre Handlungsweise zu erklären. Sie versuchen auch die KI zu deaktivieren. Als Kim sich Vorwürfe macht, weil er die Waffe an Bord beamte, versucht sie ihn wieder aufzurichten. Sie plant unterdessen den Doktor zu deaktivieren, während Kim versucht mit ihm zu verhandeln. Sie stellen die Gedächtnisengramme der Waffe wieder her und erkennen, dass sie den Befehl zur Landung erhalten hat. Sie versuchen die KI zu überzeugen, die Daten anzusehen. Zwar gelingt es Seven of Nine unter einem Vorwand auf die Krankenstation zu gelangen, jedoch wird sie beim Versuch die Waffe zu assimilieren schwer verletzt. Nachdem die KI erkennt, dass der Abbruchbefehl korrekt ist, will die KI die anderen Massenvernichtungswaffen zerstören. Torres und Kim helfen ihr bei den Vorbereitungen und ermöglichen so die Rettung eines Planeten. ({{VOY|Geheimnisvolle Intelligenz}})
Weil man einen Notruf von dem Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']] erhält, setzt die USS ''Voyager'' einen Abfangkurs. Als man das andere Schiff erreicht, scannt Tuvok dieses und stellt fest, dass es schwere Schäden erlitten hat. Torres erkennt, dass die Schilde des Schiffs von Energiestößen förmlich durchbrochen werden. Nachdem man die Schilde um das Schiff ausgedehnt und so vorerst gerettet hat, begibt sich Chakotay mit einem Außenteam an Bord. Torres versucht im Maschinenraum des Schiffs, die Hauptenergie wiederherzustellen. Dabei entdeckt sie einen Injektorverteiler und eine völlig umgebaute Dilithiummatrix. Da Torres deren Funktionsweise nicht völlig versteht, meint Chakotay, dass einer der Ingenieure ihr helfen könnte. Inzwischen soll sie den Kern überbrücken. Nach der Trauerfeier für die Opfer der ''Equinox'', trifft sie Maxwell Burke wieder, mit dem sie auf der Akademie liiert war. Paris reagiert eifersüchtig auf Burke, wird jedoch von Torres beruhigt. Später erwischt sie Burke im Maschinenraum, der unerlaubt eine Kommandostation benutzt. Sie kommen ins Gespräch über alte Zeiten und Burke beginnt zu flirten, da er noch versucht Daten herunterzuladen. So bemerkt Torres dies nicht, als sie ihm klar macht, dass ihre Beziehung vor langer Zeit beendet war. Anschließend verlässt Burke den Maschinenraum. Später arbeitet sie mit Tuvok an der Einrichtung eines Sicherheitsgitters, um die Angriffe der fremden Wesen abzuwehren. Nach einiger Zeit gelingt es ihnen das Gitter zu aktivieren. Nachdem jedoch die Crew der Equinox vom Schiff flieht und den Feldgenerator der ''Voyager ''stiehlt, was Torres nicht verhindern kann, bricht das Gitter zusammen und die Wesen greifen das Schiff an. ({{VOY|Equinox, Teil I}})
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