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Als Tom Paris und Harry Kim von den [[Akritirianer]]n wegen einem Bombenanschlag verhaftet und verurteilt werden, besprechen die Führungsoffiziere, wie sie die beiden befreien können. Torres schlägt eine Befreiungsaktion vor, jedoch will Janeway die Unschuld der beiden beweisen. Da es in diesem Sektor kein [[Trilithium]], welches bei dem Anschlag verwendet wurde, gibt, fragt Torres nach [[Paralithium]], dass leicht in Trilithium umgewandelt werden kann. Janeway lässt daher nach Schiffen mit diesem Stoff scannen. So entdeckt man ein Schiff mit zwei jungen Akritirianern. Torres ortet Spuren von Trilithium, weshalb Janeway die Insassen an Bord beamen lässt. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}})
Bei einer Außenmission mit Tom Paris untersucht sie periodisch auftretende Sensorwerte. Dabei werden sie von Mitgliedern des [[Schwarm (Spezies)|Schwarm]] angegriffen und schwer verletzt. Nach ihrer Rückkehr auf die Voyager, wird sie vom Doktor behandelt. Bald darauf findet sie eine Kaskadenüberladung im Programm des MHN. Da bei einer Reinitialisierung alle Erinnerungen des Doktors an die letzten beiden Jahre verschwinden würden, sucht sie nach einer anderen Option. Dazu konsultiert sie das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station]]. Gemeinsam analysieren sie das MHN und können die Fehlfunktion beheben. Unterdessen passiert die ''Voyager'' die Grenze und Torres arbeitet im Maschinenraum an der Neuausrichtung der Dilithiummatrix. Letztlich gelingt es dem Schiff das Territorium des Schwarms erfolgreich zu durchfliegen. ({{VOY|Der Schwarm}})
Nachdem das Schiff ein [[Wurmloch]] entdeckt, untersucht sie dieses mit Harry Kim. Den beiden gelingt es eine Möglichkeit zu finden, das Wurmloch nach Takar zu bringen. Jedoch scheitert der Rückkehrversuch, da zwei [[Ferengi]] das Wurmloch destabilisieren. ({{VOY|Das Wurmloch}})