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Durch die Zerstörung der ''Val Jean'' ist die Maquis-Crew gezwungen, mit der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew der ''Voyager'']] zusammenzuarbeiten, und die Reise zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en gemeinsam auf der USS ''Voyager'' anzutreten. Torres arbeitet zunächst als [[Ingenieur]]in im [[Maschinenraum]] der ''Voyager'', im [[Rang]] eines provisorischen [[Lieutenant Junior Grade]]. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I|Die Parallaxe|Translokalisation}})
Während ihrer Arbeit im Maschinenraum, kommt es nach kurzer Zeit zu einem Zwischenfall mit [[Lieutenant]] [[Joseph Carey]]. Da sie unterschiedlicher Meinung sind, schlägt sie ihn ins Gesicht und bricht ihm dabei die [[Nase]]. Sie wird zunächst auf ihr [[Quartier#B'Elanna Torres' Quartier|Quartier]] beschränkt. Als Chakotay dieses betritt, wirft sie eine Schüssel in Richtung der Tür. Als der Commander ihr den medizinischen Bericht über Carey gibt, bezeichnet sie Carey als Idioten. Als jedoch kurz darauf die ''Voyager'' auf eine Quantensingularität trifft und in dieser gefangen wird, überzeugen Torres' Lösungsvorschläge in Verbindung mit einem persönlichen Gespräch den Captain von ihrer Eignung für den Posten des [[Chefingenieur]]s. Ihre Ernennung führt zunächst jedoch zu Missfallen bei einigen Sternenflotteningenieuren. ({{VOY|Die Parallaxe}}){{Alternative Zeitlinie| Als die Voyager auf einen durch eine Katastrophe verwüsteten Planeten trifft, gehört Torres zu dem Außenteam, dass mit Captain Janeway auf die Oberfläche beamt, um die Subraumspalten zu untersuchen. Später arbeitet sie einen Rettungsplan für die in einer Subraumspalte gefangenen Janeway und Paris aus. Dessen Durchführung wird jedoch von [[Kathryn Janeway|Janeway]] sabotiert, um die Vernichtung des Planeten zu verhindern. ({{VOY|Subraumspalten}})}}Kurze Zeit später arbeitet sie an einer Konsole auf der Brücke, um [[Dilithium]]vorkommen aufzuspüren. Dabei ortet sie auf einem [[Planetoid]]en eine vermeintliche Lagerstätte. Nachdem bei der nachfolgenden Außenmission Neelix' Lungen chirugisch entfernt wurden, untersucht sie mit Tuvok das Handgerät der Vidiianer. Als die Vidiianer der ''Voyager'' die Energie entziehen, versucht sie erfolglos dies zu unterbinden. ({{VOY|Transplantationen}})
Als die ''Voyager'' auf einen [[Stellarer Nebel|Nebel]] aus [[Omicron-Partikel]]n stößt, analysiert sie die Barriere innerhalb des Nebels. Wenig später meldet sie, dass das Schiff einen Teil seiner Energiereserven verliert. Während das Schiff im Nebel gefangen ist, analysiert sie eine Probe der Materie des Nebels und zieht den Doktor dabei zu Rate. Sie erkennen, dass es sich um eine Lebensform handelt. Zusammen entwickeln sie eine Heilungsmethode für das Lebewesen und führen die Behandlung erfolgreich durch. Später geht sie mit den anderen Offizieren auf das Holodeck und spielt Paris' Holodeckprogramm [[Paris 3]]. Im [[Chez Sandrine]] wird sie vom Hologramm [[Gaunt Gary]] angesprochen. Aufgrund dieses Annäherungsversuches bezeichnet sie sowohl das Hologramm, wie auch Paris als dessen Urheber als <q>[[Schwein]]</q>. ({{VOY|Der mysteriöse Nebel}})
