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Durch die Zerstörung der ''Val Jean'' ist die Maquis-Crew gezwungen, mit der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew der ''Voyager'']] zusammenzuarbeiten, und die Reise zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en gemeinsam auf der USS ''Voyager'' anzutreten. Torres arbeitet zunächst als [[Ingenieur]]in im [[Maschinenraum]] der ''Voyager'', im [[Rang]] eines provisorischen [[Lieutenant Junior Grade]]. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil I|Die Parallaxe|Translokalisation}})
Während ihrer Arbeit im Maschinenraum, kommt es nach kurzer Zeit zu einem Zwischenfall mit [[Lieutenant]] [[Joseph Carey]]. Da sie unterschiedlicher Meinung sind, schlägt sie ihn ins Gesicht und bricht ihm dabei die [[Nase]]. Sie wird zunächst auf ihr [[Quartier#B'Elanna Torres' Quartier|Quartier]] beschränkt. Als Chakotay dieses betritt, wirft sie eine Schüssel in Richtung der Tür. Als der Commander ihr den medizinischen Bericht über Carey gibt, bezeichnet sie Carey als Idioten. Als jedoch kurz darauf die ''Voyager'' auf eine Quantensingularität trifft und in dieser gefangen wird, überzeugen Torres' Lösungsvorschläge in Verbindung mit einem persönlichen Gespräch den Captain von ihrer Eignung für den Posten des [[Chefingenieur]]s. Ihre Ernennung führt zunächst jedoch zu Missfallen bei einigen Sternenflotteningenieuren. ({{VOY|Die Parallaxe}}){{Alternative Zeitlinie| Als die Voyager auf einen durch eine Katastrophe verwüsteten Planeten trifft, gehört Torres zu dem Außenteam, dass mit Captain Janeway auf die Oberfläche beamt, um die Subraumspalten zu untersuchen. Später arbeitet sie einen Rettungsplan für die in einer Subraumspalte gefangenen Janeway und Paris aus. Dessen Durchführung wird jedoch von [[Janeway]] sabotiert, um die Vernichtung des Planeten zu verhindern. ({{VOY|Subraumspalten}})}}Kurze Zeit später arbeitet sie an einer Konsole auf der Brücke, um [[Dilithium]]vorkommen aufzuspüren. Dabei ortet sie auf einem [[Planetoid]]en eine vermeintliche Lagerstätte. Nachdem bei der nachfolgenden Außenmission Neelix' Lungen chirugisch entfernt wurden, untersucht sie mit Tuvok das Handgerät der Vidiianer. Als die Vidiianer der ''Voyager'' die Energie entziehen, versucht sie erfolglos dies zu unterbinden. ({{VOY|Transplantationen}}) Bei [[Sternzeit]] 48642,5, im Jahr 2371, ist Torres gegen den Willen von Captain Janeway am Austausch von [[Sikaris]]-[[Technologie]], dem [[Raumtrajektor]], mit der ''Voyager'' beteiligt. Janeway ist daraufhin von B'Elanna enttäuscht, und erteilt ihr eine [[Verwarnung]] wegen [[Befehlsverweigerung|Nichtbefolgung]] eines [[Befehl]]s. ({{VOY|Das oberste Gesetz}})
Bei einer späteren Gelegenheit wird B'Elannas von einem [[Vidiianer|vidiianischen]] [[Wissenschaftler]] namens [[Sulan]] [[Entführung|entführt]], der hofft, im klingonischen Anteil ihres [[Gen]]oms ein [[Heilmittel]] gegen die [[Fresszelle]] zu finden. Dazu trennt Sulan ihre klingonische von ihrer menschlichen [[DNA]]. Es entsteht eine rein menschliche und eine rein klingonische B'Elanna. Die Klingonin kann fliehen und trifft auf den Menschen B'Elanna. Sie geraten in Streit darüber, wie man nun vorgehen soll. Sie erkennen aber, dass sie nur entkommen können, wenn sie zusammenarbeiten. Als sie einen [[Alarm]] auslösen, stellt sich die Klingonen vor ihre menschliche Seite und wird [[Tod|getötet]]. [[Der Doktor]] fügt nach B'Elannas Befreiung die klingonische DNA wieder in die [[Zelle (Biologie)|Zellen]] des Menschen B'Elanna ein, da sie ohne diese nicht überleben würde. Torres meint im Rückblick, sie habe sich nie so mit sich im Reinen gefühlt, wie in der Zeit als Mensch, aber auch bemerkt, dass sie so unvollkommen ist. ({{VOY|Von Angesicht zu Angesicht}})
