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Ayala arbeitet auch auf der Brücke, als Captain Janeway Torres befiehlt Vorbereitungen zu treffen, um die Hologramme zu deaktivieren. ({{VOY|Fleisch und Blut, Teil I}})
Später begleitet er Tuvok und Tom Paris auf die Krankenstation, um zu verhindern, dass der Doktor, welcher von B'Elanna Torres umprogrammiert wurde, um die klingonische DNA aus ihrem Fötus zu entfernen, die dafür notwendige Operation durchführt. ({{VOY|Abstammung}}){{Alt|Als die ''Voyager'' durch eine [[Temporale Anomalie|temporale Anomalie]] [[2377]] in verschiedene [[Zeitlinie|Zeitrahmen]] zersplittert, findet sich Ayala mit Torres und zwei Maquis im Transporterraum wieder. Später gehört er zu einem Team, dass mit Janeway und Chakotay den Maschinenraum zurückerobert, der sich in einer Zeitlinie befindet, als die Kazon ihn besetzten. ({{VOY|Zersplittert}})}}
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