Während seiner ''Star-Trek''-Zeit hatte er unter der offenen Ablehnung seines Charakters zu leiden; Wesley Crusher gilt als der meist gehasste Charakter im ''Star-Trek''-Universum. Inzwischen ist Wheaton allerdings darüber hinweg und schnappt die Themen "Nerd/Geek" und "Star Trek" humorvoll auf. Er besucht regelmäßig [[Convention]]s und übt sich als Stand-Up-Comedian. Zu seinen weiteren Beschäftigungen gehört aber auch das Schreiben von Büchern, so hat er bereits zwei autobiographische Werke herausgebracht. Zuletzt war er auch wieder häufiger als Schauspieler zu sehen, wo er zumeist sich selbst ein wenig aufs Korn nehmend, nerdige Typen spielt. So spielte er einen Computerfreak in der Serie ''Leverage'' (2009, u.a. mit [[Noa Tishby]]), war in vier Episoden der Online-Comedy-Serie ''The Guild'' (2009) als Fawkes zu sehen und trat als Cameo spielt mehrmals sich selbst in der Sitcom ''The Big Bang Theory'' auf, wo er sich selbst spielte.