Als die Flotte den Delta-Quadrant erreicht hat, teilt sich diese auf. Die ''Quirinal'', die ''Planck'' und die ''Demeter'' sollen die Region untersuchen, in der die ''Aventine'' auf die Kinder des Sturms getroffen ist. Die ''Voyager'', die ''Hawking'' und die ''Galen'' begeben sich zum ehemaligen [[Transwarpzentrum]] der Borg. Die übrigen Schiffe kümmern sich um die weiteren Subraumrelais. Bei den Trümmern des Transwarpzentrum nehmen die [[Sensor]]en ein einen Kampf zwischen einem Föderationsschiff und einem Kubus-artigen kubusartigen Schiff auf. Die ''Voyager'' fliegt sofort dorthin, um heraus zu findenherauszufinden, wie ein weiteres Föderationsschiff in diese Region gelangt ist. Allerdings gibt Paris Captain Eden sofort zu verstehen, dass sich seine Frau und Tochter an Bord dieses Schiffes befinden und die Hilfe der ''Voyager'' benötigen. Torres und Miral werden darauf an Bord der ''Voyager'' gebeamt und zum erstaunen Erstaunen der Crew, kann dieses Kubus-förmige Schiff schnell vernichtet werden. Nach diesen Ereignissen will die wütende Eden von Paris die Wahrheit erfahren. Paris erklärt ihr, dass Torres und Miral ihren [[Tod]] vorgetäuscht haben, damit die Krieger von Gre'thor nicht nach den beiden suchen. Paris erklärt auch, dass er auf diese zu dieser Mission aufgebrochen ist, um sich mit seiner Familie im Delta-Quadranten zu treffen und dort ein neues Leben zu beginnen. Paris wird darauf vom Dienst entbunden. Kim will nun von Paris wissen , wie Torres und Miral überlebt haben und Paris berichtet Kim , was geschehen ist. Doch Kim reagiert, als er die Wahrheit erfährt, enttäuscht über seinen Freund, da er dies vor ihm verheimlicht hat. Kim kündigt Paris darauf die Freundschaft.

Auf der [[Krankenstation]] werden Torres und Miral inzwischen von [[Doktor]] Sharak behandelt. Als [[der Doktor]] erfährt, dass beide noch am Leben sind, begibt sich dieser auch auf die ''Voyager'' um sich um diese zu kümmern. Beide Ärzte behandeln Miral und können ihr Fieber schnell lindern. Da Eden von Paris die Wahrheit weiß, bietet sie Torres an mit ihrer Tochter an Bord der ''Voyager'' zu bleiben, da sie der Meinung ist, dass der Delta-Quadrant zu gefährlich für die kleine Familie ist. Da sie hier vor den Kriegern von Gre'thor in Sicherheit ist, nimmt Torres das Angebot von Eden an. Zur Überraschung von Paris, macht Eden ihm das selbe Angebot und er darf ihr Erster Offizier bleiben, allerdings muss er sich ihr Vertrauen wieder verdienen. Wenig später freut sich Torres ihre Freunde wieder zu sehen. Sie freut sich besonders Chakotay wieder zu sehen wiederzusehen und sie umarmt diesen als erstes. Als Torres von dem [[Streit]] zwischen ihren Mann und Kim erfährt, versucht sie beide zu versöhnen, doch Kim will mit Paris nichts mehr zu tun haben. Torres versucht darauf bei einem gemeinsamen Abendessen die beiden wieder zu versöhnen, aber auch dies scheitert.

Auf einer Konferenz besprechen sprechen die Führungsoffiziere über die aktuelle Situation. Seven gibt sofort zu verstehen, dass die fremden Angreifer weder die Borg noch die Caeliar sind, da sich die [[Technologie]] der Fremden zu sehr von den beiden Völkern unterscheidet. Batiste befiehlt darauf der kleinen Flotte zu Untersuchen untersuchen, wer diese Fremden sind. Um heraus zu finden herauszufinden wer diese Fremden sind , untersucht die ''Voyager'' die bewohnten Planeten, welche sich in der Nähe des Transwarpzentrums befinden. Seven zählt die verschiedenen Spezies auf, welche sich in der Nähe des Transwarpzentrums befinden und die ''Voyager'' fliegt zu diesem System. Als sich Captain Eden erkundet, warum die Borg diese nicht assimiliert haben , erklärt Seven, dass diese Spezies für die Borg uninteressant gewesen und nicht zur [[Assimilation]] geeignet sind. Zur selben Zeit entdeckt die ''Galen'' ein weiteres Kubus-förmiges kubusförmiges Schiff. Auf die Rufe des Sternenflottenschiffs kommt nur die Antwort, nehmt die Opfergaben der Indign an. Da sich keine Lebenszeichen an Bord befinden, beamt ein Außenteam, welches von [[Vorik]] geleitet wird , an Bord. Auch der Admiral begleitet das Außenteam und dieses findet dort einige Leichen dort vor. Diese sind in nachgebauten Alkoven präpariert worden, allerdings sind die Opfer seit mehreren Jahren tot.

Zur selben Zeit fliegt die ''Voyager'' in das System und entdeckt dort weitere Kuben , die im All treiben. Da niemand antwortet, beamt ein [[Außenteam]] auf die Oberfläche des [[Planet]]en im System. Paris, Kim und Seven untersuchen dort die [[Kultur]] und entdecken, dass die ganzen Rassen sich zu einem Kollektiv vereinigt haben. Doch die Fremden reagieren überhaupt nicht auf das Außenteam. Zur selben Zeit arbeitet Torres mit Conlon zusammen und findet einen Weg die Benamit-Kristalle zu stabilisieren und so kann die Flotte ihren Flug durch den Delta-Quadranten fortsetzen. Wenig später kehren beide Außenteams nach dem seltsamen Treffen auf die ''Voyager'' zurück, um die gesammelten Daten auszuwerten. Seven ist der Meinung, dass die Indign die Borg verehren und mit ihrem Kollektiv und den Kubus-förmigen kubusförmigen Schiffen den Borg nacheifern und ihre Anerkennung wollen. Plötzlich kommt eine Meldung von der [[Brücke]], die Indign nehmen Kontakt zur ''Voyager'' auf und wollen eine [[Delegation]] an Bord beamen lassen.

Captain Eden begibt sich zum [[Transporterraum]], doch die Gäste antworten nicht auf ihre Begrüßung. Eden führt diese durchs Schiff, doch die Indign erwidern kein Wort auf Edens Fragen. Nachdem die Indign die ''Voyager'' verlassen haben, lassen diese eine geheimnisvolle Box an Bord [[beamen]]. Wenig später erhält Eden eine Nachricht von Chefingenieurin Conlon, diese meldet dem Captain, dass jemand versucht hat die [[Deflektorschüssel]] zu manipulieren, damit sich diese Person Zugang zum [[Fluider Raum|Fluiden fluiden Raum]] verschafft. Da diese Modifizierung gemacht wurde, nachdem Seven und Chakotay an Bord gekommen sind, gemacht wurden, verdächtigt Eden die beiden heimlich in Kontakt mit [[Spezies 8472]] treten zu wollen, damit diese Seven bei ihren Problemen helfen können. Als Eden Chakotay darauf anspricht, streitet er dies ab.

An Bord der ''Galen'' arbeitet der Doktor zur selben Zeit mit seiner neuen Assistentin [[Ensign]] Meegan McDonnell zusammen. Während ihrer gemeinsamen Arbeit zeigt sie ein romantisches Interesse an ihm und küsst ihn schließlich. Zur selben Zeit hat [[Reginald Barclay]], welcher an Bord der ''Galen'' die intrigierten integrierten [[Hologramm]]e betreut und wartet, seine eigenen Probleme. Er hat Schwierigkeiten mit seiner Kommandantin , [[Commander]] Clarissa Glenn , zu reden. Der Doktor und McDonnell unterstützen Barclay mit einigen sozialen Übungen dabei, dass dieser mit seiner Kommandantin im normalen Tonfall reden kann. Bei diesen Übungen bemerkt Barclay, dass das Interesse von McDonnell am Doktor. Wenig später erscheinen Seven und Vorik an Bord der ''Galen''. Vorik hat die Fracht der Indign, welcher er an Bord der ''Galen'' untersuchen will, dabei. Der Doktor kümmert sich inzwischen um Seven. Er untersucht sie um zu sehen, wie sie ohne ihre Borg-Technologie zurecht kommtzurechtkommt. Durch Ihre [[Nanosonde]]n wurden durch Catome ersetzt, welche nun die Funktion der Nanosonden übernehmen, aber keine Assimilationseigenschaften mehr haben. Während der Doktor Seven untersucht ,hört sie plötzlich wieder die Stimme in ihr sich und bemerkt, dass auch eine weitere Stimme aus dem Artefakt der Indign kommt.

Als Vorik das Artefakt öffnet, kommt es zu einer Energieentladung, welche Kontrolle über McDonnell übernimmt. Sie will darauf im Namen der Indign mit Captain Eden sprechen. Darauf wird diese direkt zu Admiral Batiste und Captain Eden auf die ''Voyager'' gebracht. Vor den beiden Führungsoffizieren berichtet sie , wie die Indign sich aus verschiedenen Völkern vereinigt haben und zu einem kleinen Kollektiv wurden. Sie erklärt auch, dass die Indign die Borg verehren und ihnen Nacheifernnacheifern. Sie haben sogar ihre Schiffe den Borg nachgebaut und andere Völker gefangen genommen, um diese den Borg als Opfergabe zu schenken, aber die Borg haben nicht auf die Gaben der Indign geantwortet. Sie bittet auch im Namen der Indign, dass die [[Sternenflotte]] das System der Indign verlässt. Nachdem das Gespräch beendet wurde, wird McDonnell wieder frei gegebenfreigegeben. Doch trotz der Bitte der Indign befiehlt Batiste der Flotte im System zu bleiben. Dabei geraten Eden und Batiste in einen heftigen Streit, da sie die Bitte der Indign respektiert. Darauf wirft ihr Batiste ein Versagen als Captain vor, da sie seine Befehle nicht ausführt. Er wirft ihr auch vor Torres, Seven und Chakotay aufgenommen zu haben und er gibt ihm die Schuld den Deflektor manipuliert zu haben.

Zur selben Zeit versucht Seven das Erlebt Erlebte zu verarbeiten und das Wesen was , das sie im Artefakt gehört hat , zu verstehen. Seven teilt Chakotay mit, dass sie sich an eine feindselige Präsenz erinnert, welche sie in dem Artefakt gespürt hat. Plötzlich kommt es zu einem massiven Energieausfall an Bord der Flotte. Darauf aktiviert sich der Antrieb und auch die Deflektorschüssel, welche eine Öffnung in den Fluiden fluiden Raum versucht zu öffnenversucht. Im letzten Moment gelingt es Eden und Torres dies zu verhindern. Batiste, ist allerdings über die Beschädigung des Deflektors verärgert. Nach diesem Vorfall setzt Eden alles daran denjenigen zu finden, welcher den Deflektor manipuliert hat. Als der Admiral in seinem Büro verärgert weiter arbeitet, nimmt jemand Kontakt mit ihm auf und verspricht ihm bei seinem Problem zu helfen, wenn er diesen diesem Unbekanntem bei seinem Problem hilft. Währenddessen bittet Eden Kim und Paris um Unterstützung, um den Verdächtigen einzufangen. Als Kim Edens [[Verdacht]] auf Chakotay bekräftigt, eskaliert der Streit zwischen Paris und Kim, da Paris Chakotay für unschuldig hält. Sie befiehlt Kim und Paris nun , sich um die Untersuchung zu kümmern und diesen Streit endlich zu beenden. Kurz darauf meldet unterrichtet Seven dem den Captain von ihrem erlebten über ihr Erlebtes und Eden geht Sevens Verdacht nach. Eden lässt aufgrund von Sevens Bericht einen weiteren Planeten des Systems untersuchen. Dort findet ein Außenteam, zu dem auch Seven und Chakotay gehören , heraus, dass sich in diesem Artefakt wirklich eine feindselige Präsenz befindet, welche die Indign der ''Voyager'' geschickt haben. Zur selben Zeit findet Kim Hinweise auf den Täter, welcher den Deflektor manipuliert hat. Er trägt diesen Hinweis Eden und Batiste vor. Laut Kim war es wirklich Chakotay, da dieser mit einer [[Maquis]]veschlüsselungstaktik alle Systeme lahm gelegt und den Deflektor aktiviert hat. Doch Paris glaubt Kim nicht und hält an der Unschuld von Chakotay fest. Batiste befiehlt jedoch, sobald Chakotay zurück an Bord ist, diesen verhaften zu lassen.

Zur selben Zeit genießt der Doktor die Romanze mit McDonnell. Sie hat hat sich nach ihren Kontakt mit dem Artefakt gut erholt. Plötzlich kommt Barclay und sieht, dass der Doktor sie küsst. Er kann dies nicht glauben, da Barclay die Wahrheit über sie weiß. McDonnell ist nicht , wie alle glauben , ein [[Mensch]], sondern ein Hologramm, welches er und Doktor [[Lewis Zimmerman]] speziell für den Doktor entwickelt haben. Niemand soll wissen, dass sie ein Hologramm ist und beide haben geplant, dass diese irgendwann eine Gefährtin für den Doktor wird. Allerdings hat Barclay nicht erwartet, dass sie so schnell eine Beziehung zum Doktor entwickelt. Barclay will wenig später das Hologramm untersuchen, aber er findet McDonnell nicht vor. Er beginnt sie zu suchen, doch diese beginnt inzwischen die Kontrolle über die Flotte an sich zu reißen und begibt sich als nächstes zur Deflektorkontrolle. Zur selben Zeit bricht Seven auf der Oberfläche des Planeten zusammen, da sie wieder die Kontrolle über sich verloren hat und wieder diese Stimme hört. Chakotay befiehlt sofort einen Nottransport auf die ''Galen'', damit der Doktor sich um Seven kümmert. Plötzlich gehen die Schiffe auf Warp und fliegen zum ehemaligen Transwarpzentrum der Borg. Eden meldet diesen Vorfall dem Admiral, doch dieser befindet sich im [[Shuttlehangar]] und will ein [[Shuttle]] starten. In diesem Moment aktiviert die ''Galen'' ihren Deflektor und öffnet einen Spalt in den Fluiden fluiden Raum. Doch der Start des Shuttle kann abgebrochen werden und der Admiral sitzt in diesem fest. Eden begibt sich in den Hangar, um ihren Exmann zur Rede zu stellen. Plötzlich tauchen [[Bioschiff]]e von Spezies 8472 auf fliegen auf die Flotte zu.

Die ''Voyager'', geführt von Paris, nimmt Kontakt zu Spezies 8472 auf und ein Mitglied von Spezies 8472 erscheint auf dem Bildschirm, welche Paris als [[Valerie Archer]] wieder erkennt. Archer verlangt sofort Janeway zu sprechen, da die ''Voyager'' mit der Öffnung des Spalts den Vertrag gebrochen hat. Paris gibt ihr aber zu verstehen, dass dies nicht möglich ist, da Janeway bereits seit einem Jahr Tod tot ist. Darauf verlangt sie mit Chakotay zu sprechen und dieser kehrt dafür auf die ''Voyager'' zurück. Im Hangar lässt Eden ihren Exmann verhaften, da er die [[Sabotage]] begangenhat, den Deflektor manipuliert manipulierte und es aussehen lassen hatließ, als sei Chakotay der Saboteur gewesen. Schließlich gibt er zu ein Mitglied von Spezies 8472 zu sein. Eden wird nun alles klar, ihr Exmann versucht seit Jahren die Flotte in eine Region des [[Weltraum]]s zu bringen , von wo aus man in den Fluiden fluiden Raum gelangen kann. Sie versteht nun auch seine Motive, warum er unbedingt eine Flotte in den Delta-Quadranten schicken wollte. Zur selben Zeit verhandelt Chakotay mit Archer um nicht den Frieden zwischen der Föderation und Spezies 8472 zu gefährden. Chakotay berichtet ihr , was alles seit ihrem letzten Treffen geschehen ist. Von Archer erfährt er das , dass Spezies 8472 noch einige [[Agent]]en gehabt hat, diese aber genetisch verändert wurden um menschlich zu wirken. Diese Agenten haben den Befehl gehabt die Erde zu unterwandern und nach einer gewisser Zeit [[Selbstmord]] zu begehen, da diese nicht mehr in den Fluiden fluiden Raum zurück kehren zurückkehren können, da sie dafür zu menschlich sind. Archer ist davon ausgegangen, dass alle bereits tot sind, doch sie sieht das , dass einer der Agenten noch am Leben ist. Von ihre Exmann Eden erfährt zur selben Zeit Eden, von ihrem Exmann die Wahrheit, dass er ein Agent von Spezies 8472 ist, welcher die Sternenflotte infiltrieren sollte, aber dann nicht wie die anderen Selbstmord begangen hat. Er erklärt, dass er verzweifelt gewesen ist und einfach nur alles getan hat um zurück nach Hause zu können. Eden versteht ihren Exmann und lässt ihn darauf mit dem Shuttle davon fliegen. Darauf begibt sie sich zu Chakotay auf die Brücke.

Während der Admiral mit dem Shuttle fliegt, taucht plötzlich aus ihrem Versteck McDonnell auf und sie erklärt, dass sie sich heimlich nach der Aktivierung des Deflektors auf das Shuttle gebeamt ist. Sie will den Admiral begleiten, da sie ja eine Vereinbarung gehabt haben. Sie nimmt ein [[Hypospray]] und spritzt ihm eine Lösung und dadurch nimmt , wodurch dieser seine wahre Gestalt anannimmt. Da Spezies 8472 ihr ehemaliges Mitglied nicht mehr haben möchte, hat McDonnell keine Verwendung für ihn und lässt ihn durch eine Luke in den Weltraum saugen. Batiste treibt im Weltraum, während McDonnell mit dem Shuttle flieht. Auf der Brücke stellt sich Eden Archer als Kommandantin der ''Voyager'' vor. Chakotay und Eden bitten Archer darum Batiste zu retten und schließlich lässt sie sich davon überzeugen dies zu tun. Archer verabschiedet sich darauf von Chakotay und zieht sich in den Fluiden fluiden Raum zurück.

Plötzlich meldet sich Commander Glenn und informiert Eden, dass sich McDonnell auf dem Shuttle befindet und aufgehalten werden muss. Doch es ist zu spät , das Shuttle ist bereits verschwunden. Auf einmal tauchen Schiffe der Indign auf und fordern von Eden die Präsenz aus dem Artefakt zurück. Als Eden davon berichtet, dass diese bereits mit McDonnell entkommen ist, greifen die Schiffe der Indign die Flotte an. Seven erkennt, dass die Indign diese Präsenz mit dem Artefakt auf die ''Voyager'' gebeamt haben, damit die Borg dadurch auf sie Aufmerksam aufmerksam werden, als dies aber nicht geschehen ist, fordern sie dieses Artefakt nun zurück. Plötzlich hört Seven wieder die Stimme, doch diesmal gelingt es ihr endlich , die Kontrolle darüber zu erlangen und sie zum Schweigen zu bringen, da Seven endlich begriffen hat , wer sie durch die Transformation durch die Caeliar geworden ist. Nach einem kurzen Kampf kann die Flotte den Indign entkommen.

Nach diesen Ereignissen erfahren die Führungsoffiziere der Flotte die Wahrheit über McDonnell, dass diese ein Hologramm ist. Der Doktor ist verärgert, dass Zimmerman und Barclay dies getan haben. Barcaly erklärt, dass er es nur gut gemeint hat, da er eine Gefährtin für den Doktor erschaffen wollte, welche wie er nicht altert. Eden bereitet es jedoch Sorgen, dass ein Hologramm welches jede Gestalt annehmen kann und von einer bösartigen Präsenz besetzt ist , im Delta-Quadranten sein Unwesen treibt. Die Flotte versucht die Indign vor der Präsenz zu warnen, doch diese ignorieren die Rufe der Sternenflotte und wollen mit dieser nichts mehr zu tun haben.

Eden setzt nun ihre Reise im Delta-Quadranten fort und will sich mit den übrigen Schiffen der Flotte treffen. Eden nimmt Kontakt mit dem Sternenflottenkommando auf , um diese über Admiral Batiste zu informieren und das dass er diese Mission ins Leben gerufen hat, um in den Fluiden fluiden Raum zurück zu kehrenzurückzukehren. Sie informiert das Kommando auch über die weiteren Ereignisse und bekommt neue Befehle. Da Torres das größte technische Wissen besitzt, wird diese zur Flotteningenieurin ernannt, Eden soll die Flotte, als Nachfolgerin des Admirals, leiten und Chakotay bekommt aufgrund seiner Leistungen bei der Verhandlung mit Spezies 8472 das Kommando über die ''Voyager'' zurück. Nun muss Eden nur noch ein Problem lösen. Dafür werden Paris und Kim auf das [[Holodeck]] gelockt und dort eingesperrt. Plötzlich aktiviert sich das Programm ''[[Die Abenteuer des Captain Proton]]'' und [[Counselor]] Hugh Cambridge erscheint als [[Doktor Chaotica]] und erklärt den beiden, dass diese nun um ihr Leben kämpfen müssen und das Holodeck erst verlassen dürfen, wenn sich beide wieder versöhnt haben. Plötzlich taucht eine feindliche Armee von Chaotica auf und beide müssen fliehen. Auf der Brücke scherzt Eden mit ihren Kollegen , wie lange die beiden benötigen um sich wieder zu versöhnen.