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Anfang [[2370]] evakuiert die USS ''Rio Grande'' einen Großteil des nicht bajoranischen Personals von Deep Space 9, als die bajoranische Organisation [[Der Kreis]] die Station zu übernehmen versucht. Die USS ''Rio Grande'' bringt Zivilisten, darunter auch [[Nog]] zur [[Hanolan-Kolonie]]. Auch [[Rom]] nutzt die ''Rio Grande'', doch statt mit seinem Bruder Quark begleitet Rom ein [[Dabo-Mädchen]]. Nachdem der Kreis aufgelöst wird, kehren die Runabouts zur Station zurück. ({{DS9|Die Belagerung}})

Während einer Mission wird O'Brien durch einen [[Replikant]]en von [[Parada II]] ersetzt. Dieser [[Miles O'Brien (Replikant)|O'Brien]] weiß nicht das er ein Replikant ist und später als Attentäter fungieren soll. Dem falschen O'Brien fällt auf, dass sich alle seltsam Benehmen und er glaubt an eine Verschwörung. Der Replikant stiehlt die ''Rio Grande'' und fliegt nach Parada II, um die Wahrheit über diese scheinbare Verschwörung heraus zu finden. Sisko folgt der ''Rio Grande'' mit der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']]. Während des Fluges nach Parada II zeichnet der Replikant die Ereignisse der letzten Tage auf. Sisko will inzwischen den echten O'Brien retten und den Replikanten fangen. Im [[Parada-System]] erwischt Sisko den Replikanten und er findet auch den echten O'Brien. Dabei kommt der Replikant ums Leben. ({{DS9|O'Briens Identität}})

Kurz darauf benutzen Commander Sisko und Chief O'Brien die ''Rio Grande'', um zum Kolonisieren geeignete [[Planet]]en in der Nähe des bajoranischen Raums zu finden. Im [[Orellius-System]] finden sie einen [[Klasse M]]-Planet, wo aber keine technischen Geräte funktionieren. Die dort lebende Gemeinschaft, geführt von [[Alixus]], will die beiden zum Bleiben nötigen. Um alle Spuren über den Verbleib der beiden Offiziere zu verwischen, gibt Alixus in die ''Rio Grande'' einen Kurs ein, der das Schiff in die Sonne führen und damit zerstören soll. Major Kira und Lieutenant Dax, die auf der Suche nach Sisko und O'Brien sind, entdecken die ''Rio Grande'', die führerlos mit [[Warp]]geschwindigkeit im [[Sektor 401]] fliegt. Dax setz den [[Traktorstrahl]] der ''USS Orinoco'' ein, um die ''Rio Grande'' auf [[Impulsgeschwindigkeit]] zu verlangsamen. Sie schleppen die ''Rio Grande'' mit der ''Orinoco'' ab. Später können sie Sisko und O'Brien retten. ({{DS9|Das Paradiesexperiment}})

Wenig später bringt Dax [[Subrauminterphasenmaterie]] aus dem Gamma-Quadranten nach Deep Space 9 mit. Diese Subrauminterphasenmaterie ist in Wirklichkeit ein [[Protouniversum]], welches sich ausdehnt und für die Station zu einer Gefahr wird. Dax und [[Arjin]] wollen das Protouniversum zurück in den Gamma-Quadranten bringen, bevor sich dieses zu sehr ausdehnt. Allerdings beschleunigen die [[Verteronknoten]] die Ausdehnung des Protouniversums. Da der Kontakt zwischen dem Protouniversum und den Verteronknoten eine gewaltige Explosion auslöst, müssen Dax und Arjin vorsichtig durch das Wurmloch hindurch fliegen. Den beiden gelingt es sicher mit der ''Rio Grande'' durch das Wurmloch zu fliegen und das Protouniversum zurück in den Gamma-Quadranten zu bringen. ({{DS9|Der Trill-Kandidat}})

Einige Wochen später kommt es in der neu gegründeten [[Entmilitarisierte Zone|Entmilitarisierten Zone]] zu Käpfen zwischen den Cardassianern und Kolonisten der Föderation. Diese Kolonisten haben sich zum [[Maquis]] zusammen geschlossen und bekämpfen die Cardassianer. Mit Hilfe der ''Rio Grande'', der ''Orinoco'' und der [[USS Mekong|''Mekong'']] will Sisko eine Waffenlieferung des Maquis stoppen. Sisko setzt die drei Runabouts in eine Verteidigungsposition gegen den Maquis ein. Sisko und Dukat befinden sich bei dieser Mission an Bord der ''Rio Grande''. Der Maquis taucht unter der Führung des ehemaligen Sternenflottenoffiziers [[Calvin Hudson]] auf und greift die Runabouts an. Sisko versucht zuerst die Maquisschiffe mit Hilfe des Traktorstrahls festzuhalten, doch die Maquisschiffe feuern sich wieder frei. Darauf setzen die Runabouts eines der Maquisschiffe außer Gefecht. Hudson reagiert im Gegenzug darauf, dass er ''Orinoco'' außer Gefecht setzt und die ''Mekong'' zur Hilfe eilen muss. Sisko verfolgt das Schiff von Hudson und beide Schiffe bekämpfen sich. Durch den Kampf werden beide Schiffe schwer beschädigt und beide Schiffe sind Kampfunfähig. Sisko ist es gelungen die Waffenlieferung zu stoppen, aber er lässt seinen Freund Hudson mit seinem Schiff entkommen. Nach der Mission kümmert sich O'Brien um die Reparatur der beschädigten Runabouts. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})

Einige Wochen später fliegen Bashir und Kira mit der ''Rio Grande'' nach [[Neu Bajor]] in den Gamma-Quadranten. Auf dem Rückflug durch das Wurmloch kommt es zu einer Fehlfunktion des [[Plasmainjektor]] und durch geraten beide in das [[Spiegeluniversum]]. Später gelingt es beiden aus dem Spiegeluniversum zu fliehen und mit der ''Rio Grande'' in unser Universum zurück zu gelangen. ({{DS9|Die andere Seite}})

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