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In dieser Zeit gehen [[Commander]] [[Benjamin Sisko]] und [[Lieutenant]] [[Jadzia Dax]] einigen Nachforschungen im [[Denorios-Gürtel]] nach, da beide hier eine unbekannte Anomalien Anomalie vermuten. Dort entdecken beide an Bord der ''Rio Grande'' das [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranische Wurmloch]] und Sisko hat dort den [[Erstkontakt]] mit den [[Propheten]]. Später dringt [[Gul]] [[Dukat]] mit seinem Schiff der [[Galor-Klasse|''Galor''-Klasse]] in das Wurmloch ein. Da die Propheten keinen Kontakt wünschen, verschließen diese das Wurmloch und Dukat ist mit seinem Schiff gefangen. Erst nachdem Sisko den erfolgreichen Erstkontakt zu den Propheten hergestellt hat, geben diese das Wurmloch frei. Die ''Rio Grande'' schleppt darauf das Schiff von Dukat zurück zur Station. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil II}})

Einige Wochen später befinden sich [[Kira Nerys]] und [[Julian Bashir]] mit der ''Rio Grande'' auf einer Mission, als diese einen [[Notruf]] von einem [[Kobliade|kobliadischen]] [[Frachter]] erhalten. Die beiden gehen den Notruf nach und begeben sich auf dem Frachter. Die überlebende [[Ty Kajada]] wird auf die ''Rio Grande'' evakuiert. Ohne es zu ahnen wird Bashirs Körper von dem sterbenden [[Rao Vantika]] übernommen. Später stiehlt Vantika im Körper von Bashir die ''Rio Grande'', um den [[Deuridium]]-Frachter [[Norkova|''Norkova'']] zu übernehmen. Doch mit einem modifizierten [[Traktorstrahl]], den Commander Sisko auf den den Frachter schießt, gelingt es Sisko, den fliehenden Vantika aufzuhalten. Später wird Vantika aus dem Körper von Bashir entfernt und von Ty Kajada getötet. ({{DS9|Der Parasit}})

Nachdem der [[Miradorn|Zwillingsmiradorn]] [[Ro-Kel]] von dem [[Rakhari]] [[Croden]] getötet worden ist, begeben sich Sisko und Dax mit der ''Rio Grande'' nach [[Rakhar]], um diesen Vorfall zu melden. [[Exarch]] [[Hadran]] fordert die sofortige Auslieferung von Croden und Sisko verspricht ihn ihm diesen nach Rakhar bringen zu lassen. ({{DS9|Der Steinwandler}})

Wenig später wird die ''Yangtzee Kiang'' mit Sisko, Kira, Bashir und [[Kai]] [[Opaka]] im Gamma-Quadrant Quadranten vermisst. Dax und [[Miles O'Brien]] begeben sich auf die Suche nach dem vermissten Runabout. Die beiden finden die abgestürzte ''Yangtzee Kiang'' auf der Oberfläche eines [[Mond (Satellit)|Mondes]]. O'Brien gelingt es das [[Satellit]]ensystem zu deaktivieren, welches die ''Yangtzee Kiang'' zum Absturz gebracht hat. Nachdem O'Brien dies gelungen ist, kann er die [[Offizier]]e an Bord beamen. Allerdings bleibt Opaka auf der Oberfläche zurück, da sie diesen Mond nicht mehr verlassen kann. ({{DS9|Die Prophezeiung}})

2370 benutzen Commander Sisko und [[Chief]] [[Miles O'Brien|O'Brien]] die ''Rio Grande'', um zum Kolonisieren geeignete [[Planet]]en in der Nähe des bajoranischen Raums zu finden. Im [[Orellius-System]] finden sie einen [[Klasse M]]-Planet, wo aber keine technischen Geräte funktionieren. Die dort lebende Gemeinschaft, geführt von [[Alixus]], will die beiden zum Bleiben überzeugennötigen. Um alle Spuren über den Verbleib der beiden Offiziere zu verwischen, gibt Alixus in die ''Rio Grande'' einen Kurs ein, der das Schiff in die Sonne führen und damit zerstören soll. [[Major]] [[Kira Nerys|Kira]] und Lieutenant Dax, die auf der Suche nach Sisko und O'Brien sind, entdecken die ''Rio Grande'', die führerlos mit [[Warp]]geschwindigkeit fliegt. Dax setz den [[Traktorstrahl]] der [[USS Orinoco|''USS Orinoco'']] ein, um die ''Rio Grande'' auf [[Impulsgeschwindigkeit]] zu verlangsamen. Sie schleppen die ''Rio Grande'' mit der ''Orinoco'' ab. Später können sie Sisko und O'Brien retten. ({{DS9|Das Paradiesexperiment}})