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Im Jahr 2365 wird die ''Enterprise'' und deren Besatzung unfreiwillig das Versuchskaninchen eines mächtigen Wesens namens [[Nagilum]]. Es beabsichtigt, alle Varianten des Todes an der Mannschaft zu testen. Als sich Picard weigert, noch irgendeine Reaktion auf Nagilums Versuche zu zeigen, enthüllt das mächtige Wesen seine Existenz. Nur durch Picards Einfallsreichtum und Geschick kann sich das Schiff aus dieser Situation wieder befreien ({{TNG|Illusion oder Wirklichkeit?}}).
[[Datei:IconiaPlanet.jpg|thumb|Die zerstörte Heimatwelt [[Iconia]]]]
Das Schwesternschiff der ''Enterprise'', die USS ''Yamato'' endeckt entdeckt als erste den geheimnisvollen Planeten der [[Iconianer]], auf dem noch funktionierende Technologie existiert. Doch durch Einwirkung einer iconianischen [[Iconianische Sonde|Sonde]] wird die ''Yamato'' mit einem unbekannten Computervirus infiziert. Nachdem sie die USS ''Enterprise'' über ihre Entdeckung informiert haben, wird die ''Yamato'' durch einen Bruch der Versiegelung der [[Antimaterie]]-Kammer vollständig zerstört. Als Picard sich dazu entscheidet, den Planeten zu besuchen, entdeckt er noch ein funktionierendes [[Iconianisches Portal|Portal]] der Iconianer. Letztlich trifft er die Entscheidung, diese brisante Technologie zu zerstören und verlässt anschließend die Neutrale Zone wieder ({{TNG|Die Iconia Sonden}}).
Picard und seine Mannschaft bekommen wieder einmal Besuch von Q. Dieses Mal möchte er unbedingt ein vollwertiges Mitglied der Crew werden. Als der Captain jedoch seine Bitte ablehnt, katapultiert Q die ''Enterprise'' mehrere tausend [[Lichtjahr]]e weit weg, direkt in die Flugbahn eines unbekannten Schiffes. Dieses Schiff entpuppt sich als ein Kubus der [[Borg]], die eine ungewöhnliche [[Kybernetik|kybernetische]] Spezies darstellen. Sie [[Beamen|beamen]] sich schließlich auf die ''Enterprise'' und scheinen ein großes Interesse an reiner Technologie an den Tag zulegen. Bei dem Versuch, die Borg daran zu hindern, weiter die Schiffssysteme zu analysieren, wird eine der Drohnen getötet. Daraufhin befiehlt der Captain, sich von dem gewaltigen Schiff zurückzuziehen, was aber leider misslingt. Als allen schließlich klar wird, dass die ''Galaxy''-Klasse an ihre Grenzen gestoßen ist, bittet Picard Q um seine Hilfe. Kurz bevor die ''Enterprise'' zerstört wird, transportiert Q sie zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en ({{TNG|Zeitsprung mit Q}}).
Im gleichen Jahr erhält die USS ''Enterprise'' einen neuen, leistungsfähigeren [[Warpkern]], dessen Inbetriebnahme jedoch einige Probleme bereitet. Er kann jedoch schließlich repariert werden. ({{TNG|Traumanalyse}})
Das für das Schiff bedeutendste Ereignis in diesem Jahr und möglicherweise in seiner ganzen Geschichte ist die Entwicklung einer eigenen Intelligenz, als sich die Hauptsysteme der ''Enterprise'' an verschiedenen Stellen untereinander verscmolzen verschmolzen und so eine Art neurales Netz bildeten. Die ''Enterprise'' verlor die Intelligenz nach dem es ihr mit Hilfe der Crew gelungen war sich selbst [[Fortpflanzung|fortzupflanzen]]. ({{TNG|Neue Intelligenz}})
Ende des Jahres werden die ''Enterprise'', die [[USS Prokofiev|USS ''Prokofiev'']] und die [[USS Valdemar|USS ''Valdemar'']] in die [[Entmilitarisierte Zone]] geschickt um dort anlässlich der [[Entführung]] des [[Föderationsbürger]]s [[Miles Edward O'Brien]] Präsenz gegenüber der [[Cardassianische Union|Cardassianischen Union]] zu zeigen. ({{DS9|Das Tribunal}})
[[Datei:Farragut verlässt Veridian III.jpg|thumb|Die Rettung der ''Enterprise''-Crew durch die [[USS Farragut (NCC-60597)|USS ''Farragut'']] und andere Raumschiffe]]
Die letzte Mission der USS ''Enterprise'' fand im Jahr 2371 statt und bestand darin, den brillianten brillanten und ebenso gefährlichen Doktor [[Tolian Soran|Soran]] daran zu hindern, die Sonne des [[Veridian-System]]s in eine [[Supernova]] zu verwandeln. Der eigentliche Hauptgrund für Sorans "brutale" Vorgehensweise war die Tatsache, dass er schon einmal im [[Nexus]] gewesen ist und er die Erfahrung gemacht hatte, dass dieser besondere Ort "der perfekte Ort des Glücks" ist.
Um die Sonne in eine Supernova zu verwandeln, hatte Soran gemeinsam mit einigen abtrünnigen [[Klingone]]n einen abgelegeren abgelegenen [[Außenposten]] der Föderation überfallen, wodurch er eine größere Menge [[Trilithium]] an sich bringen konnte. Um ihre Spuren zu verwischen hinterlassen sie auf der Station die Leiche eines Romulaners.
Daraufhin kam es im [[Orbit]] von [[Veridian III]] schließlich zu einem Kampf gegen einen [[Klingonischer Bird-of-Prey|klingonischen Bird-of-Prey]]. Durch den von Dr. Soran manipulierten [[VISOR]] gelang es den Klingonen, die [[Schildfrequenz]] der ''Enterprise'' in Erfahrung zu bringen. Dadurch war man nun in der Lage, der ''Enterprise'' im Kampf schwere Schäden zuzufügen. Dennoch konnte sich die ''Galaxy''-Klasse im Kampf behaupten und zerstörte das klingonische [[Kriegsschiff]] durch Zuhilfenahme einer von Commander Riker eingesetzten Strategie. Da die ''Enterprise'' schwer beschädigt war, stand ein unmittelbarer [[Warpkernbruch]] bevor. Der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (NCC-1701-D)|Crew]] blieb keine andere Wahl, als die [[Antriebssektion]] zu evakuieren und zu versuchen, sich in Sicherheit zu bringen. Durch die anschließende [[Druckwelle]] der Explosion erlitt die Untertassensektion nicht nur schwere Schäden, sondern wurde infolge dessen manövrierunfähig und konnte dadurch nicht mehr der Anziehungskraft von Veridian III entkommen. Es blieb keine andere Möglichkeit als eine Notlandung zu versuchen. Letztlich konnte sie sicher und mit nur minimalen Verlusten gelandet werden. Aber aufgrund der schweren strukturellen Schäden sah man von einer Bergung des Schiffes ab. Alle noch brauchbaren Ausrüstungsgegenstände wurden geborgen und so ging die Ära des bedeutsamsten [[Raumschiff]]es der Sternenflotte zu Ende ({{Film|7}}). Daraufhin wurde kurze [[Zeit]] später die neue [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-E)]] der [[Sovereign-Klasse|''Sovereign''-Klasse]] gebaut und in Dienst gestellt.