Die mittlerweile zum [[Admiral]] [[Beförderung|beförderte]] [[Kathryn Janeway]] reist aus dem Jahre [[2404]] mit [[Shuttle SC-4|ihrem Shuttle]] in die [[Vergangenheit]], um den Heimweg der ''Voyager'' stark zu verkürzen und so [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|der die Mannschaft]] 16 Jahre früher durch ein [[Transwarpzentrum]] der [[Borg]] nach Hause zu bringenund so den Heimweg der ''Voyager'' stark zu verkürzen.

Dazu wird die ''Voyager'', als erstes [[Sternenflotte]]nschiff, mit Hilfe der Baupläne aus der [[Zukunft]] neben einem [[Ablativgenerator]] mit Transphasentorpedos ausgestattet. Dies soll dazu dienen, um den Borg entgegenzutretenentgegentreten zu können, die das Transwarpzentrum verteidigen. Der Plan von Admiral Janeway sieht zunächst vor, mit Hilfe dieses Transwarpzentrums einen [[Transwarpkanal]] in den [[Alpha-Quadrant|Alpha-Quadranten]] zu finden und anschließend hindurch zu fliegen. Allerdings erkennt [[Captain ]] Janeway die Gefahr, die von dieser [[Technologie]] der Borg-Technologie ausgeht , und beschließt , stattdessen das Transwarpzentrum zu zerstören. Es wird schließlich ein gemeinsamer Plan entwickelt, der sowohl das Transwarpzentrum vernichtet als auch die ''Voyager'' nach Hause bringt. Die Borg sind auf den Einsatz dieser Zukunftstechnologie nicht vorbereitet und erleiden starke Verluste. Die Wirkung der Transphasentorpedos ist enorm. So gelingt es der USS ''Voyager'' mehrmals mit nur einem einzigen Schuss einen ganzen [[Borg-Kubus]] zu zerstören. Kurz bevor die ''Voyager'' in den rettenden Transwarpkanal in den Alpha-Quadranten eintritt, gelingt es ihr unter anderem, mehrere [[Interspatialer Verteiler|Verbindungsknoten]] eines Transwarpkanals mit Transphasentorpedos zu zerstören, wodurch der Kanal zusammenbricht und eine Kettenreaktion in Gang setztgesetzt wird, die am Ende das gesamte Transwarpzentrum vernichtet und den Weg für weitere Borg-Raumschiffe versperrt. Da die ''Voyager'' jedoch trotzdem noch von einer Borg-Sphäre verfolgt wird, lässt sich die Crew ins Innere der Sphäre ziehen, um sie schlussendlich in der Nähe der [[Erde]], nach dem Austritt aus dem Kanal, von Innen heraus zu zerstören. ({{VOY|Endspiel, Teil II}})

Transphasentorpedo.jpg|2 Zwei Transphasentorpedos werden abgefeuert, …Transphasentorpedo 2.jpg|… fliegen …fliegen auf einen Borg-Kubus zu, … Transphasentorpedo 3.jpg|… detonieren …detonieren im Inneren …Inneren…Borg-Kubus Zerstörung.jpg|… und …und zerstören ihn vollständig.

Der im Namen befindliche Wortteil ''Transphasen'' deutet darauf hin, dass diese Waffe durch eine Manipulation seines [[Phase]]nzustand wirksam ist, was ihm ihr ermöglicht [[Schutzschild]]e und [[Kraftfeld]]er zu durchdringen und die maximal zur Verfügung stehende Sprengkraft beziehungsweise [[Energie]]menge im Inneren des feindlichen Raumschiffs frei zu setzen. Die Tatsache, dass die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew der USS ''Voyager'']] diese Torpedos aus eigener Kraft herstellen konnte, unter Berücksichtigung ihrer quantitativ limitierten [[Energiequelle]]n, Werkstoffe und Bauteile, untermauert aufgrund der Energieerhaltung die Interpretation, dass der Transphasentorpedo nicht zwangsläufig einen stärkeren Sprengkopf als die restlichen an Bord befindlichen Torpedotypen hat. Das die Wirkung einer Waffe nicht immer durch ihre bloße Sprengkraft bestimmt wird, wird schon in {{e|Das ungewisse Dunkel, Teil I}} deutlich, als die Crew der USS ''Voyager'' ein Borg-Raumschiff von der Größe etwa der ''Voyager '' mit der Sprengkraft nur eines einzelnen [[Photonentorpedo]]s zerstören konnte, indem sie ihn einfach ins Innere, in die Nähe der [[Energiematrix]], [[Beamen|gebeamt]] hat.

* In der Romanserie ''[[Star Trek: Destiny]]'' werden die Transphasentorpedos vor allem von der [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise''-E]] und später auch von anderen Schiffen der [[Föderation]] und ihrer [[Klingonisches Reich|Alliierten]] eingesetzt, um eine Invasion der [[Borg]] aufzuhalten. Die Föderation ist zunächst vorsichtig mit dem Umgang dieser Waffen, damit die Borg möglichst lange damit zu kämpfen haben, doch als der Kampf mit den Borg immer verzweifelter wird werden auch andere Kampfgruppen damit ausgerüstet, ehe die Borg schließlich doch einen Weg finden, sich zuerst an phasenverschobene Raumschiffe und dann an die Transphasentorpedos anzupassen. Der Ablativgenerator, der von der alternativen Janeway zusammen mit den Torpedos in die Vergangenheit gebracht wurde, findet in der gesamten Reihe keine Erwähnung, und auch die ''Voyager'' setzt ihn nicht ein.